xiangruili / dicm2nii

NIfTI转换,可视化和转换工具

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更新2022年9月16日

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编者按:该文件被选为MATLAB Central本周精选

DICOM到NIfTI的转换,NIfTI工具

引用作为

李祥瑞(2023)。xiangruili / dicm2niiGitHub (https://github.com/xiangruili/dicm2nii)。检索

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版本 发表 发布说明
2022.03.06

更新版本

2018.08.08

1.使用GetFullPath
2.接受混合文件和文件夹作为输入
3.其他修复

2018.6.14.0

Dicm2nii:实现16位范围缩放(默认关闭);
Dicm_hdr:修复了搜索方法中字节不足的bug;philips_par&xml的改进
切换到Github

2018.6.5.0

1.dicm_hdr:可以读取Philips xml文件;PAR处理的许多改进
2.dicm2nii:可以处理Philips PAR/XML/DICOM的不完整卷;
更好地处理不同的复杂图像类型。

2018.5.23.0

dicm2nii:处理一些特殊的飞利浦机箱:
1.从帧参考时间存储VolumeTiming,在pet数据中看到;
2.修复移除Philips DTI ADC vol的bug;
3.为重新缩放切换到浮动值。

2018.4.20.0

1.Dicm2nii:修复长文件名的错误
2.一些小的修正。

2018.3.9.0

nii_viewer:
1.当添加覆盖时,检查工作区中的NIfTI结构
2.像“时间过程”一样执行“标准偏差”。
Dicm_hdr ->philips_par:修复错误的切片翻转;不完全体积功

2018.1.19.0

1.Nii_viewer:地图膨胀表面点击以纠正体积中的位置,即使是旧的matlab
2.dicm2nii:修复了字段映射te的错误
3.其他小的修复和改进。

2018.1.3.0

Nii_viewer:支万博1manbetx持膨胀表面到体的映射。仅检测HCP表面。

2017.12.29.0

表面视图使用组合覆盖,因此它可以在不同的环境中顺利工作。

2017.12.28.0

1.nii_viewer:实现CIfTI的表面视图(包括HCP gii模板)。
2.dicm_hdr:修复了Philips PAR中可能出现的切片翻转。

2017.12.14.0

1.dicm2ii:适用于西门子多帧dicom。
2.nii_viewer:尝试转换回音量以可视化cif。
3.Dicm_img:修复了没有偏移表的压缩dicom的错误。

2017.10.31.0

1.Nii_view:两种布局,包括紧凑的单行显示
2.其他小的改进和修复

2017.9.27.0

1.基于BIDS对缺失卷进行Save VolumeTiming;
2.正确的西门子读出时间;
3.如果RTIA_timer不可用,使用GE SLICEORDER;
4.始终存储TE和读数失真校正。

2017.8.3.0

1.修复了读取Philips PAR文件的错误;
2.更好的标签自动完成。

2017.7.20.0

1.添加functionSignatures。Json文件的TAB自动完成;
2.允许经常丢失的instancenumber,如CMRR用于听觉研究的dicom;
3.尽量照顾GitHub下载,所以准备GitHub托管。

2017.6.18.0

1.dicm2nii & nii_viewer:可以读取大端AFNI图像;
2.dicm2nii:设置多波段slice_code为0,避免FreeSurfer错误;
3.用户需要手动下载一次从GUI修复包更新;
4.nii_viewer:改进了ctrl下拉来添加叠加

2017.3.22.0

1.dicm2nii:对ImagePositionPatient的精度要求更高;
2.dicm2nii:修复了带有>2卷的混合MAG/PHASE多帧dicom的错误。

2017.2.15.0

1.nii_viewer:可以通过转换成NIfTI打开DICOM等文件而无需保存,允许从一个或多个文件中查看图像而无需转换。
2.dicm2nii:可以将FreeSurfer mgh/mgz文件转换为NIfTI。
3.其他修复和改进。

2017.1.3.0

anonymize_dicm:将PatientName替换为ID,而不是擦除。

2016.12.29.0

1.Nii_moco:执行运动校正的新实现;
2.anonymize_dicm:删除dicom文件中的患者名的新实现;
3.dicm2nii:用龙门倾斜变换CT图像;
4.其他小的改进和修复。

