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COVID-19建模

版本3.6.3 (2.73 MB) by JM2
这个模型是基于fitVirus创建的。这是一个数据驱动模型,获取最新数据并预测COVID-19的传播。
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更新2020年5月03

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创建以跟踪模拟冠状病毒(COVID-19)传播的病例。病例数据通过网络获得,并拟合逻辑模型以预测随时间的流行传播。

要进行操作,请加载包含脚本COVID19Modelingv2的文件夹,并在命令提示符中键入以下代码:COVID19Modelingv2(“国家”)。
示例:COVID19Modelingv2(“美国”)。通过将多个国家放入一个列表中,可以同时分析它们:COVID19Modelingv2(“美国”、“意大利”)。

该模型由Milan Batista(fitVirus)创建。该模型是一个数据驱动模型,将疫情数据拟合到逻辑曲线。该模型的目标是对病毒传播和疫情持续时间进行局部预测。该模型可用于在某些情况下提供准确的近似值。”对于纯粹的初始猜测或小数据集,回归收敛可能会失败。因此,该方法不适用于流行病的早期阶段。此外,如果回归统计量不满足最低标准,例如R^2>0.8,p值<0.05,则结果无效。”(米兰·巴蒂斯塔)

免责声明:模型在某些情况下会失败。应对所有结果进行严格的统计分析。当遇到其他流行阶段(逻辑函数未描述)时,模型会失败。请自行决定使用。

有关更多信息,请参阅:
https://www.researchgate.net/publication/339912313_Forecasting_of_final_COVID-19_epidemic_size_200320

数据存储在网上,并通过JHU CSSE提供各种来源,包括:
“世界卫生组织(WHO),DXY.cn.Pneumonia.2020,BNO新闻,
国家卫生健康委员会?中华人民共和国国家卫生健康委
中国疾病预防控制中心(CCDC)、香港卫生部、澳门政府、台湾疾病预防控制中心、美国疾病预防控制中心、加拿大政府、澳大利亚政府卫生部、欧洲疾病预防控制中心(ECDC)和新加坡卫生部(卫生部)

在图中,流行率用蓝线(病例/天)绘制。蓝点是实际感染率(病例/天)。区域颜色区分流行过渡阶段:
红-快增长阶段
黄色-过渡到稳态阶段
绿色结束阶段

引用为

JM2系列(2021)。COVID-19建模(//www.tianjin-qmedu.com/matlabcentral/fileexchange/74632-covid-19-modeling),MATLAB中心文件交换

评论和评级(34

菲利普Kugler

>>COVID19Modelingv2(“中国”)
使用COVID19Modelingv2时出错(第94行)
行索引超出了表维度。

如何解决这个问题?

戴阳

阿尔克

Nafees Ahamad

抱歉错误
COVID19Modelingv2(“美国”)
使用COVID19Modelingv2时出错(第47行)
表变量名称必须是字符向量。

kai扎曼

使用COVID19Modelingv2时出错(第47行)
表变量名称必须是字符向量。

JM2

嗨,尤金,
根据数据拟合出一个三参数logistic模型。
它的形式是A/(1+B*exp(-C*t))
最好的
乔希

尤金·加拉格尔

这个程序运行得很好。我有一个拟合逻辑连续形式的例行程序,但我提出了稍微不同(较低)的K值。我需要跟踪当逻辑仅基于r&K时,你是如何拟合一个三参数模型的。

哲南·斯马吉奇

使用livemapcovid19时出错(第46行)
表变量名称必须是字符向量。
(MATLAB2018a)

JM2

更新

马修

需要提交中当前未说明的优化工具箱。

泰德·哈恩斯

以下是州级数据的来源:https://covidtracking.com/data/

JM2

原始数据仍然存在,但不再更新。

JM2

嗨,柯蒂斯,
原始数据集被数据源中断。看到“https://data.humdata.org/dataset/novel-coronavirus-2019-ncov-cases".
不幸的是,我对此无能为力。我最初并不打算让这个模型提供状态级建模。如果我找到一个新的数据源,我会告诉你的。
乔希

克蒂斯·克里斯滕森

我没有看到美国在为结果变量提供数据的web路径上的输入文件中出现问题。以前的版本有一个结果的源路径,其中包含我们和每个州的数据。这是协助区域规划所必需的。
当我运行这个版本时,我得到以下错误->输出参数太多。
我们能按状态将这些源数据恢复到输入路径中的excel文件中吗?并确认其他人看到的错误与我看到的相同吗?

