主要内容

交换生物信息学数据Excel而且MATLAB

使用Excel而且MATLAB在一起

如果你在Excel中有生物信息学数据®(2007年或更新版本)电子表格，使用电子表格链接™:

  • Excel与MATLAB的连接®用于交换数据的工作区

  • 使用MATLAB和生物信息学工具箱™计算和可视化功能

关于示例

请注意

下面的示例假设您的系统上安装了电子表格链接软件。

以下示例中使用的Excel文件包含来自DeRisi, j.l.， Iyer, v.r.和Brown, P.O.(1997年10月24日)的数据。在基因组尺度上探索基因表达的代谢和遗传控制。科学278 (5338), 680 - 686。PMID: 9381177。使用中描述的步骤筛选数据基因表达谱分析．

运行示例前

  1. 如果还没有完成，请按照电子表格链接文档中的描述修改系统路径以包括MATLAB根文件夹。

  2. 如果还没有这样做，请启用电子表格链接外接程序，如插件安装(电子表格链接)．

  3. 如果MATLAB和Excel是打开的，关闭它们。

  4. 启动Excel。MATLAB和电子表格链接软件自动启动。

  5. 从Excel中打开以下文件:matlabroot\ \ bioinfo \ data \ Filtered_Yeastdata.xlsm例子

    请注意

    matlabroot是MATLAB根文件夹，这是在您的系统上安装MATLAB软件的地方。

  6. 在Excel软件中，启用宏。单击开发人员Tab键，然后选择宏观安全来自Code组。如果开发人员选项卡不显示在Excel ribbon上，请咨询Excel帮助以显示它。如果遇到“无法找到项目或库”错误，您可能需要更新Visual Basic软件中的引用。打开Visual Basic开发人员TAB和选择Visual Basic．然后选择工具>参考文献>SpreadsheetLink．如果失踪:exclink2007.xlam复选框被选中，请将其清除。

运行整个数据集的示例

  1. 在提供的Excel文件中，请注意列A到H包含来自DeRisi等人的数据。还要注意，单元格J5、J6、J7和J12包含使用电子表格链接函数的公式MLPutMatrix而且MLEvalString．

    提示

    若要查看单元格的公式，请选择该单元格，然后在公式栏中查看公式在Excel窗口的顶部。

  2. 通过选择单元格，按下，执行单元格J5、J6、J7和J12中的公式F2，然后按下输入．

    前三个单元格都包含一个使用电子表格链接函数的公式MLPutMatrix，它会根据电子表格中的数据创建一个MATLAB变量。单元格J12包含一个使用电子表格链接函数的公式MLEvalString该公司运营着生物信息学工具箱clustergram函数使用这三个变量作为输入。有关使用电子表格链接函数添加公式的详细信息，请参见使用工作表单元格创建对角矩阵(电子表格链接)．

  3. 注意，单元格J17包含一个使用宏函数的公式Clustergram，它是用Visual Basic创建的®编辑器。运行此宏的方法与单元格J5、J6、J7和J12中的公式相同。可选地，查看Clustergram宏函数开发人员选项卡，然后单击Visual Basic按钮．(如果开发人员选项卡不在Excel色带上，请咨询Excel帮助以显示它。)

    有关使用Visual Basic编辑器创建宏的详细信息，请参见使用VBA宏创建对角线矩阵(电子表格链接)．

  4. 执行J17单元格中的公式来分析和可视化数据:

    1. 选择单元格J17．

    2. 新闻F2．

    3. 新闻输入．

    宏观函数Clustergram运行创建三个MATLAB变量(数据，基因,步伐)，并显示包含树状图和数据热图的Clustergram窗口。

编辑公式以在数据子集上运行示例

  1. 编辑单元格J5和J6中的公式，以分析数据的子集。通过编辑公式的细胞范围，只包括前30个基因的数据来做到这一点:

    1. 选择单元格J5，然后按F2以显示要编辑的公式。改变H617来H33，然后按输入．

    2. 选择单元格卫星，然后按F2以显示要编辑的公式。改变A617来A33，然后按输入．

  2. 运行单元格J5、J6、J7和J12中的公式，以分析和可视化数据的子集:

    1. 选择单元格J5,按F2，然后按输入．

    2. 选择单元格卫星,按F2，然后按输入．

    3. 选择单元格J7,按F2，然后按输入．

    4. 选择单元格纺纱,,按F2，然后按输入．

使用电子表格的链接与数据交互的产品MATLAB

使用MATLAB组右边的首页TAB与数据交互:

例如，在MATLAB中创建一个包含3 × 7数据矩阵的变量，在图窗口中绘制数据，然后将图添加到电子表格中:

  1. 单击拖动以选择单元格B5通过H7．

  2. 从MATLAB组中选择将数据发送到MATLAB．

  3. 类型yagen获取变量名，然后单击好吧．

    的变量yagen作为3 × 7矩阵添加到MATLAB工作区。

  4. 从MATLAB组中选择运行MATLAB命令．

  5. 类型情节(yagen＇）获取该命令，然后单击好吧．

    “图”窗口显示数据的图形。

    请注意

    确保你使用＇(转置)符号时绘制的数据在这一步。你需要把数据转置yagen所以它在7个时间间隔内画出了3个基因。

  6. 选择单元格J20，然后从MATLAB组中单击，选择得到MATLAB图．

    该图形被添加到电子表格中。