2016.11.30.0

1.dicm2nii:修复Philips多帧dicom中不规则的图像顺序;
2.Dicm_hdr:避免由于标签缺少值而导致的错误;
3.其他小的改进。

2016.11.15.0

1.Nii_viewer:允许手动移除多余的颈部组织;
2.nii_viewer:更好的覆盖处理分析文件;
3.Nii_tool:通过内存gunzip快速读取gz文件;
4.这里和那里的小改进。

2016.10.10.0

1.Nii_viewer:实现扭曲叠加;
2.nii_viewer:实现“Save volume as”;
3.dicm_hdr:修复一些Philips PAR文件的问题;
4.其他小的修复。

2016.9.21.0

Dicm2nii:修复了几个小时前更新引入的错误(斜率/截距错误地应用于文件)。

2016.9.20.0

1.dicm2nii:向GUI添加首选项
2.dicm2nii:转换具有不一致的重新缩放斜率或截距的序列
3.其他小的修复和改进

2016.8.26.0

1.dicm2nii:添加前缀以允许不使用SeriesInstanceUID;
2.Nii_viewer:为大型数据集加载单个卷的选项;
3.dicm_hdr:可以读取dicom没有PixelData;
4.其他小的修复和改进。

2016.7.10.0

nii_viewer:文件列表GUI改进;实现直方图和球体ROI创建。
其他小的修复和改进。

2016.6.10.0

nii_viewer:添加'RGB' LUT,这样3卷图像可以在RGB;
dicm2nii:避免因empty-PixedlData垃圾dicom而跳过系列;
允许setpref不保存PatientName和不使用parfor;
其他小的修复。

2016.6.1.0

dicm2nii:总是为充值保存ReadoutSeconds;
Nii_viewer:实现图像重心显示;
其他小的修复和改进。

2016.5.21.0

Nii_stc: nifti片时间校正的新文件。
dicm_img:尝试支持Bits万博1manbetxStored~=HighBit+1的文件。
Dicm2nii & nii_viewer:小修复。

2016.5.16.0

Dicm2nii:修复了由于丢失文件而导致的错误。

2016.5.12.0

dicm2nii:
1.GE bvec信号校正,用于凹陷/cor采集;
2.避免由于Siemens B15 CSASeriesHeaderInfo缺少信息而导致的错误。
nii_viewer:
修正了通过按键放大/缩小的错误。

2016.5.9.0

nii_viewer:将阶段lut更新为3;添加“在新窗口中打开”

2016.5.6.0

修正版本号

2016.5.5.0

Dicm2nii:对旧/坏数据更好的拼接检测;默认转换MoCo系列。
nii_viewer:为复杂数据添加了两个LUT:对视网膜切除有用。
Dicm_hdr:性能调整:几乎100%的改进。
许多小的修复和改进。

2016.3.24.0

1.dicm2nii:修复西门子马赛克检测的罕见情况。
2.nii_viewer:允许背景图像在堆栈中移动;
删除DTI矢量线的一些限制。
3.一些小的修正。

2016.1.31.0

1.Nii_viewer:修复了set_file中混乱的回调;
2.一些小的改进。

2016.1.27.0

1.Dicm2nii:支万博1manbetx持大端dicom文件;
2.其他小的修复。

2016.1.15.0

检查更新:修复问题下载到当前目录。

2016.1.14.0

1.Nii_viewer:实现时间轨迹图;
2.nii_viewer:修复一些Matlab版本由于不可见的图形而挂起的问题;
3.Dicm_img:修复了不将字节转换为double的错误。

2016.1.12.0

1.从dicm2nii和nii_viewer GUI实现更新检查;
2.用matlab对dicm2nii、nii_tool和nii_viewer进行预估;
3.dicm2nii:修复文件丢失SeriesInstanceUID;
4.Nii_viewer:一些改进和bug修复。更快的显示

