请始终检查NIfTI_tools.pdf的详细描述和最新更新。
如果您对ANALYZE图像的左/右感到困惑,请阅读UseANALYZE.pdf。
你也可以通过FAQ.pdf来获得实际的解决方案和真实的例子。万博 尤文图斯
基本程序:
1.load_untouch_header_only。m:只加载NIfTI或ANALYZE文件的头部分。输入文件将被自动检测。NIfTI文件返回NIfTI结构,ANALYZE文件返回ANALYZE结构。
2.load_nii。m:加载N维NIfTI文件(其中N可以从3到7)或ANALYZE文件(其中N可以从3到4),并应用头信息(如仿射几何变换,体素强度缩放等)到数据。如果你的文件有超过3维(例如时间序列等),你也可以指定一个范围,只提取一个或几个卷。
3.save_nii。m:保存由load_nii加载的N维NIfTI结构(N为3 ~ 7)。M”或由“make_nii”制作。导入NIfTI文件。
4.make_nii。m:根据N维矩阵和其他可选参数(如voxel_size, origin等)制作N维NIfTI结构(其中N可以从3到7)。使用“save_nii”命令可以将由“make_nii”生成的NIfTI结构保存为NIfTI文件。
5.make_ana。m:根据3D矩阵和其他可选参数(如voxel_size, origin等)制作3D ANALYZE结构。使用“save_untouch_nii”命令,可以将“make_ana”做的ANALYZE结构保存到一个ANALYZE文件中,以便与一些只做ANALYZE的程序兼容。
6.reslice_nii。m:重新采样3D(或4D) NIfTI文件,或在.mat文件中ANALYZE带仿射矩阵m的文件,并将重新采样的数据保存到新的NIfTI文件中。该程序将基于仿射矩阵,这是特别有用的斜图像与非正交旋转或剪切不能加载“load_nii.m”。你也可以指定voxel_size等等。不会造成负面影响,只要你记得在使用“reslice_nii.m”后不要做切片时间校正。
7.pad_nii。m:从NIfTI结构的任何一个侧面填充卷,同时保持发起者、体素大小、数据类型和描述不变。在使用reslice_nii之后,这个程序尤其有用,因为新卷很可能具有不同的维度。
8.clip_nii。m:从NIfTI结构的任何一个侧面剪切卷,同时保持发起者、体素大小、数据类型和描述不变。在使用reslice_nii之后,这个程序尤其有用,因为新卷很可能具有不同的维度。
9.view_nii。m:查看和编辑3D(或4D) NIfTI或ANALYZE结构,由load_nii加载。或者由make_nii.m制作。激活图、ROI等可以叠加在背景图像上(见上图)。绘制的视图可以嵌入到现有的图形窗口中。如果您使用它作为一个单独的程序,它还可以编辑图像的方向和体素值,查看体积直方图,并保存修改后的图像。
10.load_untouch_nii。m:加载N维NIfTI文件(其中N可以从3到7)或ANALYZE文件(其中N可以从3到4),但不应用头中指示的任何更改。警告:不要使用"view_nii. "查看load_untouch_nii.m加载的结构。
11.save_untouch_nii。m:保存N维NIfTI结构(其中N可以从3到7)或ANALYZE结构(其中N可以从3到4),该结构由“load_untouch_nii. m”加载。M”或由“make_ana”制作。导入一个新的NIfTI或ANALYZE文件。如果不修改加载的数据集,新保存的文件中的头和数据应与原始文件中的头和数据相同。
其他项目:
1.collapse_nii_scan。m:将多个单扫描NIfTI或ANALYZE文件整合为一个多扫描NIfTI文件。
2.expand_nii_scan。m:将多扫描NIfTI文件拆分为多个单扫描NIfTI文件。
3.save_untouch_slice。m:将load_untouch_nii加载的部分切片保存回原始图像。你可以用任何方式处理这些切片矩阵,只要它们的维数没有改变。
4.get_nii_frame。m:返回NIfTI文件的时间帧数。
5.flip_lr。m:沿原点平面左右翻转NIfTI或ANALYZE文件,并将从左到右翻转的数据保存为NIfTI文件。警告:请谨慎使用此程序,尽管您可以随时将其翻转回来。
6.load_nii_ext。m:从NIfTI文件中加载头扩展。
7.mat_into_hdr。m:将旧SPM .mat文件中的仿射矩阵集成到它的.hdr头文件中。因此,ANALYZE文件被转换为带有更新后的.hdr头文件的NIfTI文件。
引用作为
吉米·沈(2023)。NIfTI和ANALYZE图像工具(//www.tianjin-qmedu.com/matlabcentral/fileexchange/8797-tools-for-nifti-and-analyze-image), MATLAB中央文件交换。检索.
