gQSPSim是一个基于gui的MATLAB®应用程序,执行QSP模型开发和分析的关键步骤,包括:
1)采用全局和局部优化方法进行模型标定
2)开发虚拟主体,探索表征生物学的可变性和不确定性
3)不同干预措施的虚拟种群模拟。
gQSPSim与SimBiology®构建的模型一起工作,利用物种、剂量、变体和规则等组件。所有功能都配备了交互式可视化界面和生成可演示的图形的能力。此外,标准化的gQSPSim会话可以被共享或保存,以供将来的扩展和重用。
源代码和案例研究包含在引用的github帐户中。gQSPSim的描述和案例研究在题为“gQSPSim:基于SimBiology®的用于标准化QSP模型开发的GUI应用程序”的出版物中
和应用程序”。
产品说明:
1)在计算机上安装Matlab 2018a。之前版本的Matlab不兼容,我们还没有在2018b或更高版本中测试该应用程序。
2)安装GUI布局工具箱(//www.tianjin-qmedu.com/matlabcentral/fileexchange/47982-gui-layout-toolbox)
3) Mac和PC用户支持的编译器列表请参见下面的链接(万博1manbetx//www.tianjin-qmedu.com/content/dam/mathworks/mathworks-dot-com/万博1manbetxsupport/sysreq/files/SystemRequirements-Release2018a_SupportedCompilers.pdf)
•3a)对于Mac用户,安装xcode
•3b)对于PC用户,安装一个支持的编译器(lcc-win64或MinGW 5万博1manbetx.3 C/ c++或Microsoft Visual c++)
4)编译器安装完成后,打开Matlab并运行以下命令
•mex -setup
•mex -setup c++
5)检查编译器是否在您的计算机上成功配置,运行以下命令:
•modelObj = sbmlimport('lotka');
•em = export(modelObj)
•加快(em);
•em.isAccelerated
答案应该是1
在Windows上启用长文件名
1)启动注册表编辑器(regedit.exe)
2)打开HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\FileSystem
3)双击“LongPathsEnabled”
4)设置为1,单击“确定”
5)重新启动
在Windows上解压缩案例研究Zip文件
1)下载并安装7-ziphttps://www.7-zip.org/
2)使用7-zip解压案例研究zip文件
gQSPSim安装:
1)在主目录下解压gQSPSim.zip
2)打开Matlab
3)进入主目录/gQSPsim/app
4)运行QSPapp
Citar科莫
Iraj Hosseini(2022)。gQSPSimGitHub (https://github.com/feigelman/gQSPsim-release)。Recuperado.
Compatibilidad con la versión de MATLAB
兼容的平台
窗户 macOS Linux属于
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Inspirado运动:GUI布局工具箱,xlwrite:在Mac/Linux/Win上不使用Excel生成XLS(X)文件,raacampbell / shadedErrorBar,用于绘制多个分布的小提琴图(distributionPlot.m)
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