2016.1.5.0

修复和改进了dicm2nii, nii_tool,主要是nii_viewer:
1.友好的文件列表GUI;
2.按Ctrl拖放添加叠加;
3.调制图像显示;
4.ROI标签显示,如AAL;
5.更多的LUT选项,包括自定义LUT。

2015.11.28.0

Nii_viewer:先前更新中引入的错误修复(重新定向问题)

2015.11.27.0

nii_viewer:
1.在Linux下避免白色背景错误;
2.修正了alpha和s/qform不匹配的情况。

2015.11.22.0

Nii_viewer修复和改进:
1.修正了sform=0时nii的错误;
2.添加“Show NIfTI essentials”;
3.白色背景效果更好。

2015.11.20.0

1.dicm2nii: GUI支万博1manbetx持拖放文件夹/文件;可选择保存JSON文件;
2.Nii_tool:部分gz解压缩使HDR读取更快;
3.nii_viewer:实现了键导航和缩放;允许L/R翻转,白色背景和更多。

2015.11.5.0

修复了显示NIfTI hdr/ext的错误

2015.11.4.0

1.实现nii_viewer。M为nii可视化;
2.添加文件nii_xform来重新采样/转换nii图像;
3.对dicm2nii, nii_tool等进行了一些小改进;
4.包括Maarten van der Seijs的控制。

2015.9.26.0

1.注意PAR/REC和多帧dicom的不规则切片顺序;
2.修复了nSlices = 1的错误;
3.其他小的修复。

1.44.0.0

1.nii_tool:自动检测RGB样式的图像读取;
2.尝试修复一些多波段数据的切片定时;
3.其他一些小的修复。

1.43.0.0

主要:存储文本NIfTI扩展信息,如DTI bval/bvec,切片定时,unwarp参数等
次要:更多的缺失文件检查和一些小的修复和改进

1.42.0.0

由于FSL可能存在问题,不存储code=40 NIfTI扩展

1.41.0.0

修复最新Matlab版本的问题:uint32图句柄和parpool。

1.40.0.0

1.可以将BrainVoyager文件转换为NIfTI;
2.修复飞利浦数据的phaseDir;
3.nii_tool允许设置默认的NIfTI版本和RGB样式;
4.其他小的修复和改进。

1.39.0.0

1.工作多学科/研究数据;
2.不会跳过衍生数据,例如来自GLM/DTI的数据;
3.变换考虑片向可能发生的剪切;
4.许多小的改进。

1.38.0.0

1.修正了相位编码方向的Bug;
2.改进的DTI bvec标志处理;
3.许多小的修复和改进。

1.37.0.0

1.dicm2nii可以保存SPM风格的NIfTI;
2.nii_tool可以在3D和4D NIfTI之间进行转换;
3.许多其他修复和改进。

1.36.0.0

1.包括新文件nii_tool。m,可以读写几乎所有不同版本的NIfTI文件的数据类型;
2.Dicm_img默认返回与dicomread相同的值(转置的img);
3.包括用于Windows和Linux的pigz,用于快速压缩gz (de)。

1.34.0.0

1.修复了单帧多帧dicom的错误;
2.使切片数检测更可靠;
3.其他小的改进。

1.33.0.0

1.如果可能的话,使用ImagePositionPatient导出切片厚度;
2.用唯一的ImagePositionPatient覆盖dicom报头中的切片数;
3.增加RescaleIntercept和RescaleSlope一致性检查。

1.32.0.0

参见之前的更新

1.31.0.0

1.如果可用且值得使用,请使用平行工具;
2.第一个测试版本的Octave 3.8.1(GUI不工作);
3.一些小的修正。

1.30.0.0

1.修复了GE多帧dicom中缺少切片数的错误;
2.sort_dicm负责多个StudyID;
3.对dicm2nii、dicm_hdr和dicm_dict进行了小幅改进。