MATLAB版本兼容性
平台的兼容性
窗户 macOS Linux类别
标签
确认
启发:分析工具
启发:PCG_unwrap_2D(ph_nii, ph_file, mask_nii, max_iter, epsi_con, N),MRIqual,BioImage Suite Web,ExportPngInkscape(文件名,dpi,处理),MRI数据的参数映射脚本,fMRIData工具,NIfTI工作室,多模态体分割的可视化,西门子DICOM排序和转换为NIfTI,双相情感Colormap,生成合成fMRI数据,RAPID:扩散成像的常规保证管道,3D NIfTI数据查看器,秒到小时,分,秒,合成图像,create_mosaic.m,字段映射工具箱,MRI切片查看功能,加载和查看. nii文件的GUI。,DICOM到NIfTI转换器,利用逐步聚类方法在脑功能磁共振成像数据中寻找功能网络,大脑的统治者
版本 | 发表 | 发布说明 | |
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1.27.0.0 | 1.感谢来自西部大学的Chris McNorgan的反馈和贡献,rri_orient。M现在有了方向矢量的可选参数。 |
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1.26.0.0 | 由于体素大小可以小于0,我将在reslice_nii中更改默认的voxel_size。m从原始NIfTI报头中的最小voxel_size四舍五入到原始NIfTI报头中的绝对最小voxel_size。修复了reslice_nii错误。 |
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1.25.0.0 | 增加了一些新功能,修复了一些bug。详情请浏览: |
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1.24.0.0 | 感谢来自开普敦大学的Matthew Bickell的反馈,修正了以毫米单位编辑体素时的错误。 |
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1.23.0.0 | “make_nii。M”现在能够自动检测单个和双复杂数据类型。 |
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1.22.0.0 | 修复了昨天发布的bug |
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1.21.0.0 | 现在可以使用make_nii / make_ana程序创建RGB NIfTI / ANALYZE文件结构。 |
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1.20.0.0 | 新程序“load_untouch_header_only”。M”和“save_untouch_slice”。M”是已知的。检查http://www.rotman-baycrest.on.ca/~jimmy/NIFTI欲知详情。 |
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1.19.0.0 | 在“view_nii”程序中添加了新功能,让您编辑体素值或设置地标。也要感谢来自Roman的代码,当切片没有一次加载时,它会加速“load_untouch_nii_img”程序。 |
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1.16.0.0 | 1.修正了view_nii中覆盖的问题。M,所以min/max的颜色现在正常显示了。 |
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1.14.0.0 | 感谢来自叶史瓦大学的Roman Fleysher的反馈,我修复了加载NIfTI数据四元数时的错误。 |
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1.13.0.0 | 感谢荷兰奈梅亨大学(Radboud University Nijmegen)的伦勃朗(Rembrandt),我做了2个小更改来处理异常。 |
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1.12.0.0 | 修正了"collapse_nii_scan"中崩溃分析格式数据的错误。 |
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1.11.0.0 | 1."load_untouch_nii"现在支持加万博1manbetx载NIfTI或Analyze格式的特定切片。 |
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1.10.0.0 | "load_untouch_nii"现在支持加万博1manbetx载NIfTI或Analyze格式的特定切片。 |
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1.9.0.0 | n维矩阵可以使用“make_nii / save_nii”命令对保存到NIfTI文件中,3D矩阵也可以使用“make_ana / save_untouch_nii”命令对保存到ANALYZE文件中,以便与一些仅用于ANALYZE的程序兼容。 |
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1.8.0.0 | 修正了几个错误,并张贴了信息表: |
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1.7.0.0 | 刚刚收到MATLAB的警告:“如果我没有使用BSD授权我的代码,我的代码将被删除。” |
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1.6.0.0 | 感谢匹兹堡大学的Kate Fissell的反馈,变换矩阵M将不再被save_untouch_nii.m保存。 |
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1.5.0.0 | 1.感谢来自南加州大学的布莱斯威尔金斯的反馈,我的一个消息显示中的一个错字被修复了。 2.多亏了康奈尔大学的Ashish Raj的建议,'expand_nii_scan。M '被修改,'collapse_nii_scan. M '被修改。加上M '。 |
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1.4.0.0 | 'make_nii '的默认数据类型。M '现在遵循'img'矩阵的数据类型,而不是float32。 |
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1.3.0.0 | 修复了fliplr中的一个错误。M读取文件时。 |
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1.2.0.0 | 更新没有显示 |
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1.1.0.0 | 1.在MATLAB 7及以上版本中正确处理外文字符的fread/'*char'问题;2.为'reslice_nii. '重新排序输入参数。米的程序; |
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1.0.0.0 | 扩展加载/保存/制作程序到N维,其中NIfTI数据N可以从3到7,ANALYZE数据N可以从3到4。 |