此代码将从HDX检索最新的数据并尝试将其适合米兰巴蒂斯塔创造了SIR模型中使用结构（//www.tianjin-qmedu.com/matlabcentral/fileexchange/74658-fitviruscovid19?s_tid=prof_contriblnk)。这个模型是数据驱动的，所以它的预测和数据一样好。同时，假定模型是对单阶段流行的合理描述。
结果保存在结构RES（见函数fiVirusCV19头）。可选地，所述结果可以由被打印：
fitVirusCV19v3(“意大利”、“打印”、“上”)
plot可以通过以下方式启用或禁用(默认为on):
fitVirusCV19v3(“意大利”、“plt”、“了”)
绘制在该图中使用的生长速率（DEF值为2）
fitVirusCV19v3（ “意大利”， 'NSP'，3）
把R0画成时间的函数
fitVirusCV19v3（ '上' “意大利”， 'r0analysis'，）
更详细的描述请参阅:
https://www.researchgate.net/publication/339311383_Estimation_of_the_final_size_of_the_coronavirus_epidemic_by_the_SIR_model
例子可以找到:
https://www.researchgate.net/publication/339912313_Forecasting_of_final_COVID-19_epidemic_size_200318
引用作为
约书亚麦基（2020年）。fitVirusCV19v3 (COVID-19 SIR模型)（//www.tianjin-qmedu.com/matlabcentral/fileexchange/74676-fitviruscv19v3-covid-19-sir-model），MATLAB中央文件交换。检索。
评论和评分（88）
更新
| 3.4.8 | 更新5/2 |
|
| 3.4.7 | 更新20年5月1日 |
|
| 3.4.6 | 更新4/30 |
|
| 3.4.5 | 更新4/22 |
|
| 3.4.4 | 更新4/22 |
|
| 3.4.3 | 更新信息 |
|
| 3.4.2 | 更新4/18 |
|
| 3.4.1 | 更新4/17 |
|
| 3.4 | - 更新说明以及4/15数据 |
|
| 3.3.9 | 更新链接到模型的深入描述 |
|
| 3.3.8 | 更新4/15 |
|
| 3.3.7 | 更新4/13 |
|
| 3.3.6 | -更新 |
|
| 3.3.5 | -轻微的错误修复(绘图数据不适合模型的错误) |
|
| 3.3.4 | 更新的4/12，与“r0analysis”命令引入的能力，在R0情节随时间的变化 |
|
| 3.3.3 | 更新4/11 |
|
| 3.3.2 | - 更新4/10 |
|
| 3.3.1 | 更新4/9 |
|
| 3.3 | 更新4/8 |
|
| 3.2.9 | 更新(4/6) |
|
| 3.2.8 | -更新 |
|
| 3.2.7 | - 小型修复 |
|
| 3.2.6 | -图片 |
|
| 3.2.5 | -小的更新和更正 |
|
| 3.2.4 | - 改进初始参数近似值（米兰巴蒂斯塔提供） |
|
| 3.2.3 | - 更新实例 |
|
| 3.2.2 | -更新数据从4月2日 |
|
| 3.2.1 | -图片 |
|
| 3.2 | 更新4/1 |
|
| 3.1.9 | -bug修复 |
|
| 3.1.8 | - 更新3/31 8:40 PM EST |
|
| 3.1.7 | 实例 - 更新美学 |
|
| 3.1.6 | - 更新实例 |
|
| 3.1.5 | 今天 - 更新图（3/30） |
|
| 3.1.4 | -bug修复 |
|
| 3.1.3 | - 更新实例 |
|
| 3.1.2 | -图片 |
|
| 3.1.1 | -compatibility笔记 |
|
| 3.1 | - 更新实例 |
|
| 3.0 | - 更新情节和固定的小bug |
|
| 2.9 | - 增加了死亡率示例 |
|
| 2.8 | - 更新实例 |
|
