Fulden Buyukozturk, MathWorks
SimBiology®提供用于建模、模拟和分析动态系统的应用程序和编程工具,重点关注定量系统药理学(QSP)、基于生理的药代动力学(PBPK)和药代动力学/药效学(PK/PD)应用。您可以使用SimBiology框图编辑器交互式地构建模型,也可以使用MATLAB以编程方式构建模型®语言。您的模型可以从头创建,作为SBML格式的文件导入,或者构建在SimBiology中提供的模型示例上。
SimBiology提供了各种各样的技术来分析基于ode的模型,这些模型的复杂性和大小各不相同。您可以运行模拟来评估目标的可行性,预测药物的有效性和安全性,并确定最佳的给药方案。您可以使用局部和全局敏感性分析确定关键路径和参数,并通过运行参数扫描评估生物变异。为了估计参数,你可以使用非线性回归和非线性混合效应技术拟合数据,并执行非区室分析(NCA)。
您可以使用SimBiology来建模、模拟和分析生物系统和药物药理。它为QSP、PBPK和PK/PD应用提供指向和点击应用程序和编程工具,以加速药物发现和开发。
您可以交互式地构建模型——使用SimBiology框图编辑器——或者以编程方式使用MATLAB®语言。要使用该图表,只需连接代表系统组件的块,如反应和物种,并定义反应速率。SimBiology将自动从图表表示中推导出方程组。
在构建模型时,对任何给定的组件使用您最熟悉的单元。当你运行计算,单位转换将自动转换所有的量到一个一致的单位系统。
SimBiology提供了多种方法,用于跨许多复杂性和大小分析基于ode的模型。运行模拟以评估目标的可行性,预测药物的有效性和安全性,并确定最佳的给药方案。
使用滑块交互式地探索参数变化对模型结果的影响。
通过从分布中取样参数值,通过蒙特卡罗模拟评估生物变异性。
通过自动将模型转换为编译代码来加速模拟
利用敏感性分析确定关键路径和模型参数。使用全局敏感性分析来理解哪些输入驱动了跨参数空间的模型响应,这有助于了解参数估计策略。
SimBiology允许您通过使用局部和全局优化方法拟合实验时间过程数据来估计模型参数。你还可以计算置信区间;本例估计茶碱的药代动力学参数。
通过MATLAB脚本编程使用SimBiology进行自动化分析,超越内置工具。
使用并行计算工具箱,许多分析可以运行得更快。您可以跨多个核、集群和云资源分布模拟。
通过将SimBiology模拟部署为web应用,与合作者分享建模见解。合作者可以使用浏览器访问和运行web应用程序,而不需要安装任何软件。
想要开始,请查看下面的链接或下载SimBiology的免费试用版。
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