使用系统进化树App

系统发生树应用程序概述

系统发生树应用程序允许您查看，编辑，格式化和探索系统发生树数据。有了这个应用程序，你可以修剪，重新排序，重命名分支，并探索距离。您还可以打开或保存Newick或ClustalW树格式的文件。以下部分描述了用于创建可发布的树图的菜单命令和功能。

打开系统发育树应用程序

类中的数据绘制系统发育树phytree对象或以前保存的文件。

系统发生树应用程序可以从Newick和ClustalW树格式的文件中读取数据。

此过程使用存储在文件中的系统发育树数据pf00002.tree举个例子。数据从蛋白质家族(PFAM) Web数据库中检索，并使用登录号保存到一个文件中PF00002这个函数gethmmtree．

创建一个phytree对象。例如，创建一个phytree对象从文件中的树数据中获取pf00002.tree、类型
```
Tr = phytreread (“pf00002.tree”）
```
MATLAB^®软件创建一个phytree对象。
```
有33个叶子(32个分支)的系统发育树对象
```
使用app查看系统发育树。
```
phytreeviewer (tr)
```
或者,单击种系发生树在应用程序选项卡。

文件菜单

的文件菜单包含用于打开和关闭文件的标准命令，并且包含要使用的命令phytree来自MATLAB工作区的对象数据。的文件菜单命令如下所示。

新查看器命令

使用新观众命令将树数据从一个文件打开到第二个系统发育树查看器。

从文件菜单中,选择新观众．
的打开一个系统发生树对话框。
为树选择源。
- MATLAB工作空间-选择从工作区导入选项，然后选择aphytree对象。
- 文件-选择打开系统发育树文件选项，单击浏览按钮，选择一个目录，选择具有扩展名的文件.tree，然后按开放．工具箱使用文件扩展名.treenewick格式的文件，但您可以使用任何具有任何扩展名的newick格式的文件。
第二个系统发育树查看器将打开，其中显示所选文件中的树数据。

打开命令

使用开放命令从newick格式的文件中读取树数据，并在应用程序中显示该数据。

从文件”菜单上,单击“开放．
的选择系统发育树文件对话框。
选择一个目录，选择一个newick格式的文件，然后单击开放．应用程序使用文件扩展名.treenewick格式的文件，但您可以使用任何具有任何扩展名的newick格式的文件。
该应用程序将当前树数据替换为所选文件中的数据。

从工作区命令导入

使用从工作区导入命令从对象中读取树数据phytree对象，并使用应用程序显示数据。

从文件菜单中,选择从工作区导入．
的获取Phytree对象对话框。
从列表中选择aphytree对象的MATLAB工作空间。
单击进口按钮。
该应用程序将当前树数据替换为所选对象的数据。

在新查看器中打开原始文件

有时，您可能希望撤消所做的更改。的种系发生树应用程序没有undo命令，但您可以返回到开始查看的原始树在新查看器中打开原始文件命令。

从文件菜单中,选择在新查看器中打开原始文件．

一个新的系统发生树查看器将打开，其中包含原始树。

另存为命令

在创建一个phytree对象或从现有数据中修剪树，您可以将结果树保存在newick格式的文件中。序列数据用于创建phytree对象没有与树一起保存。

从文件菜单中,选择另存为．
的保存系统发育树为对话框。
在文件名框中，输入文件名。工具箱使用文件扩展名.treenewick格式的文件，但您可以使用任何文件扩展名。
点击保存．
该应用程序保存的树数据没有删除的分支，它保存对分支和叶名称的更改。格式化更改，如分支旋转、折叠分支和缩放设置不会保存在文件中。

导出到新查看器命令

由于无法撤消某些系统发育树查看器命令(例如，修剪命令)，因此您可能希望在尝试命令之前对树进行复制。在其他时候，您可能希望比较同一树的两个视图，将树复制到新的工具窗口允许您独立地对两个树视图进行更改。

选择文件>导出到新查看器，然后选择其中之一隐藏节点或只显示．
打开一个新的系统发育树查看器，并显示该树的副本。
使用新的数字继续分析。

导出到工作区命令

的种系发生树应用程序可以打开newick格式的树数据文件。但是，它不会创建phytree对象的MATLAB工作空间。如果您希望以编程方式探索系统发育树，则需要使用导出到工作区命令。

选择文件>导出到工作区，然后选择其中之一隐藏节点或只显示．
的导出到工作区对话框。
在工作空间变量名框中，输入系统发育树数据的名称。例如，输入MyTree．
点击好吧．
应用程序创建一个phytree对象的MATLAB工作空间。

打印到图命令

在探索了树中分支和叶之间的关系后，可以将树复制到MATLAB图窗口。使用“图形”窗口，您可以使用所有功能进行注释、更改字体特征，并为发布图形做好准备。此外，还可以从“图”窗口保存树的图像，因为它显示在种系发生树应用程序。

从文件菜单中,选择打印至图，然后选择其中之一隐藏节点或只显示．
的打印系统发育树图对话框。

选择其中一个呈现类型．

呈现类型	描述
`“广场”`(默认)
`“角”`
`“辐射”`
`“equalangle”`	提示这种呈现类型隐藏了根节点的重要性，并强调了集群，因此对于可视化地评估集群和检测异常值非常有用。
`“equaldaylight”`	提示这种呈现类型隐藏了根节点的重要性，并强调了集群，因此对于可视化地评估集群和检测异常值非常有用。

