Die生物信息学工具箱enthält Algorithmen und Visualisierungstechniken für Die sequenzanalyze der nächsten Generation。模具工具箱ermöglicht es Ihnen，甘泽基因组祖分析人，während Sie Berechnungen auf einer Basispaar-Auflösungsebene durchführen。Sie können den NGS-Browser zur Visualisierung und Untersuchung von Short-Read-Ausrichtungen verwenden, wobei Sie entweder Single-End- oder pair - end - short Reads verwenden können。Sie können auch benutzerdefinierte Analyseroutinen erstellen, wie in den folgenden Beispielen gezeigt wild。

Die生物信息学工具箱bietet eine Reihe von Funktionen für Die分析von massenspektrometric - daten。Diese Funktionen ermöglichen die Vorverarbeitung, Klassifizierung和markkeridentifiierung aus SELDI-， MALDI-， LC/MS- und GC/MS- daten。Zu den Vorverarbeitungsfunktionen gehören Basislinienkorrektur, Glättung, Kalibrierung und Resampling。网址können德国激光激光激光激光激光激光激光激光激光激光激光激光激光激光激光激光激光激光激光激光激光激光激光激光激光激光激光激光成像光谱仪durchführen。mehere Spektren können gleichzeeitig dargestellt werden。

Sie können Spektren glätten, ausrichten und normalisieren und dann Klassifikations und statisticsche lenwerkzeuge verwenden, um Klassifikatoren zu erstellen und potenzielle生物标志物zu identifiieren。

Sequenzausrichtung

Die Toolbox bietet Funktionen, Objekte und Methoden für Die sequenzanalyze, einschließlich paarweiser Sequenz, sequenzproffil und Ausrichtung mehererer Sequenzen。大足华美gehoren:

• MATLAB - implementierungen von Standardalgorithmen für die lokale und global Sequenzausrichtung, wie z. B. Needleman-Wunsch-， Smith-Waterman- und profilversteckte markov - model - algorithmen
• 进步的Ausrichtung mehererer Sequenzen
• Grafische Darstellungen von Ausrichtungsergebnis-Matrizen
• 标准评分- matrixzen, wie z. B. die PAM- und BLOSUM-Matrixfamilien
• Konsensus-Sequenzberechnung和Sequenzlogo-Anzeige

Dienstprogramme und statisticken für Sequenzen

Mit der Toolbox können Sie Ihre序列操作与分析器，um ein tieferes Verständnis Ihrer Daten zu erlangen。Sie können damit Folgendes tun:

• DNA-有序rna序列下的Verwendung des基因序列在Aminosäuresequenzen umwandeln
• Eine统计分析序列durchführen und nach bestimmten mussterinhalb einer Sequenz suchen。
• 重条带化酶和蛋白酶Durchführung von in- silicon - verdauung von Sequenzen oder zur Erstellung von Zufallssequenzen für Testfälle anwenden。
• Sekundärstruktur der RNA-Sequenzen mit minimaler freier Energie预后。

Sequenz-Visualisierung

模具工具箱ermöglicht es Ihnen，序列和Ausrichtungen zu可视化。Sie können lineare oder zirkuläre Karten von Sequenzen anzeigen, die mit genbank features versehen sind。Sie können Sekundärstrukturdiagramme einer RNA-Sequenz可视化。Mit interaktiven Betrachtungsgeräten können Sie paarweise und mehrfache Sequenzausrichtungen untersuchen and modifiziren。

Phylogenetische Baum-Analyse

Mit der Toolbox können Sie phylogenetische Bäume erstellen und bearbeiten。Sie können paarweise Abstände zwischen ausgerichteten oder nicht ausgerichteten Nukleotid- oder Aminosäuresequenzen under Verwendung einer breiten Palette von Ähnlichkeitsmetriken wie Jukes-Cantor, p-Abstand, align - wert oder einer benutzerdefinierten Abstandsmethode berechnen。系统遗传学Bäume werden unter Verwendung hierarchischer Verknüpfungen mit einer Vielzahl von Techniken konstruiert, darunter Nachbarschaftsverknüpfungen, Einzel und vollständige Verknüpfungen und UPGMA(未加权对组方法平均)。

模具工具箱unterstützt Die geichtung und das Umsetzen von Bäumen, Die Berechnung von Teilbäumen und Die Berechnung der kanonischen Form von Bäumen。系统发生学的起源können新事物的起源kürzen，新事物和新事物的起源，新事物和新事物的起源。Sie können auch die Anmerkungs-Tools in MATLAB verwenden，嗯Bäume in Präsentationsqualität zu erstellen。

分析蛋白蛋白

Die Toolbox bietet Techniken zur protein sequenzanalysis, einschließlich Routinen zur Berechnung von Eigenschaften einer Peptidsequenz wie atomare Zusammensetzung, isoelektrischer Punkt und molekulargeicht。Sie können die Aminosäurezusammensetzung von Proteinsequenzen bestimmen, ein Protein mit einem enzyme spalten und Backbone-Plots and Ramachandran-Plots von PDB-Daten erstellen。Sie können das序列工具verwenden, um die Eigenschaften einer Aminosäuresequenz anzuzeigen, oder den分子查看verwenden, um 3D-Molekularstrukturen anzuzeigen und zu manipulieren。