辛博学

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模型,模拟和分析生物系统

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SimBiology社区

一个科学家聚集的地方,在QSP, PBPK, PK/PD建模使用SimBiology和MATLAB。

建筑模型

构造定量系统药理学(QSP),基于生理学的药代动力学(PBPK),或药代动力学/药效学(PK / PD)模特就像你将它们绘制在一张纸上,使用Simbiology Model Builder。

指定模型动态

使用拖放框图编辑器或程序化工具构建QSP,PBPK或PK / PD模型。从系统生物学标记语言(SBML)文件导入现有模型。

创建模型变体

使用模型变体来存储一组不同于基本模型配置的参数值或初始条件。无需创建模型的多个副本,即可轻松模拟虚拟患者、候选药物、替代场景和假设。

将可选数量值存储为模型变量。

评估剂量策略

定义和评估剂量策略。评估联合治疗的好处,并通过结合针对不同模式物种的给药计划来确定最佳的给药策略。

模拟模型

使用各种确定性和随机求解器模拟模型的动态行为SimBiology模型分析或程序化工具。

选择一个求解器

从几个可用的确定性求解器中选择一个,包括MATLAB解决歌唱日晷解决者,或选择其中之一随机求解器,包括随机模拟算法(SSA)、显式跳跃算法和隐式跳跃算法。

自动化单元转换

选择最适合您的模型的单位;例如,指定毫克的剂量,纳米图/毫流的药物浓度,升中的血浆体积。单元转换工具将模型和数据中的所有数量转换为一致的单元系统。

指定单位并自动执行单位转换。

加速模拟

通过将模型转换为编译的C代码来加速大型模型或蒙特卡罗模拟的模拟。通过使用多个核心,集群或云计算资源分发模拟来进一步提高性能并行计算工具箱™

通过扩展到集群和云来提高模拟的性能。

估计参数

通过将模型拟合到实验时间过程数据来估计模型参数。通过执行非区室分析(NCA)计算PK参数。

Noncompartmental分析

从药物浓度的时间过程测量中计算药物的药代动力学参数,而无需假设室模型。使用稀疏或连续取样,对单次或多次给药的实验和模拟数据进行NCA。

AUC计算用于线性和半机尺度的集中时间数据。

非线性回归

估计参数使用局部或全局估计方法并计算置信区间用于参数和模型预测。适合每个组独立地生成特定于组的估计或同时适合所有组以估计单个值。

双室PK模型的高斯参数置信区间。

非线性混合效应技术(NLME)

使用NLME方法拟合总体数据,使用期望最大化随机近似(SAEM)、一阶条件估计(FOCE)、一阶估计(FO)、线性混合效应(LME)近似或限制LME近似。

非线性混合效应法的进展图。

分析模型

执行敏感性分析,参数扫描和蒙特卡罗模拟,以探讨参数和条件对模型行为的影响。

内置程序和交互式探索工具

使用带有SimBiology Model Analyzer应用程序的内置分析步骤撰写分析程序。使用滑块以交互方式探索参数或剂量时间表的变化对模型结果的影响。

全球和局部敏感性分析

通过进行局部或全局敏感性分析,探讨模型数量变化对模型响应的影响。使用全局敏感性分析来理解哪个模型输入驱动了跨参数空间的模型响应,并告知参数估计策略。

自定义分析

以Matlab脚本以管理方式使用SimBiology来自动分析并创建自定义分析。您还可以使用社区贡献的工具作为附加组件,以在您的素质模型(如虚拟人口模拟)上执行自定义分析。

社区来自SimBiology在线社区的贡献工具。

部署模型

使用App Designer创建模型探索应用程序,并将其与Matlab编译器包包。与合作者分享素质模拟,他们无法访问Matlab和Simbiology,而无需公开建模详细信息。

构建和部署Web应用程序

创建应用程序使用程序设计师,使用Matlab Compiler™打包它们,并使用它们使用MATLAB Web应用服务器™.合作者可以使用浏览器访问和运行web应用程序,而无需安装任何软件。