seqpdist木村”的方法不能用于氨基酸”虽然与核苷酸
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你好,我试图使用matlab中的seqpdist函数(matlab R2019a,学术许可)计算两个序列之间两两距离,木村的方法,然而,我得到以下错误,即使我与核苷酸、氨基酸:
错误使用seqpdist(第335行)
距离方法不能用于氨基酸。
低于2线路兆瓦:
={交货“aagt”,“aatg”}
seqpdist(例“方法”,“木”)
错误使用seqpdist(第335行)
距离方法不能用于氨基酸。
我也试过用
={交货“ACGT”,“AATG”}
=[交货“ACGT”,“AATG”]
和有同样的错误。谁能解释一下吗?
提前谢谢!
3评论
杰夫•海斯
2020年1月9日
是的,我没有这个工具箱是什么文档作为指导可以传入参数。对你的其他错误,
分数
是默认的算法(?)
…如何对待网站差距
。替代aglorithms
pairwise-del
和
complete-del
可以用作
seqpdist(例“方法”,“木”,“字母”,“NT”,“Indels”,“pairwise-del”)
虽然我不知道哪一个(如果有的话)是适合木村。
接受的答案
亚瑟Goldsipe
2020年1月10日
杰夫在评论中指出,问题在于几个默认的选项值为木村距离方法不工作。默认情况下,seqpdist假设您使用的是氨基酸和indels得分。我确认以下适用于你的例子:
={交货“aagt”,“aatg”};
seqpdist(例“方法”,“木”,“字母”,“nt”,“Indels”,“complete-del”)
