SimBiology模型转换为脚本格式。

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有什么办法可以导入一个SMBL使用SimBiology(代码或GUI)然后在脚本自动生成的代码模型形式。我的目标是能够导入一个用,我用CellDesigner多次模拟与随机生成的初始值(这似乎很难单独与GUI)。
谢谢

接受的答案

里卡多·帕克森
里卡多·帕克森 2015年1月13日
有一些方法的MATLAB命令行。没有一个从模型中生成一个脚本。
让我描述其中一个,看它是否满足您的需求。注意,假设您正在使用R2014a或更新。如果不是这样的话让我知道,我将描述。
说你有一个用文件参数的模型有很多,你想使用均匀分布的随机模拟模型参数值的范围(10 0)两个参数。我将使用一个模型,我们附带SimBiology称为振荡器。xml(用)出于演示目的。
模型= sbmlimport (“振荡器”);
func = createSimFunction(模型,{“Reaction1.k1”,“Reaction3.k3”},“爸爸”[]);
parameter_values = 10 *兰德(10,2);
stopTime = 100;
结果= func (parameter_values stopTime);
sbioplot(结果)
注意,这个模型有很多参数(42)和许多物种(23),但在调用createSimFunction可以指定这个参数,将可以从一个子集生成的函数。同样产生的函数(函数)将只返回值在第二个参数指定的物种的名字createSimFunction;在这种情况下,“爸爸”。
当调用函数时,parameter_values矩阵的每一行中使用一个模拟。调用函数矩阵仿真结果返回的每一行。有选项,允许并行运行这些模拟(使用多个核,或集群)如果你有并行计算工具。
最后我将提到有方法从GUI(有任务扫描一些选项)。但是如果你想要更多的控制参数使用这个例子可能更充足。

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