部署SimBiology模型

本例演示如何部署模拟SimBiology模型的图形应用程序。这个例子模型是Gillespie[1]所描述的Lotka-Volterra反应系统,它可以解释为一个简单的捕食者-食饵模型。

这个例子需要MATLAB编译器™.

概述

您可以使用MATLAB编译器和SimBiology导出模型创建独立的SimBiology应用程序。要使应用程序与MATLAB编译器兼容,请执行以下操作:

  • 使用模型的出口方法。

  • 加速模型(可选)。

  • 将模型保存到MAT文件中。

  • 确保应用程序从MAT文件加载模型。

  • 添加%#功能应用程序顶级函数的杂注。

  • 打电话给电动机控制中心函数,显式地将MAT文件和导出模型的依赖文件添加到应用程序中。

加载模型

sbioloadproject项目洛特卡m1型

创建导出模型

exportedModel=导出(m1);

加速模型

加速需要正确配置的MEX编译器(请参阅mex-设置).

加速(exportedModel);

保存导出的模型

取消注释下一行以将模型保存在exportedLotka.mat中

%保存exportedLotka exportedModel

呼叫电动机控制中心

应用程序的顶级函数,模拟器,已更新为使用导出的模型MAT文件。它还包含以下内容%#功能pragma,它告诉MATLAB编译器应用程序使用SimBiology导出的模型:%#函数SimBiology.export.Model

现在,确定要显式添加到应用程序的文件列表。此列表包括包含导出模型的MAT文件和从属文件导出模型的属性。注意,此MAT文件必须在电动机控制中心调用,以便导出模型的文件可用于部署。

%为了加快编译速度,我们使用选项|-N-p simbio |,它通知% |mcc|,部署的应用程序不依赖于任何其他%工具箱。在本例中,我们以编程方式%建立| mcc |命令。mccCommand=['mcc-m simulateLotkaGUI.m-N-p simbio-a exportedLotka.mat'...冲刺('-a%s',导出模型。依赖文件{:});%取消注释以下行以执行| mcc |命令。这可能需要%几分钟。%%评估(mccCommand)

工具书类

[1] Gillespie D.T.“耦合化学反应的精确随机模拟”(1977)物理化学杂志,81(25),2340-2361。