hmmestimate

隐马尔可夫模型参数估计排放和状态

语法

教育管理信息系统(反式]= hmmestimate (seq,状态) hmmestimate(…,“符号”,符号) hmmestimate (…, Statenames Statenames) hmmestimate (…, Pseudoemissions PSEUDOE) hmmestimate (…, Pseudotransitions PSEUDOTR)

描述

教育管理信息系统(反式]= hmmestimate (seq,状态)计算极大似然估计的过渡,反式发射,工作隐马尔科夫模型序列的概率,seq,与已知的状态,州。

hmmestimate(…,“符号”,符号)指定发出的符号。符号可以是一个数值数组,字符串数组或单元阵列的名字符号。默认符号整数1到N,其中N是可能的排放的数量。

hmmestimate (…, Statenames Statenames)指定的名称。STATENAMES可以是一个数值数组,字符串数组或单元阵列的名字。名字是1到默认状态米,在那里米的状态数。

hmmestimate (…, Pseudoemissions PSEUDOE)指定pseudocount排放值矩阵PSEUDOE。使用这个参数来避免零概率估计排放很低的概率可能不是在样本序列表示。PSEUDOE应该是一个矩阵的大小米——- - - - - -n,在那里米是在隐马尔科夫模型的状态数和n的数量是可能的排放。如果 $我 \to k$ 排放不会在发生seq,你可以设置PSEUDOE (i (k)是一个正数代表估计的预期排放量的序列seq。

hmmestimate (…, Pseudotransitions PSEUDOTR)指定pseudocount转换值。你可以使用这个参数来避免零概率估计转换有极低的概率可能不代表样本序列。PSEUDOTR应该是一个矩阵的大小米——- - - - - -米,在那里米是在隐马尔科夫模型的状态数。如果 $我 \to j$ 不发生在过渡州,你可以设置PSEUDOTR (i, j)是一个正数代表估计这种转换的预期数量的序列州。

Pseudotransitions和Pseudoemissions

如果一个特定的过渡或排放的概率是很低的,可能永远不会发生在过渡序列州或排放可能永远不会发生在序列seq。在这两种情况下,算法返回一个0的概率为给定的过渡或排放反式或工作。你可以弥补缺乏过渡的“Pseudotransitions”和“Pseudoemissions”参数。最简单的方法是设置相应的条目PSEUDOE或PSEUDOTR来1。例如,如果过渡 $我 \to j$ 不会发生在州,设置PSEUDOTR (i, j) = 1。这就迫使反式(i, j)是积极的。如果你有一个估计的预期数量的转换 $我 \to j$ 在一个序列的长度相同州,过渡的实际数量 $我 \to j$ 这发生在seq是大大低于你期望什么,你可以设置吗PSEUDOTR (i, j)预期的数量。这增加的价值反式(i, j)。的状态,发生在的转换频率你期望,设置相应的条目PSEUDOTR来0不增加相应的条目反式。

如果你不知道的状态序列,使用hmmtrain估计模型参数。

例子

反式= [0.95,0.05;0.10、0.90);工作= (1/6 1/6 1/6 1/6 1/6 1/6;1/10 1/10 1/10 1/10 1/10 1/2);[seq,州]= hmmgenerate(1000年,反式工作);[estimateTR, estimateE] = hmmestimate (seq,各州);

引用

[1]杜宾,R。美国艾迪,a·克罗和g . Mitchison。生物序列分析。英国剑桥:剑桥大学出版社,1998年。

版本历史

之前介绍过的R2006a

另请参阅

hmmgenerate|hmmdecode|hmmviterbi|hmmtrain