主要内容

rnaconvert.

在支架和矩阵符号之间转换RNA序列的二次结构

句法

rnastruct2.= rnaconvert(rnastruct.

输入参数

rnastruct. 由以下任一表示的RNA序列的二级结构:
  • 括号表示法

  • 连接矩阵

小费

使用rnafold.创建的功能rnastruct.

输出参数

rnastruct2. 由以下任一表示的RNA序列的二级结构:
  • 括号表示法- 字符向量或包含点和括号的串,其中每个点代表未配对的基座,而一对同样嵌套的打开和关闭支架表示基对。

  • 连接矩阵- 二进制,上三角矩阵,在哪里rnamatrix.(i,j)= 1如果并且只有一世在RNA序列中残留物SEQ.与...配对j渣滓SEQ.

描述

rnastruct2.= rnaconvert(rnastruct.回报rnastruct2.,RNA序列的二级结构,矩阵符号(如果rnastruct.处于支架符号中,或者在括号中(如果rnastruct.是矩阵符号)。

例子

示例76.从支架转换为矩阵符号
  1. 创建表示括号符号中RNA序列的二级结构的字符向量。

    括号='((((......(((.......))))))。((.....))。)))。;
  2. 将次要结构转换为连接矩阵表示。

    矩阵= rnaconvert(括号);
示例77.从矩阵转换为括号表示法
  1. 创建表示RNA序列的二级结构的连接矩阵。

    Matrix2 =零(12);矩阵2(1,12)= 1;矩阵2(2,11)= 1;矩阵2(3,10)= 1;矩阵2(4,9)= 1;
  2. 将次要结构转换为支架表示法。

    bracket2 = rnaconvert(matrix2)bracket2 =(((......)))))

也可以看看

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在R2007B中介绍