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fitvirusxx.

2.0.3版(7.54 MB) 米兰巴蒂斯塔
基于logistic模型总和的冠状病毒COVID-19疫情评估
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更新2020年7月13日

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该功能适合Covid-19流行病上的数据的一组时间延迟逻辑曲线。数据大小限制了曲线的数量。该模型专为日常监测流行病发展而不是长期预测。所产生的图表是流行病的每日横截面。对于任何预测,有必要监控图的时间发展;最重要的是,流行病的最终规模。该模型是现象​​学,并且优于单曲线模型(SI模型,SIS模型),在流行病拖动时的情况下。

该函数通过执行runMe来调用。m函数。默认情况下,这个函数调用世界的数据。例如,要获取斯洛文尼亚的数据,您需要在runMe中用@getDataSlovenia更改@getDataWorld。m函数。

对于程序选项,请参阅Doc文件夹中的FitVirusxxDoc.mlx。

不同国家的当前数据可以从两个来源获得:
1.importTotalCases运行。m函数。这个函数将从<https://ourworldindata.org/coronavirus-source-data>,并将其存储在data文件夹中。
2.importTotalCasesWM运行。m函数。这个函数将从<https://www.worldometers.info/coronavirus/>,并将其存储在data文件夹中。

注1。模型的预测取决于模型对流行病过程的模拟程度,以及数据的可靠性。

注2。预测会因新的或变化的数据而改变。在流行病即将结束时,预测变得更加可靠,但在流行病开始时则不可靠。

注3.在某些情况下,模型可能会失败。特别是,该模型可能不适用于建模流行病的早期阶段或新波的出现。在这些情况下,我们可以获得不切实际的指数增长,这通常会使用新数据。如果最后一个波具有指数增长,那么我们需要减少波浪的数量或减少可能易感的数量(默认情况下,这个数字是7E9)。

注3。如果在最后一波中病例数量迅速增加,波形就会变窄,给人一种波将很快结束的印象(logistic曲线相对于峰值是对称的)。在这种情况下,至关重要的是监测疫情规模的每日变化,然后对其持续时间作出结论。

注4。程序指示开始日期,当数据足以计算初始近似。

注5。默认情况下,函数试图拟合最多四条逻辑曲线(见“模型”选项)的数据。它还可以通过从数据中减去模型预测的极限大小来自动检测可能的下一波的开始。额外的逻辑曲线适合这个额外的波(见'w3'选项)。

注6。模型的参数是通过最小化目标函数得到的,目标函数是值的残差平方和。利用优化工具箱函数fminsearch计算未知模型参数的最优值。通过启发式方法得到了拟最优解。如果计算失败,则只绘制数据。

注7.具有4个以上波的模型可能是耗时的。对于180个数据的样本,四个波模型的经过时间约为180秒。

注8。根据该模型的每日预测可在
<https://www.researchgate.net/publication/339912313_forecasting_of_final_covid-19_epidemic_size_200616>

在流行病评估图上,该区域由流行病的单独阶段(其不是标准的,而是为方便起见任意选择):
红色 - 快速增长的阶段(大约在最终案件的12%到88%)
黄色-过渡到平衡阶段(高达98%的病例)
绿色-最后阶段(高原阶段)

增长因子图两行,1%(绿色)和5%
(红色)仅作介绍之用。

免责声明:软件和数据仅供教育目的而不是用于医疗或商业用途。它们是提供的,并拒绝所有明确或暗示的保证,包括暗示的可利用性和适合特定目的的保证。在某些情况下,模型可能会失败。特别地,模型可能不合适,或者模型可能在早期失败。用自己的自由裁量权使用它。

fitVirusXX在没有支持的情况下发布。万博1manbetx

引用

米兰巴蒂斯塔(2021年)。fitvirusxx.(//www.tianjin-qmedu.com/matlabcentral/fileexchange/76956-fitvirusxx), MATLAB中央文件交换。检索

意见及评分(21

嗨米兰,有没有办法,我们可以用FitVirus XX提取日常预测的疫情大小和持续时间的方法,就像你在论文中“估计了电晕1920年8月的普通物流模型的估计:a欧盟,美国和世界的案例“。如果是,那怎么可能呢?请帮助

米兰巴蒂斯塔

您可以运行fitVirusXX逻辑函数。例如,如果您运行aa = fitVirusXX(@getDataWorld),那么C = logistic(10:100,aa,b)将是10:100的预测情况向量。