选择显示标签你想保持身材。您可以从所有选项中选择或不选择。
- 分支节点—在图中显示分支节点名称。
- 叶节点—在图中显示叶节点名称。
- 终端节点—右侧边框显示终端节点名称。
单击打印按钮。
一个新的图形窗口将打开，其中包含您所选择的特征。

打印预览命令

打印时种系发生树app或MATLAB图窗口(带有从查看器发布的树)，您可以指定打印树的设置选项。

从文件菜单中,选择打印预览．
的打印预览窗口将打开，您可以使用该窗口选择页面格式化选项。
选择所需的页面格式选项和值，然后单击打印．

打印命令

使用打印命令复制系统发育树打印预览命令选择格式化选项。

从文件菜单中,选择打印．
的打印对话框。
从的名字列表，选择打印机，然后单击好吧．

工具”菜单

使用工具菜单:

探索分支路径
旋转的分支
查找、重命名、隐藏和修剪树枝和叶子。

的工具菜单和工具栏包含大多数特定于树和系统发育分析的命令。使用这些命令和模式以交互方式编辑和格式化树。的工具菜单命令包括:

检查模式

中查看系统发育树种系发生树App提供了两个序列密切相关的大致概念。然而，为了确切地了解两个序列之间的密切关系，可以测量它们之间的路径距离。使用检查命令显示和测量两个序列之间的路径。

选择工具>检查，或从工具栏中单击检查工具模式图标．
应用程序设置为检查模式。
单击一个分支或叶节点(选定的节点)，然后将光标悬停在另一个分支或叶节点(当前节点)上。
该应用程序突出显示两个节点之间的路径，并在弹出窗口中显示路径长度。路径长度是由计算的父程距离seqpdist函数。

折叠和扩展分支模式

有些树有成千上万的叶子和分支节点。显示所有节点会创建一个不可读的树图。通过折叠一些分支，您可以更好地看到剩余节点之间的关系。

选择工具>折叠/展开，或从工具栏中单击品牌崩溃/扩张模式图标．
应用程序被设置为折叠/展开模式。
指向一个树枝。
所选分支下面的路径、分支节点和叶节点显示为灰色，表明您选择了它们来折叠(从视图中隐藏)。
单击分支节点。
应用程序隐藏所选分支下面的路径、分支节点和叶节点的显示。但是，它不会删除数据。
要展开折叠的分支，请单击或选择Tools >重置视图．

提示

折叠节点后，可以通过选择重绘树工具>适合窗口．

旋转分支模式

系统进化树最初是通过将两个最相似的序列配对，然后按照相似度递减的顺序将剩余的序列相加来创建的。你可以旋转分支来强调进化的方向。

选择工具>旋转支路，或从工具栏中单击旋转分支模式图标．
应用程序设置为旋转分支模式。
指向一个分支节点。
单击分支节点。

选定分支节点下方的分支节点和叶节点围绕分支节点旋转180度。
要撤消旋转，只需再次单击分支节点。

重命名叶子或分支模式

的种系发生树的节点名phytree对象，并创建以分支1．您可以编辑任何叶或分支名称。

选择工具>重命名，或从工具栏中单击重命名叶子/分支模式图标．
应用程序设置为重命名模式。
单击分支或叶节点。

打开一个文本框，其中包含节点的当前名称。
在文本框中编辑或输入新的名称。
若要接受更改并关闭文本框，请单击文本框外。若要保存更改，请选择文件>另存为．

修剪(删除)叶或分支模式

您的树可以包含远离系统发育的叶子，或者它可以有您想删除的重复叶子。

选择修剪工具，或从工具栏中单击修剪(删除)叶/枝模式图标．
应用程序被设置为修剪模式。
指向一个分支或叶节点。

对于叶节点，连接到叶的分支线显示为灰色。对于分支节点，该节点下面的分支线显示为灰色。

请注意

如果删除节点(分支或叶)，则无法撤消所做的更改。系统发生树应用程序没有撤销命令。
单击分支或叶节点。
该工具将从图中移除分支，并重新排列其他节点以平衡树结构。它不需要重新计算系统发育。

提示

修剪节点后，可以通过选择重新绘制树工具>适合窗口．

放大、缩小和平移命令

缩放和平移命令是在任何MATLAB图窗口中调整屏幕大小和移动屏幕的标准控件。

选择工具>放大，或从工具栏中单击放大图标．
该应用程序激活放大模式，并将光标切换到放大镜。
将光标放在要放大的树形图的部分上，然后单击。
树形图的大小增加了一倍。
从工具栏中单击锅图标．
将光标移到树形图上，左键单击，并将图拖到要查看的位置。

提示

在缩放和平移之后，您可以通过选择将树重置到其原始视图Tools >重置视图．

选择子菜单

通过单击选择单个分支或叶节点。选择多个分支或叶节点转变-单击节点，或单击拖动以在节点周围绘制方框。

使用选择子菜单，根据不同的条件选择特定的分支和叶节点。

按距离选择-在窗口顶部显示一个滑动条，您可以滑动它来指定距离阈值。与所选节点的距离低于此阈值的节点以红色显示。与所选节点的距离高于此阈值的节点显示为蓝色。
选择共同祖先—对于所有选定的节点，用红色突出显示最近的公共祖先分支节点。
选择离开—选中一个或多个节点时，将选中的叶节点用红色高亮显示。如果未选中节点，则用红色高亮显示所有叶节点
传播的选择—对于所有已选节点，后代节点用红色高亮显示。
交换的选择—清除所有已选节点，并选中所有未选节点。

使用前面的命令选择节点后，使用以下命令隐藏并显示节点: