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fitVirus

版本2.0.25 (2.1 MB) by 米兰巴蒂斯塔
由Logistic模型冠状COVID-19疫情量估计

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更新2020年3月25日

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编者按:该文件被选为中央MATLAB本周的挑选

其他国家的数据

从欧洲中心的疾病预防和控制(ECDC)对许多国家在世界上的数据可以在我们的世界中的数据可以发现,

https://ourworldindata.org/coronavirus-source-data
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该功能fitVirus03实现了从日常预测epidemy最终尺寸的估计的逻辑模型。该模型是数据驱动的,所以它的预测是一样好数据。此外,假定模型是一个阶段流行的一个合理的说明。但是,如果疫情发展到第二阶段的模型变得无用。该模型也没用初始流行阶段。

的贡献包含冠状奥地利,比利时,中国,克罗地亚,丹麦,德国,匈牙利,法国,伊朗,意大利,伦巴第,挪威,荷兰,纽约州,葡萄牙,斯洛文尼亚,韩国,西班牙,瑞士,英国,美国数据和数据在中国以外(最多24.Mar.2020)

回归收敛失败可能纯的初始猜测或小的数据集。因此,该方法并不适用于流行的早期阶段。此外,结果是无用的,如果回归统计不符合最低标准,说R ^ 2> 0.8,p值<0.05。

在epidemy评估图,该epidemy率绘制了蓝线。蓝点是实际的日常病例数。区域的颜色分开epidemy相(这些都没有标准,但任意选择为方便起见):
红色——快速增长阶段
黄色-过渡到稳定状态阶段
绿色 - 收尾阶段(稳定期)

更详细的描述中可以找到
https://www.researchgate.net/publication/339240777_Estimation_of_the_final_size_of_coronavirus_epidemic_by_the_logistic_model
例子可以在
https://www.researchgate.net/publication/339912313_Forecasting_of_final_COVID-19_epidemic_size_200318

一个基于SIR模型的新版本在
//www.tianjin-qmedu.com/matlabcentral/fileexchange/74658-fitviruscovid19

免责声明。软件和数据是教育,而不是用于医疗或商业用途。

引用作为

米兰巴蒂斯塔(2020)。fitVirus(//www.tianjin-qmedu.com/matlabcentral/fileexchange/74411-fitvirus), MATLAB中央文件交换。检索

评论和评分(33)

略标志

贡纳

大,但潜行将有较大的影响,它是否会在GNU八度运行过(即optimoptions和嵌套功能需要兼容的版本)。

有谁试图端口Matlab代码给其他的解决方案,如GNU八度?

我给来自巴西的巴蒂斯塔做先生的数据,这样他就可以添加到报表。

要将所有。SIR模型版本改进了收敛性和初始猜测计算。我认为它比Logistic模型好,不过,它更强劲。
//www.tianjin-qmedu.com/matlabcentral/fileexchange/74658-fitviruscovid19

亲爱的克劳迪奥,感谢您的建议。请记住,物流模式是非常简单的。每日预测可以是非常不错的。我对斯洛文尼亚预测是由3月19日百分之几。但在这一天,我们有一个地方爆发(跳跃)。这样的事件后,预测是没用几天,因为每天的预测值低于实际的。这种情况在几天之内改变(如长安2月12日)。SIR模型也有类似的问题。

亲爱的米兰,我一直在使用你在智利的功能,在过去的三天里,预测非常准确。我添加了“第二天”预测的95%置信区间。由于您已经在使用SML工具箱,它可能对更多用户有用。这是我的代码行:

[betaNL, RNL JNL] = nlinfit (samplaTime (1: n), sampleC (1: n), @fun,系数);
[Ypred,δ= nlpredci(@fun,[samplaTime(端)+1]”,betaNL,RNL, '雅可比行列式',JNL);
T =表(samplaTime(结束)+ 2,轮(Ypred),圆形(三角), 'VariableNames',{ '日', '预测', 'CI'})

再次感谢分享。

非常酷!

Ivo L

伟大的工作米兰。对于葡萄牙,我建议要检查这个源(葡萄牙卫生部门):
https://covid19.min-saude.pt/ponto-de-situacao-atual-em-portugal/

“fitnlm”需要统计和机器学习工具箱,你应该更新的要求。

约书亚麦吉

更新版本的压缩代码(都在一个单独的.m文件中)和COVID-19和每个国家的自动数据检索:
//www.tianjin-qmedu.com/matlabcentral/fileexchange/74603-covid19modeling-fitvirus-adaptation

约书亚麦吉

伟大的工作米兰!

嗨,你最后那句话是什么意思?

sjcosta

嗨,

首先感谢大家的MATLAB模型。这似乎很好地工作。我与葡萄牙的情况下更新,这似乎是完美也预测。如何更新葡萄牙号码?

罗尔夫Boelens教授提供了荷兰和美国的数据和脚本。

优秀的模型。每天使用它。谢谢你的辛勤工作。你知道什么时候会出现美国模式吗?

谢谢你!该计划的预期目标是帮助人们评估疫情何时结束,并评估这些措施是否有效。现在,我在上面的web地址发布每日报告。

谢谢你的更新!做得好!
我们能指望每隔一天就有新的图表吗?
这里还是其他地方?

彼得Graat

不错,但需要优化工具箱

ilPlus30

我尝试了更新意大利数据的模型。好工作。谢谢你的分享。

连续回归使用MATLAB函数lsqefit,该函数没有统计输出。用MATLAB函数fitnlm进行另一次拟合。结果可能不同(对于小的数据集)-我不知道为什么-因此警告只是提醒人们要小心对结果的解释。

绝对令人难以置信的工作和模型,只是努力的一些国家通过它现在。在德国,虽然回归模型似乎适合,我得到以下信息:“***警告:lsqcurvefit和fitnlm不同的结果显著。
Knlm / Klsq = 358.476
rnlm / rlsq = 0.998951
Anlm / Alsq = 357.319”

我无法理解的根本原因,作为初始猜测是succesfull ...

我有没有Github上的经验,但我会努力做到你建议什么。

@milan我想也许将在Github / Gitlab代码,以便其他人可以派拉的请求等。

做得好米兰!谢谢你的分享。

他们可以做自己的MATLAB贡献,自由添加fitVirus脚本。你有什么建议?

这是一个极好的主意,并为学生学习了一下有关这两个MATLAB和统计数据的大好机会。

为其他国家提供数据文件的最佳方式是什么?

更新

2.0.25

当实际病例数大于实际病例数时,抑制无效预测

2.0.24

正确的描述

2.0.23

添加数据来源

2.0.22

添加数据,丹麦,匈牙利,挪威,纽约州

2.0.21

提高初始猜测。比利时,克罗地亚,英国添加数据。升级数据荷兰(感谢罗尔夫Boelens)

2.0.20

新增约fitVirusCOVID19程序说明

2.0.19

正确的链接到新版本

2.0.18

正确iniGuess(感谢尼古拉Wernecke)。每日实际情况下被添加到图。R2总例,感染率添加到总结。葡萄牙的数据都包括在内。

2.0.17

添加备注有关程序的新版本(感谢约书亚麦基)

2.0.16

更新需求

2.0.15

增加了荷兰和美国的数据和脚本(感谢Rolf Boelens)

2.0.14

更新说明

2.0.13

添加链接的例子

2.0.12

添加数据,奥地利

2.0.11

正确的数据

2.0.10

更新数据。添加数据,法国,瑞士

2.0.9

变更摘要

2.0.8

添加数据为西班牙

2.0.7

更新描述

2.0.6

添加德国数据

2.0.5

更新数据。加入总结报告现场脚本。

2.0.4

删除上限。

2.0.3

更新数据。细微的变化。R2现在包括在表中。

2.0.2

细微的变化

2.0.1

改变映象

2.0.0

主要修订。删除威布尔回归,删除图形的高峰时间,为epidemy评价和速度相结合图表。epidemy持续时间和结束日期添加到报告。与C0更换回归一个。斯洛文尼亚添加数据。

1.0.14

小的更正

1.0.13

伊朗进出中国的添加数据。威布尔回归现在是可选的。

1.0.12

加起来数据7.Mar.2020

1.0.11

韩国的数据正确

1.0.10

添加2020年3月5日的数据

1.0.9

每日预测的相对误差的正确计算

1.0.8

添加数据,意大利

1.0.7

正确的描述

1.0.6

添加数据4.Mar.2020

1.0.5

正确的描述

1.0.4

添加2020年3月3日的数据

1.0.3

更新说明

1.0.2中

更新的例子

1.0.1

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