| 2.7 | - 新增能力禁用情节，创造了一个活脚本制表每个国家的R0值 |
|
| 2.6 | 员工印尼 |
|
| 2.5 | -bug修复和兼容性 |
|
| 2.3 | 兼容性 |
|
| 2.2 | -试图修复其他变量名的兼容性问题 |
|
| 2.1 | 兼容性 |
|
| 2.0.9 | -修复所有兼容性问题 |
|
| 2.0.8 | -bug修复 |
|
| 2.0.7 | -图片 |
|
| 2.0.6 | -描述 |
|
| 2.0.5 | - 更新日期蜱 |
|
| 2.0.4 | -new数据源（更新数据库） |
|
| 2.0.3 | -描述 |
|
| 2.0.2 | - 更新兼容性 |
|
| 2.0.1 | 更新描述 |
|
| 2.0 | 米兰巴蒂斯塔的-applied更新礼貌（RMSE校正，自动参数选择） |
|
| 1.0.4 | -名称变更 |
|
| 1.0.3 | 员工的标签 |
|
| 1.0.2 | - 固定住脚本 |
|
| 1.0.1 | - 增加了现场脚本生成地块 |
MATLAB版本兼容性
平台兼容性
窗户 macOS Linux的标签
你也可以从以下列表中选择一个网站:
安东尼奥维瓦尔第（查看资料）
嗨，乔舒亚，请检查印度，印度尼西亚，日本，新加坡和台湾的例子的错误。
khaoula briki（查看资料）
上州嗨，我有这个错误
fitVirusCV19v3(“意大利”、“打印”、“上”)
使用webread误差（线122）
无法建立到“data.humdata.org”的安全连接。原因是“错误:14090086:SSL”
套路：ssl3_get_server_certificate：证书验证失败”检查您的证书文件。
(C:程序文件\MATLAB\R2017b\sys\证书\ca\rootcert .pem)过期、丢失或无效
证书。
约书亚麦吉（查看资料）
会做的事情。
圣硒（查看资料）
真的很感谢这一点。另一个例子更新将是巨大的。
安东尼奥维瓦尔第（查看资料）
你好，Joshu，你能定期更新例子标签上的数据吗?
本长袍（查看资料）
太好了,谢谢!我欣赏你的模特已经有一段时间了!
约书亚麦吉（查看资料）
这一定是由于HDX数据库中的一个输入错误造成的。我去查一下，本。
本长袍（查看资料）
我相信，你的美国案例，每天为20年4月21日不正确。维基百科，数量为25304（https://en.wikipedia.org/wiki/2020_coronavirus_pandemic_in_the_United_States)。你的图具有数量接近40,000。
约书亚麦吉（查看资料）
文章正在更新。
辛格成员Parminder（查看资料）
https://www.researchgate.net/publication/340661706_Evaluating_the_COVID-19_Outbreak_via_MATLAB_and_Analytical_Methods. .
这个链接不起作用…谁能把这篇文章发给我
平硐那迦（查看资料）
谁能告诉我的getData funtion是如何工作的？其中它把数据？正如我在本地的CSV文件更改的数据来实现它为印度各邦然而，结果都是一样的即结果是从古老的国家数据本身。
李智（查看资料）
你好Mr.Joshua，这个代码是如此之大！但是，当我运行它，我就表索引频繁出错。我搜索帮助中心，它说，“与R2019b开始，你可以指定表中的变量名是无效的MATLAB®身份标识。这样的变量名可以包含空格，非ASCII字符，可以有任意字符作为主角。”因此，只有R2019b及以上的可与该程序不兼容，你能解决这个问题的兼容性？
阿卜杜拉赫曼Alqahtani（查看资料）
非常感谢Mr.Joshua。您已成功修改米兰的SIR模型。不过，我看不到明确S的方程，我和R.我搜索在fitVirusCV19＆analyseCV19，但没有找到它。你可以让我知道在哪个部分你把这些方程。
大卫·弗朗哥（查看资料）
完美的约书亚!谢谢你！
约书亚麦吉（查看资料）
你好大卫,
为了解决这个问题变“keeplimits”到“keepticks”。这应该做的伎俩。
杰克
约书亚麦吉（查看资料）
请记住，在获得更多数据之前，这些模型很可能无法提供准确的长期预测!
