主要内容

部署一个SimBiology模型

这个例子展示了如何部署一个图形应用程序,模拟SimBiology®模型。示例模型是Gillespie[1]所描述的Lotka-Volterra反应系统,可以解释为一个简单的捕食者-猎物模型。

这个例子需要MATLAB Compiler™。

概述

您可以使用MATLAB Compiler和SimBiology导出的模型创建独立的SimBiology应用程序。要使你的应用程序与MATLAB编译器兼容,请执行以下步骤:

  • 使用模型的属性创建导出的模型出口方法。

  • 加速模型(可选)。

  • 将模型保存到MAT文件中。

  • 确保您的应用程序从MAT文件加载模型。

  • 添加% #函数到应用程序顶级函数的Pragma。

  • 调用世纪挑战集团函数,显式地将MAT文件和导出模型的依赖文件添加到应用程序中。

负荷模型

sbioloadproject洛特卡m1

创建导出的模型

exportedModel =出口(m1);

加速模型

加速需要一个正确配置的MEX编译器(参见文档)墨西哥人设置).

加速(exportedModel);

保存导出的模型

取消注释下一行,将模型保存在exportedLotka.mat中

% save extedlotka extedmodel

调用世纪挑战集团

应用程序的顶级函数,simulateLotkaGUI.m,已更新为使用导出的模型MAT文件。它还包含以下内容% #函数pragma,它告诉MATLAB编译器应用程序使用SimBiology导出的模型:% #函数SimBiology.export.Model

现在,确定要显式添加到应用程序中的文件列表。此列表包括MAT文件,其中包含导出的模型和DependentFiles属性导出的模型。注意,这个MAT文件必须在之前加载到工作区中世纪挑战集团,以便导出的模型文件可用于部署。

%为了加速编译,我们使用选项|-N -p simbio|,它通知%| MCC |已部署的应用程序不依赖于任何其他申请%工具箱。出于本例的目的,我们采用编程方式%构造|mcc|命令。mccCommand = [mcc - m simulateLotkaGUI。m -N -p simbio -a出口lotka。垫的sprintf (“——% s”, exportedModel.DependentFiles {:}));%取消下面一行的注释,执行|mcc|命令。这可能需要%几分钟。%% eval (mccCommand)

参考

[1] Gillespie D.T.“耦合化学反应的精确随机模拟”(1977)物理化学杂志81(25), 2340 - 2361。