摩根·埃文斯

出色的工作。跑得很好。谢谢你的辛勤工作。

JM2

修复了所有兼容性问题(希望如此)

拉尔夫Elsas

JM2

嗨,Suksan。这是一个我仍在努力解决的兼容性问题。代码在我的版本(2019b)上运行良好。

Suksan Suwanarat

出色的工作,但当我运行代码时,它给我这个错误:
类的无法识别属性“PreserveVariableNames”
“matlab.io.text.DelimitedTextImportOptions”。
fitVirusCV19v3中的错误(第132行)
opts.PreserveVariableNames=true;

JM2

嗨,摩根,

我在运行2019b,没有任何问题。导入数据时必须存在兼容性问题。我将研究一种更稳健的方法。

乔希

摩根·埃文斯

收到此错误,使用版本R2020a。

使用COVID19Modelingv2时出错(第62行)
重复的表变量名:'NaN'。

JM2

嗨,佐特。我从其他用户那里听说这是一个兼容性问题。最简单的修复方法是将MATLAB升级到2019b或更新版本。

从R2019b开始,变量名和行名可以包含任何字符,包括空格和非ascii字符。此外,它们可以以任何字符开头,而不仅仅是字母。变量和行名不一定是有效的MATLAB标识符(由isvarname函数确定)。要保留这些变量名和行名,请设置PreserveVariableNames为true。”

Tsotne Marghia

非常感谢你的工作。我有一个特别的错误

class 'matlab.io.text.DelimitedTextImportOptions'的不可识别属性'PreserveVariableNames'。

COVID19Modelingv2中的错误(第24行)
opts.PreserveVariableNames=true;

我该怎么办?

罗尔夫波伦斯

嘿,各位,我试着看看文件的哪部分是空的。我找不到,你能帮我吗?我一直得到这样的信息:
错误使用matlab.io.text.TextImportOptions /组。DataLine(第73行)
数据线必须是正整数。

COVID19Modelingv2中的错误(第23行)
选择。DataLine =(2,正);

我用的是R2017b

谢谢!

JM2

谢谢Kirtis。我会努力联系维护数据集的人员。数据集非常动态,希望很快就能更新。

克蒂斯·克里斯滕森

嘿每个人。这是正常工作,但它已经停止了。请注意,对于第3/21列,此模型所依赖的死亡文件的更新失败。如果有人有权限修复这一栏,这将开始工作收益。否则,解决方案如下。将文件拉到本地文件夹并使用可读而不是
webread ('https://proxy.hxlstandard.org/api/data-preview.csv?url=https%3A%2F%2Fraw.githubusercontent.com%2FCSSEGISandData%2FCOVID-19%2Fmaster%2Fcsse_新冠病毒_19_数据%2Fcsse_新冠病毒_19_时间序列%2Ftime_序列_19-covid-deations.csv&filename=time_序列_2019-ncov-deations.csv

如果你修复了3/21死亡。csv的空数据在你的本地文件夹和我们下面的行事情将会工作,直到在线文件被修复。
%使用本地数据,因为在线数据目前似乎已经中断
结果= readtable(“time_series_2019-ncov-Confirmed.csv”);
deathresult=Readable('time_series_2019-ncov-Deaths.csv');

我得到了同样的错误。我认为这是一些版本兼容性问题。通过对代码做一些修改,我能够为我的国家运行脚本。对于这个特定的问题,解决方案是更改代码选项。DataLines =(2,正);选择。DataLine =(2,正);因为opts中没有DataLines变量。

JM2

嗨iiPlus30。这很可能是与您的MATLAB版本的兼容性问题。其他用户和我都没有遇到过这个错误。你运行的是什么版本?

ilPlus30

类matlab.io.text.DelimitedTextImportOptions不存在公共属性数据行。

COVID19Modelingv2中的错误(第23行)
opts.DataLines=[2,inf];

JM2

这对每个人都正确吗?

Matlab专家

MATLAB版本兼容性
使用R2019b创建
与R2019b及后续版本兼容
平台的兼容性
窗户 macOS Linux
致谢

启发:fitVirus

受到启发的:冠状病毒跟踪器-国家建模

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