杰西·费根（查看资料）
现在我正在秘鲁类似的错误消息（每瑞尔下图）：
fitVirusCV19v3(秘鲁)
无法获得的参数。
INI：测试= 0.769831伽马= 0.513221 N = 27777.4 I0 = 6.9504
beta = 0.0292718 gamma = -0.169065 N = 602872 I0 = 112.561
杰西·费根（查看资料）
约书亚，这是伟大的。非常感谢。在这里，在秘鲁，我们正在自3月15日一个非常严格的检疫（未计划月底至4月26日）。我真的很感谢你的快速反应。
约书亚麦吉（查看资料）
嗨，参数beta和gamma都是根据实际确诊病例数估算出来的正确。请记住变量R0是随着时间变化的。它将根据确诊病例的数量每天变化。虽然2.4-2.5这个数字平均来说可能是正确的，但它没有考虑到不同国家正在采取的不同控制战略。该模型假设人口之间的接触是均等的。
杰克
杰西·费根（查看资料）
乔舒亚，还有一件事(我可能已经不适合我了!)根据秘鲁的产量，gamma = .7986和beta = 1.286, R0 = 1.6103。模型是否估计beta和gamma以使SIR模型与实际确诊病例(感染人数)相符?看来我在秘鲁看到的伽马射线率要低得多(平均0.117)。此外，对于冠状病毒，一般来说，他们报告的R0平均值要高得多(2.0-2.5)。最后，模型对人口混合做了什么假设?再次感谢。
大卫·弗朗哥（查看资料）
杰西·费根（查看资料）
非常感谢，约书亚！
约书亚麦吉（查看资料）
嗨,杰西,
请参见标题为“R0s”的示例。这可以通过将输出存储在命令窗口的数组中来实现。例如，一次在与代码类型output = fitVirusCV19v3(“US”、“plt”、“off”)相同的目录中，然后输出。以查看R0值和输出。看到的值。
杰克
杰西·费根（查看资料）
对不起，如果这看起来是个简单的问题。我注意到在代码中有针对各种参数的“可选输出”，但是我似乎无法得到这些数字。这个输出的命令是什么样的?我想知道res.RO, res.beta, res.gamma和res.N。谢谢。
佩Jovanovski（查看资料）
谢谢你的回答。这个模型考虑到每个国家的总人口了吗?如果有,在哪里?
约书亚麦吉（查看资料）
不，这是一个装有参数。马克斯是包括了默认设置，可以更改。这是安装的SIR模型的一部分，因此，你不需要触摸这个参数。见附件：https://www.researchgate.net/publication/339311383_Estimation_of_the_final_size_of_the_coronavirus_epidemic_by_the_SIR_model
佩Jovanovski（查看资料）
为什么Nmax个= 2E6？我是否需要将其设置为每个国家的总人口？
安东尼奥维瓦尔第（查看资料）
你好Joshua，请注意数据的日期报告。你的意思是，一天的差异。
约书亚麦吉（查看资料）
嗨安东尼奥，
我只是调查您的要求。以下是我发现：
预计总案例：
印度尼西亚:(我的代码):4387，(米兰代码):4446
意大利:(我的代码):155889，(米兰代码):168747
美国：（我的代码）：584464，（米兰的代码）：539470
西班牙:(我的代码):172017，(米兰代码):172105
基于这一点，我不认为你看到的差异是显著的。这肯定是数据在两端处理方式不同的结果。预计价值观会有所不同，我不认为会有很大的差异。谢谢你的调查。
杰克
安东尼奥维瓦尔第（查看资料）
澳大利亚，印度尼西亚，意大利和更多的国家。尽量随机检查。
约书亚麦吉（查看资料）
Antonn嗨，你是哪国人在看什么？本质上会有差别，因为数据来源是不一样的。
安东尼奥维瓦尔第（查看资料）
嗨约书亚，基于相同的数据，4月5日，但仍与巴蒂斯塔先生的结果显著差异。你可以再次检查呢？
约书亚麦吉（查看资料）
嗨盖尔盖伊，我需要更多的细节。什么是您收到的错误？
盖尔盖伊塔卡克斯（查看资料）
你好。我试图运行你的代码，但是，我得到“错误与国家” - 所有国家...
