本例演示如何部署模拟SimBiology模型的图形应用程序。这个例子模型是Gillespie[1]所描述的Lotka-Volterra反应系统,它可以解释为一个简单的捕食者-食饵模型。
这个例子需要MATLAB编译器™.
您可以使用MATLAB编译器和SimBiology导出模型创建独立的SimBiology应用程序。要使应用程序与MATLAB编译器兼容,请执行以下操作:
使用模型的出口
方法。
加速模型(可选)。
将模型保存到MAT文件中。
确保应用程序从MAT文件加载模型。
添加%#功能
应用程序顶级函数的杂注。
打电话给电动机控制中心
函数,显式地将MAT文件和导出模型的依赖文件添加到应用程序中。
sbioloadproject项目洛特卡m1型
exportedModel=导出(m1);
加速需要正确配置的MEX编译器(请参阅mex-设置
).
加速(exportedModel);
取消注释下一行以将模型保存在exportedLotka.mat中
%保存exportedLotka exportedModel
电动机控制中心
应用程序的顶级函数,模拟器
,已更新为使用导出的模型MAT文件。它还包含以下内容%#功能
pragma,它告诉MATLAB编译器应用程序使用SimBiology导出的模型:%#函数SimBiology.export.Model
现在,确定要显式添加到应用程序的文件列表。此列表包括包含导出模型的MAT文件和从属文件
导出模型的属性。注意,此MAT文件必须在电动机控制中心
调用,以便导出模型的文件可用于部署。
%为了加快编译速度,我们使用选项|-N-p simbio |,它通知% |mcc|,部署的应用程序不依赖于任何其他%工具箱。在本例中,我们以编程方式%建立| mcc |命令。mccCommand=['mcc-m simulateLotkaGUI.m-N-p simbio-a exportedLotka.mat'...冲刺('-a%s',导出模型。依赖文件{:});%取消注释以下行以执行| mcc |命令。这可能需要%几分钟。%%评估(mccCommand)
[1] Gillespie D.T.“耦合化学反应的精确随机模拟”(1977)物理化学杂志,81(25),2340-2361。