描述了这个B0字段映射(FM)工具箱的主要特性
Robinson and Jovicich (MRM, 2011)。简而言之,他们是
I)结合相位信息从多通道线圈使用
厄米内积(HP)方法,相位匹配(PM)方法或
分离通道(SC)方法。
Ii)通过异常值的中值替换去噪场图
或通过射频信道的标准偏差(仅限SC方法)。
Iii)对现场地图进行局部阈值处理,以获得最大可达值
几何畸变校正如果用于畸变校正EPI。
该工具箱需要量级和相位多回波梯度回波
(MGE) MRI数据,或若干单回波梯度回波(GE) MRI
在不同回声时间获得的扫描,NIfTI格式。FSL[3]应该
安装,因为这个工具箱使用BET,用于大脑提取和
拉开序幕。快速展开程序PHUN (Stephan
Witoszynskyj等人,医学图像分析,2009)可以用作一种
替代PRELUDE。这是免费软件,可从
stephan[点]witoszynskyj[在]meduniwien.ac。在,并且需要
单独安装。
使用实例[2]上有GE和EPI数据。结合
fm_caller中的例子。M,这应该清楚如何使用
工具箱中最常见的情况。
在不同的分析中可能会发生变化的用户参数(输入和参数)
输出目录,通道数)列在
fm_caller.m。其他选项,例如用于组合的方法
中列出了BET和PRELUDE的相位图像和阈值
Main函数fm_calc_main。m,在“%%%用户定义的开始。
% % %”参数。可以在该节中修改或移动到
fm_caller.m。如果在fm_caller中指定了相同的参数。m和
fm_calc_main。M,在fm_caller中。M表示谨慎。
西门子核磁共振扫描仪的用户可能会发现转换他们的
使用dicom_sort_convert_main将DICOM数据转换为NIfTI。m [4]
,
将GE和MGE数据重新格式化为该字段可用的格式
映射工具箱(4D, 5D和6D NIfTI),以及提供
一个文件(text_header.txt)中的采集参数信息
可以用这个工具箱,减少信息量吗
需要用户输入。或者,用户可能需要这样做
使用MATLAB的“dicomread”或以合适的格式准备他们的数据
函数"load_nii",然后创建类似的NIfTI结构
在case2 (fm_caller.m中的一个例子)中使用“make_nii”并保存
这与"save_nii",所有这些是NIfTI工具箱的一部分
MATLAB (Jimmy Shen, FEX ID 8797)。
我已经尽了我最大的努力来测试NIfTI数据与不同
回声的组织,相位,大小和顺序
参数可通过text_header.txt或直接传递,但是
不可避免地会出现一些问题,因为这是一个更广泛的测试
来自不同扫描仪的各种数据。请在
西蒙·罗宾逊[点][在]meduniwien.ac。如果你有问题,我会
尽我所能修复任何错误,并在有意义的地方增加灵活性。
如果你在你的研究中使用了这个工具箱,请引用相关的
论文[1]。
[1]
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21608027
或
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/mrm.22879/pdf
[2]
http://dl.dropbox.com/u/9241799/field_mapping/fm_example_data.tar.gz
[3]
http://www.fmrib.ox.ac.uk/fsl/
[4]
//www.tianjin-qmedu.com/matlabcentral/fileexchange/22508-siemens-dicom-sort-and-convert-to-nifti
化学式용양식
西蒙·罗宾逊(2023)。字段映射工具箱(//www.tianjin-qmedu.com/matlabcentral/fileexchange/30853-field-mapping-toolbox), MATLAB中央文件交换。검색됨.
Matlab릴리스호환정보
플랫폼호환성
窗户 macOS Linux태그
버전 | 게시됨 | 릴리스정보 | |
---|---|---|---|
1.5.0.0 | v1.7: |
||
1.3.0.0 | v1.6: |
||
1.2.0.0 | v1.5: |
||
1.1.0.0 | V1.4:增加了fm_caller。将参数传递给main函数fm_calc_main.m。fm_caller.mcontains example calls for test data (see Description). |
||
1.0.0.0 |