安东尼奥维瓦尔第（查看资料）
感谢Joshua，真的很感激......
约书亚麦吉（查看资料）
安东，我注意到，在我的数据处理算法的最新版本的一个小错误。请尝试最新的版本。你应该找到近似现在更相似。
约书亚麦吉（查看资料）
我会看看这个
约书亚麦吉（查看资料）
您好安东，送入模型可以不同的数据量。每个代码可以选择生长缓慢的数据的不同的量，并且可以通过代码的简单的修改而改变。
安东尼奥维瓦尔第（查看资料）
如果使用相同的算法巴蒂斯塔先生，结果为什么可以是不同的（04/04数据）？
奥尔德林瞧（查看资料）
你好，Joshua先生，我试图运行代码，但似乎在第338行代码[t,Ca] = ode45(@(t,y) odeFun(t,y,b)， tspan, I0)出现错误。知道为什么吗?
塞吉奥Magalhaes（查看资料）
它不适用于Matlab 2010b。
燕binghai（查看资料）
神奇的代码！
汤川浩（查看资料）
嗨，约书亚先生！我更迭运行它，但失败（错误），以获得一些情节，如阿联酋，关岛，新喀里多尼亚。
在otherhands土耳其和俄罗斯的结果是好的，但对土耳其的情况下，日期轴/天图是不同寻常的，俄罗斯的拟合结果显示大量C_end的。
你介意解释一下这些因素吗?
我求你了。
最好的祝福！
vitto66（查看资料）
很抱歉，我在3月30日看到一个类似的问题没有回复
罗伊·陈（查看资料）
嗨，约书亚先生！这是非常观赏壮丽的工作，你在这里做了！
我是来自香港（出生于台湾）。如果我会问，你可以做更新为我的国家和港台，好吗？
你的工作将帮助我们。
请每周更新exmaples(可能)?(如果你不能)
非常感谢你的好意！
汤川浩（查看资料）
非常感谢你，约书亚麦基先生更新我的祖国日本和其他人！
对不起，问你一个基本的问题。我怎样才能安装这个模型源？P.S。我曾经用Python做我的分析。
我试着用它来看看其他国家，如俄罗斯、越南、土耳其。
如果你能告诉我或者帮我更新，那就太好了。
再次感谢大家!GBU
董gretch（查看资料）
请提供最新版本的链接
约书亚麦吉（查看资料）
喜瑞尔，
感谢您报告这个错误。它现在应该固定。请下载最新的版本。
杰克
瑞尔Aljama（查看资料）
早上好约书亚
我现在可以运行您的代码了。
但我有问题，一些国家，特别是菲律宾
fitVirusCV19v3（ '菲律宾'， 'PRN'， '上'）
无法获得的参数。
INI：测试= 0.682172伽马= 0.454782 N = 8016.47 I0 = 0.00515606
计算值：测试= 0.0543995伽马= -0.219728 N = 25201.8 I0 = 0.000941286
无法识别的函数或变量“plt”。
误差在fitVirusCV19v3> plotData（线781）
如果PLT
fitVirusCV19v3中的错误(第294行)
plotData（C，DATE0，国家）
约书亚麦吉（查看资料）
完成！
汤川浩（查看资料）
约书亚麦基先生你好！
非常感谢您对所有的这些。
你能帮我一个忙添加例如情况在日本，我的国家？
此外，如果它不麻烦你了，你可以添加新加坡和澳大利亚吗？
非常感谢你。GBU
约书亚麦吉（查看资料）
你好,克拉克!谢谢你的美言。我将致力于将人均测试纳入我的下一个模型迭代中。
杰克
克拉克皮特尼（查看资料）
嗨约书亚，非常感谢你对所有这些工作。我想知道，如果你认为人均在美国这里（相对于其他国家）会影响您的总受感染的预测增加COVID-19检测率？
约书亚麦吉（查看资料）
你好Marco，这个代码需要2019b或更高。
马可（查看资料）
嗨约书亚，这似乎很大。我试图运行它，但我得到一个错误......好像detectImportOptions丢失，所以我有点卡住。
我对R2016a运行，所以它可能是一个有点过时。
谢谢你的建议
马可
Anders Wallenborg（查看资料）
>> fitVirusCV19v3（ “意大利”）
“朗伯拉瓦”需要符号数学工具箱。
误差在fitVirusCV19v3> calcEndPoint（线628）
lambertw（-beta *（1 - C 0）* EXP（-beta /伽马）/伽马）;
在fitVirusCV19v3>calcClim中的错误(第601行)
RES = calcEndPoint（β，γ，I0 / N）* N;
fitVirusCV19v3中的错误(第306行)
这一= calcClim (b);
不幸的是，我没有访问符号数学工具箱，并根据需要来运行代码未列出。任何想法或建议？
约书亚麦吉（查看资料）
加入印尼例子
约书亚麦吉（查看资料）
会做安东。
安东尼奥维瓦尔第（查看资料）
嗨,约书亚,
你介意让印尼例子选项卡上？谢谢。
安德烈Mitrasca（查看资料）
使用fitVirusCV19v3时出错(第152行)
表变量名必须是文字的载体。
我使用的是2018版MATLAB的..