1.29.0.0

sort_dicm的可选输出参数

1.28.0.0

1.包括新文件sort_dicm,它将不同主题的文件分类到子文件夹中;
2.记住上次转换时的GUI设置;
3.其他小的改进。

1.27.0.0

处理飞利浦PAR文件中的不同回车问题

1.26.0.0

1.照顾一些第三方dicom转换器丢失的VR;
2.一些小的改进。

1.25.0.0

1.修复PAR 4.2关键字大小写变化导致的问题;
2.忽略PAR文件扩展名大小写。

1.24.0.0

1.能处理压缩的tgz、tar文件吗
2.一些小的修复

1.23.0.0

1.注意非唯一的ixyz;
2.修复了交错降序的slice_code;
3.修复了GE交错文件顺序的错误;
4.存储DTI的读数。

1.22.0.0

1.图像存储更改,使DTI数据适用于FSL 5.05及更高版本
2.改变FSL图像空间的相位方向
3.西门子数据使用ProtocolName
4.GE数据:可获取后期版本的相位方向;注意交错编号

1.21.0.0

1.修复了新的GE数据,包括DTI;
2.改进的多主题数据转换;
3.GE/Philips数据更好的文件名;
4.许多小的修正和改进。

1.20.0.0

不再设置cal_min和cal_max,避免显示范围问题。

1.19.0.0

1.在dcmHeaders.mat中存储FSL切片时间;
2.实现多频带dicom的切片定时;
3.修复了一些GE数据的切片顺序错误;
4.其他小改进;

1.18.0.0

1.修复MoCo系列检测的bug;
2.修复了rename_dicm:缺少制造商

1.17.0.0

1.万博1manbetx支持没有元信息的dicom;
2.修复了gzip的Bug。m检测;
3.修复了将~作为主文件夹的问题;
4.错误信息文件的改进。

1.16.0.0

专业:
1.跳过遗漏文件检查;
2.允许在系列开始时丢失文件。
未成年人:
1.修复了DTI参数解析的错误;
2.同时将错误信息保存到文件中;
3.其他小的改进。

1.15.0.0

1.DTI参数的Bug修复和改进。
2.正确处理菲利普多帧B0地图。
3.极大地提高了多帧dicom的速度。

1.14.0.0

1.实现AFNI HEAD/BRIK文件的转换。
2.修复了将当前文件夹处理为src文件夹等的错误。

1.13.0.0

1.dicm_hdr的小改进:正确读取V4.1 PAR文件;
2.使一些MRI参数非强制性,因此可能适用于其他模式。

1.12.0.0

1.万博1manbetx支持隐式VR dicom;
2.通过从dicm2nii中提取dicm_hdr、dicm_img和dicm_dict,使用户可以使用它们。添加rename_dicm。
3.改善dicm_hdr

1.11.0.0

1.飞利浦多帧dicom的第一个工作版本
2.对dicm_hdr的一些调整
3.小错误修复

1.10.0.0

1.适用于西门子非马赛克DTI数据。
2.使xform矩阵健壮,旨在为飞利浦单dicom文件工作(没有数据用于测试)。
3.dicm_hdr现在可以解码SQ了。
4.避免fullfile,因为它在旧的Matlab中不接受cellstr。

1.9.0.0

专业:首次实现GE和Philips数据的转换。
次要:删除对normc等的依赖。

1.8.0.0

修正了上次更新中引入的DTI bval/bvec文件的错误

1.6.0.0

1.尝试并建议使用pigz进行gz压缩
2.修正了DTI数据有多个激励的丢失字段错误。
3.保护GUI免受命令行绘图。

1.5.0.0

修复了'*'输入的错误,并对dicom头读取进行了一些小改进

1.4.0.0

一些SPM用户可能没有“成像处理工具箱”。此更新删除了此依赖项。这也加快了dicom报头解析的速度。

1.3.0.0

1.文件名称由dcm2nii更改。M to dicm2nii。这将避免与MRICron的dcm2nii转换器混淆。
2.GUI实现。
3.修复了多个文件cellstr输入的错误。

1.2.0.0

1.允许为nii指定一个主题id;
2.接受更多的输入源选项,如1个或多个dicom文件,或通配符如run1*.dcm;
3.在m文件中包含相关的NIfTI工具箱代码,以便于分发。

1.1.0.0

对代码进行了一些小的改进。添加一行以供使用。

1.0.0.0

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