随机模拟的放射性衰变
这个例子展示了如何构建和使用SSA随机模拟模型解算器。
下面的模型构造和随机模拟:
反应1:x - > z一阶反应速率,c = 0.5。
初始条件:x = 1000分子,z = 0。
这个模型还可以用来代表不可逆转的异构化。
这个示例使用参数和条件如丹尼尔·t·吉莱斯皮所述,1977年的随机模拟耦合化学反应,“物理化学杂志》,81卷,没有。25日,第2340 - 2361页。
读放射性衰变模型保存在用格式
模型= sbmlimport (“radiodecay.xml”)
模型= SimBiology模型——RadioactiveDecay模型组件:隔间:1事件:0参数:1反应:1规则:0物种:2可见:0
视图对象模型的物种
model.Species
ans = SimBiology物种数组索引:舱:名称:价值:单位:1未具名x 1000分子2匿名z 0分子
视图反应模型的对象
model.Reactions
ans = SimBiology反应数组索引:反应:1 x - > z
动力学的参数对象法律的看法
model.Reactions (1) .KineticLaw (1) .Parameters
ans = SimBiology参数数组索引:名称:价值:单位:1 c 0.5 - 1 /秒
更新为随机动力学反应使用MassAction动能法。
model.Reactions (1) .KineticLaw (1)。KineticLawName =“MassAction”;model.Reactions (1) .KineticLaw (1)。ParameterVariableNames = {“c”};
使用随机模拟模型(SSA)解算器和阴谋
c = getconfigset(模型,“活跃”);cs。SolverType =“ssa”;cs。StopTime = 14.0;cs.CompileOptions。DimensionalAnalysis = false;(t, X) = sbiosimulate(模型);情节(t, X);传奇(“x”,“z”,“自动更新”,“关闭”);标题(随机模拟放射性衰变的);ylabel (的分子数);包含(的时间(秒));
重复仿真运行的可变性
标题(多个随机模拟放射性衰变的);持有在;为循环= 1:20 (t, X) = sbiosimulate(模型);情节(t, X);%就情节反应物分子的数量drawnow;结束
叠加反应的用红色颂歌的解决方案
c = getconfigset(模型,“活跃”);cs。SolverType =“日晷”;cs。StopTime = 20;(t, X) = sbiosimulate(模型);情节(t X,“红色”);持有从;