约书亚麦吉（查看资料）
-更新，再次尝试修复与较老的MATLAB版本的兼容性问题
约书亚麦吉（查看资料）
会做的事情。今天晚些时候我会更新。
圣硒（查看资料）
也许你可以更新“示例”图表每隔几天？一些国家很快就接近临界点。谢谢
约书亚麦吉（查看资料）
我会调查这件事的。
乔瓦尼bortolan（查看资料）
在R2019b有以下错误：
在= fitVirusCV19v3（ “奥地利”）;
使用odearguments误差（第21行）
当ode45的第一个参数是一个函数句柄时，tspan参数必须至少有两个元素。
ode45中的错误(第115行)
odearguments（FcnHandlesUsed，solver_name，赋，TSPAN，Y0，选项varargin）;
错误fitVirusCV19v3（线327）
[T，CA] = ODE45（@（T，Y）odeFun（T，Y，b）中，TSPAN，I0）;
谢谢
乔瓦尼B.
约书亚麦吉（查看资料）
它是全功能的2019b以上。
约书亚麦吉（查看资料）
是的，这是一个兼容性问题。我在想办法。
杰克本杰明托马斯·唐奈Ø（查看资料）
杰克本杰明托马斯·唐奈Ø（查看资料）
这就跟你问声好！很酷的模型。
我一直占有:
使用fitVirusCV19v3时出错(第149行)
“01_22_20”不是一个有效的变量名。
运行错误(第1行)
它= fitVirusCV19v3（ “意大利”）;
有什么建议么？
约书亚麦吉（查看资料）
嗨Tosaporn，我的工作，将容纳最MATLAB用户修复。这与2019b和高达兼容。
Todsaporn Fuangrod（查看资料）
嗨,约书亚,
我试过的代码，它显示错误，能否请您解释一下吗？
在= fitVirusCV19v3（ “奥地利”）;
使用fitVirusCV19v3时出错(第152行)
“01_22_20”不是一个有效的表变量名。
参见isvarname或的文档
matlab.lang.makeValidName以获取更多信息。
约书亚麦吉（查看资料）
喜朱塞佩，
数据库当时可能经历了太多的流量。等一会儿，再试一次。
杰克
朱塞佩·曼奇尼（查看资料）
您好，我有这样的错误：
使用webread误差（线119）
到URL的连接
“https://data.humdata.org/hxlproxy/api/data-preview.csv?url=https%3A%2F%2Fraw.githubusercontent.com%2FCSSEGISandData%2FCOVID-19%2Fmaster%2Fcsse_covid_19_data%2Fcsse_covid_19_time_series%2Ftime_series_covid19_confirmed_global.csv&filename=time_series_covid19_confirmed_global.csv&options=table“
5秒后超时。设置options.Timeout到一个更高的价值。
误差在fitVirusCV19v3（线123）
导致= webread（”https://data.humdata.org/hxlproxy/api/data preview.csv?url=https%3a%2f%2fraw.githubusercontent.com%2fcssegisanddata%2fcovid - 19% - 2 fmaster%2fcsse_covid_19_data%2fcsse_covid_19_time_series%2ftime_series_covid19_confirmed_global.csv&filename=time_series_covid19_confirmed_global.csv”、“选项”、“表“）;
谢谢你的支持。万博1manbetx
约书亚麦吉（查看资料）
你好，请下载最新版本。导致= webread（”https://data.humdata.org/hxlproxy/api/data preview.csv?url=https%3a%2f%2fraw.githubusercontent.com%2fcssegisanddata%2fcovid - 19% - 2 fmaster%2fcsse_covid_19_data%2fcsse_covid_19_time_series%2ftime_series_covid19_confirmed_global.csv&filename=time_series_covid19_confirmed_global.csv”、“选项”、“表“）;
