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fitVirusCOVID19

版本5.2.1(8.04 MB)由 米兰巴蒂斯塔酒店
用SIR模型估计冠状病毒COVID-19流行

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更新2020年5月12日

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函数fitVirusCV19实现了用于估计传染病评估的易感传染病(SIR)传染病模型。假设该模型是对一阶段传染病的合理描述。特别是,该模型假设人口恒定,人群均匀混合,感染者转移的可能性相同。该模型是数据驱动的,因此其预测与数据一样好。预测将随着新数据或更改的数据而更改。官方宣布的疫情爆发与项目报告的疫情爆发无关。当数据足以计算初始近似值时,程序指示开始日期。

对于那些不熟悉流行病模型的人,我们推荐以下文章:https://en.wikipedia.org/wiki/Compartmental_models_in_epidemiolog,
http://www.maths.usyd.edu.au/u/marym/populations/hethcote.pdf,https://web.stanford.edu/~jhj1/teachingdocs/Jones-on-R0.pdf.

该模型的参数是通过最小化目标函数获得的,目标函数是值的残差的平方和以及值差残差的平方和。总和的权重将自动选择。优化工具箱函数fminsearch用于计算未知模型参数的最优值。如果计算失败,则只绘制数据。

贡献包含阿根廷、奥地利、比利时、巴西、加拿大、克罗地亚、中国、捷克共和国、丹麦、德国、匈牙利、法国、冰岛、印度、印度尼西亚、伊朗、意大利、日本、荷兰、挪威、波兰、葡萄牙、罗马尼亚、俄罗斯、斯洛伐克、塞尔维亚、斯洛文尼亚、韩国、西班牙、瑞士、土耳其、英国、,美国和世界(截至2020年4月28日)

在流行病评估图中,区域颜色将流行病阶段分开(这些阶段不是标准的,而是为了方便而任意选择的):
红-快增长阶段
黄色-过渡到稳态阶段
绿色结束阶段(高原阶段)

在总案例图上,裕度为+/-3*RMSE;在每日新案例图表上,利润率为+/dRMSE。

在日常病例生长因子图上,仅出于方向原因,显示了两行1%(绿色)和5%(红色)。

结果保存在structure res中(请参见函数fiVirusCV19标题)。可选地,结果可以通过以下方式打印:

fitVirusCV19 (@getDataXXX,“打印”,“上”)

其中XXX代表国家名称。当回归失败时,只绘制数据。人口规模限制在1200万。您可以通过名称/值对更改上限:

fitVirusCV19(@getDataXXX,'nmax',nmax)

如果最终预测过高或超过国家人口,请使用此选项。

要从图上的图形中排除增长率,请使用(def值为3)

fitVirusCV19(@getDataXXX,'nsp',2)

功能分析CV绘制了接触人数(sigma)、Cend(流行病规模)、N(初始易感人群规模)的评估图。分析XXX国家从流行10天起的数据

analyseCV19(@getDataXXX,10)

免责声明:软件和数据用于教育,不用于医疗或商业用途。模型在某些情况下可能会失败。特别是,模型可能不充分;该模型可能会在初始阶段以及遇到其他流行病阶段或疫情(SIR模型未描述)时失败。你可以自行决定使用它。
这些数据仅用于演示fitVirusCV19的操作。FitVirus和展示的演示数据仅用于教育和学术目的,不应用于医疗目的和商业。它们是按原样提供的,任何明示或默示保证,包括但不限于适销性和适用于特定目的的默示保证均不予承认。

数据来源
https://ourworldindata.org/coronavirus-source-data.
https://www.worldometers.info/coronavirus/coronavirus-cases/#case-托特中国
https://en.wikipedia.org/wiki/2019%E2%80%9320_coronavirus_pandemic_by_country_and_territory
实际数据来源是在相应的getData函数中报告的每个国家的数据。

新增:importTotalCases函数从数据文件读取和生成数据(由Igor Podlubny提供)

有关更详细的说明,请参阅
https://www.researchgate.net/publication/339311383_Estimation_of_the_final_size_of_the_coronavirus_epidemic_by_the_SIR_model
例子可以在
https://www.researchgate.net/publication/339912313_Forecasting_of_final_COVID-19_epidemic_size_200318

引用作为

米兰·巴蒂斯塔(2021年)。fitVirusCOVID19(//www.tianjin-qmedu.com/matlabcentral/fileexchange/74658-fitviruscovid19),MATLAB中央文件交换。恢复.

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平台兼容性
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