阿迪尔马吉德

有没有一种方法,我们可以转换生成的MATLAB图形数据到excel?如果是,那怎么可能呢?请帮助

米兰巴蒂斯塔

它在我的电脑上运行,没有任何错误。

董gretch

这是runMeXX的内容
关闭所有
目录(“数据”)
目录(“fitVirusXX”)
抽搐
aa = fitVirusXX (@getDataPhilippines,……
“回声”,“上”、“模型”,4,“ndat”,[],“拯救”,1,‘jpres’,‘r300’,‘w3’,3);
toc

米兰巴蒂斯塔

我没有得到任何错误。你能显示runMeXX的内容吗?

董gretch

嗨米兰,我仍然在最新版本中有这个错误。你能帮助如何解决这个问题吗?
> > runMeXX
使用fitvirusxx / paramest2错误
方法'paramest2'未为类“fitvirusxx”或从Matlab的搜索路径中删除。

FitVirusxx中的错误(第215行)
echof paramEst2 (obj,“回声”,“模型”模型、“ndat”,ndat, nmax, nmax);

runMeXX错误(第5行)
aa = fitVirusXX (@getDataPhilippines,……

米兰巴蒂斯塔

在当前版本中我没有得到任何错误。我使用Matlab R2019b。

Sangsup Cho.

谢谢你的关心。我使用韩国的数据,即aa = fitVirusXX(@getDataSouthKorea,…
“回声”,'上','模型',4,'ndat',[],'save',1,'jpres',' - r300','w3',1)和我得到问题。
在我看来datatime函数有点问题。

米兰巴蒂斯塔

你能指定在什么数据中运行什么函数吗?

Sangsup Cho.

感谢fitVirusXX。得到这个错误。你能解释一下怎么修吗?
错误:fitVirusXX/plot(第206行)
Taxis = DateTime(Datestr(Trend + Obj.time0));
datetime(第640行)

伊斯梅尔·阿卜杜

米兰巴蒂斯塔

版本v07将产生一个错误,如果'w3'选项不是0或1。所以你应该将'w3',3改为'w3',1:
aa = fitVirusXX (@getDataPhilippines,……
“回声”,“上”、“模型”,3,“ndat”,[],“拯救”,1,‘jpres’,‘r300’,‘w3 ', 1);

在当前的v08版本中,这个问题被修复了,所以你可以指定多达3个额外的波浪搜索。

董gretch

嗨,米兰。我有这个错误。你能帮我改正吗?
runMeXX错误(第4行)
aa = fitVirusXX (@getDataPhilippines,……

米兰巴蒂斯塔

是的,如果疫情持续下去的话。

Ravib1996.

谢谢你的努力,这真的有助于将世界各地的预测形象化。这个模型是否比你之前的模型(fitVirusCV19)有更好的准确性/RMSE ?

伊斯梅尔·阿卜杜

不幸的是,这个链接没有帮助,因为它是在另一种语言中。

米兰巴蒂斯塔

顺便说一下。在您在medRxiv中发布预印本之前,我使用了多个逻辑模型https://www.rtvslo.si/zdravje/novi-koronavirus/stevilo-potrjenih-okuzb-preseglo-tisocico-epidemija-se-lahko-obrne-v-dve-smeri/519650

米兰巴蒂斯塔

我不知道怎么能获得一个数学公式的版权,我没有。版权为程序,并由Matlab自动插入。此外,logistic函数的和与指数函数的和(即傅里叶级数;版权吗?)。如果有类似的研究与物流,而不是指数函数,你应该明确地提到它,以便我可以引用它。不管怎样,这个主题已经有100年的历史了:
洛厄尔·j·里德和雷蒙德·珀尔,《论Logistic曲线的和》,《皇家统计学会学报》,1927年第90卷第4期,第729-746页

伊斯梅尔·阿卜杜

你是第一个提出使用多个(或在你给出的例子中有三个)逻辑(指数)函数的研究人员吗?还有一个研究者在几个月前提出并实现了多重(或三个在他的预印本中)s型(指数)函数分支的使用,但你没有提到那项工作;相反,你给了你的"求和法"版权?使用三个或多个指数函数的和的想法已经被其他人获得了版权。即使你像之前那样稍微改变了求和方程,这仍然需要你给之前的主思想拥有者所有必要的学分。但是,你没有。

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