deathresult = webread（”https://data.humdata.org/hxlproxy/api/data-preview.csv?url=https%3A%2F%2Fraw.githubusercontent.com%2FCSSEGISandData%2FCOVID-19%2Fmaster%2Fcsse_covid_19_data%2Fcsse_covid_19_time_series%2Ftime_series_covid19_deaths_global.csv&filename=time_series_covid19_deaths_global.csv ' '选择'，' 表“）;
您目前正在使用过期的数据库。
莱昂汉堡（查看资料）
嗨，这是我在R2019a上的结果;任何工作。想要为南非运行场景，但是使用Italty作为测试用例。
使用readContentFromWebService时出错(第46行)
服务器响应返回的状态403消息“禁”的请求URL
https://proxy.hxlstandard.org/api/data-preview.csv?url=https%3A%2F%2Fraw.githubusercontent.com%2FCSSEGISandData%2FCOVID-19%2Fmaster%2Fcsse_covid_19_data%2Fcsse_covid_19_time_series%2Ftime_series_19-covid-Confirmed.csv&filename=time_series_2019-ncov-Confirmed.csv&options=table。
webread错误(第125行)
[varargout{1:nargout}] = readContentFromWebService(connection, options);
误差在fitVirusCV19v3（线124）
导致= webread（”https://proxy.hxlstandard.org/api/data preview.csv?url=https%3a%2f%2fraw.githubusercontent.com%2fcssegisanddata%2fcovid - 19% - 2 - fmaster%2fcsse_covid_19_data%2fcsse_covid_19_time_series%2ftime_series_19 covid - confirmed.csv&filename=time_series_2019 ncov confirmed.csv”、“选项”、“表“）;
约书亚麦吉（查看资料）
喜瑞尔，
谢谢你的耐心。现在请再试一次。我转换的变量名日期datenum格式。
杰克
瑞尔Aljama（查看资料）
嗨，这是结果
使用fitVirusCV19v3时出错(第148行)
'22 -Jan-2020' 不是一个有效的变量名。
约书亚麦吉（查看资料）
你好现在请再试一次。
瑞尔Aljama（查看资料）
美好的一天！
我一直得到这个错误:(使用2018a)
使用fitVirusCV19v3时出错(第148行)
“省/州”不是一个有效的变量名。
约书亚麦吉（查看资料）
所有兼容性问题现在都应该得到修复
约书亚麦吉（查看资料）
这是一个兼容性问题。你在运行什么版本?
安德烈·安杰洛（查看资料）
关于为什么会出现这个错误有什么想法吗?
未确认的属性“PreserveVariableNames”用于类
'matlab.io.text.DelimitedTextImportOptions'。
误差在fitVirusCV19v3（线128）
选择。PreserveVariableNames = true;
圣硒（查看资料）
很高兴看到正在更新的图形。
圣硒（查看资料）
何塞·玛丽亚·小（查看资料）
Suksan,
我有同样的问题。Matlab的2019.b与MEX安装。
Suksan Suwanarat（查看资料）
做得很好，但当我运行代码，它给我这个错误:
未确认的属性“PreserveVariableNames”用于类
'matlab.io.text.DelimitedTextImportOptions'。
误差在fitVirusCV19v3（线132）
选择。PreserveVariableNames = true;
buldus2（查看资料）
做得很好，但是当我运行代码时，它给了我这个错误:使用fitVirusCV19v3的错误(第170行)
重复表变量名：“男”。
任何建议吗?
o要晃龙（查看资料）