主要内容

建立受体-配体动力学模型

这个例子展示了如何创建和模拟一个简单的模型的受体配体动力学使用SimBiology模型构建器而且SimBiology模型分析器应用程序。

在这个模型中，配体l和受体R物种通过可逆结合反应形成受体-配体复合物。这些反应由质量作用动力学定义 d C d t ＝ k f ⋅ l ⋅ R − k r ⋅ C ,在那里kf而且kr是正反速率常数。l，R,C分别是配体、受体和受体-配体复合物的浓度。

开放模型构建器应用程序

单击SimBiology模型构建器图标。应用程序TAB或entersimBiologyModelBuilder在命令行。

构建模型

  1. 在首页应用程序的标签，选择模型>创建新的空白模型．输入m1作为模型的名称。该应用程序创建了一个空隔间不愿透露姓名的并显示上的隔层图选项卡。

  2. 拖放三个物种块一个反应块进隔间。可选地，您可以通过双击默认名称来重命名物种和隔间。例如，改变不愿透露姓名的来细胞．

  3. 要连接到反应的物种，按下并按住Ctrl键(在Windows上)®和Linux®)或选项键(在macOS上)，单击物种块，并拖动该线。

  4. 中的反应块中查看其属性属性编辑器窗格。2 .按如下参数配置。

    • 选择可逆的>真正的．

    • 在州表中，更新的值l来5而且R来10．的单位l，R,C物种nanomole /升．

    • 设置转发速率参数kf来0.05．将单位设置为升/ nanomole /小时．

    • 设置反向速率参数的值kr来0．1用单位1 /小时．

  5. 单击细胞图中的隔间。在属性编辑器窗格，设置其单位来升．

模拟模型

  1. 在首页选项卡，单击模型分析图标，打开SimBiology模型分析器应用程序。

  2. 在模型分析应用程序,选择程序>模拟模型在首页选项卡。的Program1选项卡打开。

  3. 在模拟步骤的程序，设置停止时间到20秒，因为之后模型会达到饱和状态。

  4. 点击运行从首页选项卡。

  5. 运行该程序将在Plot1选项卡。图中用不同的颜色显示模拟反应。程序存储模拟结果结果在LastRun程序的文件夹。

另请参阅

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