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更新2016年1月18日
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更多的兼容性问题与较新的Matlab版本,希望这一次我修复了大部分
由于与较新的Matlab版本不兼容,FCGUI_MAIN.M文件中的第1771-1773行中的错误是固定的
GUI布局工具箱有两个版本对于matlab r2014a或更早//www.tianjin-qmedu.com/matlabcentral/fileexchange/27758-gui-layout-toolbox.matlab r2014b或更高版本//www.tianjin-qmedu.com/matlabcentral/fileexchange/47982-gui-layout-toolbox.有一个错误的'inpoly'版本,我放在。zip文件夹,现在它是正确的形式。
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可以在“FCGUI_HELP.PDF”文件中找到详细文档。其中一些功能:*呈现散点图(+密度色图)或直方图(+统计测量值),FC数据和门,X轴和Y轴之间的选择收集的不同参数,线性或对数显示,并选择输出到一个单独的Matlab图*在FC文件之间移动保持相同的显示设置*不同的方法:手动 - 在绘图上绘制形状,自动 - 从中中心(圆圈,或根据图中的小区密度),象限,直方图图的阈值以及创建的逻辑操作盖茨*将包含在大门中包含的单元格或栅极坐标中包含的单元格数据库中的数据保存到.mat文件中,并将其加载到不同的FC数据文件上*对每个细胞的收集参数进行计算(例如,荧光至SSC)*用少量FC数据文件制作散点图或直方图。这个GUI是在“GUI布局工具箱”(文件交换提交,见下面的链接)的帮助下构建的,它是其功能所必需的,下载它并运行“安装”。m的文件。此提交内容包括以下文件交换提交:Darren Engwirda的“快速多边形测试”,Aslak Grinsted的Alejandro Weinstein,“Subaxis - Subplot”的“距点到多边形”的距离,请参阅下面的链接。请帮助改进它:1.报告您遇到的任何错误或不便。2.提出如何改进它的建议。3.修改代码并共享您所更改的内容。一些公开问题:1.逻辑(双指数)显示缺失。需要在Matlab中实现逻辑变换(参见Parks等人2006年,以及Moore和Parks 2012年的论文)。2.Darren Engwirda的“多边形内点快速测试”在.mex文件版本中被发现更快(参见Bruno Luong的“2D多边形内部检测”)。这里不包含它是为了简化安装和兼容性问题(请参阅帮助文件第1节中的注释,了解如何使用它)。
Nitai斯坦伯格在Yitzhak Pilpel教授实验室,分子遗传学部门Weizmann科学研究所
Nitai斯坦伯格(2021)。Matlab的流式细胞术GUI(//www.tianjin-qmedu.com/matlabcentral/fileexchange/38080-flow-cytometry-gui-for-matlab),Matlab中央文件交换。检索到2021年6月9日.
2019年12月10
无法解析名称uiextras.HBoxFlex。
2019年8月5日
你好,我从斯托尔的研究所拿不到fcsextract。exe。我使用链接http://research.stowers.org/mcm/efg/ScientificSoftware/Utility/FCSExtract/index.htm它重定向了我,但我找不到下载和运行的文件。谁能帮我 ?谢谢你!奥古斯汀•
2019年7月30日
你好Nitai,
我在尝试在Matlab运行fcgui_main时获得此错误(我尝试了Matlab 2019和2016,因为我认为可能存在兼容性问题):
未定义的变量“uix”或类“uix. hboxflex”。
FCGUI_BUILD(第181行)错误句柄。handles.figure bigGrid = uix.HBoxFlex(“父”,“填充”,5,“间距”,3);
fcgui_main(第59行)错误处理= fcgui_build;
你有什么建议吗?我试着下载Verduijn文件,但是链接已经过期了。谢谢你!
卡洛斯
2019年2月4
亲爱的所有,作为新手MATLAB用户,我具有如下所述的类似问题,很可能是因为更新GUI布局工具箱(//www.tianjin-qmedu.com/matlabcentral/fileexchange/47982-gui-layout-toolbox)。必须改变的东西是1)Uiextras。到uix。2)更改VBox的“大小”参数和HBOX更改为高度和宽度和3)选择选择。我自己制作了这些更改并Zipped文件,Wetransfer:https://we.tl/t-oOU65TW7ww.
欢迎建议。
此致敬礼,J.M. Verduijn
2018年12月7日
嗨Nitai,非常感谢您的伟大工作,我在使用CVS2MAT.M中遇到问题,'Unabele要打开文件:5637.CSV',我很确定我选择了右文件夹(CSV),但我无法将CSV转换为垫。我在Windows X64 PC上使用Matlab R2017B。
对不起,最后的评论中存在错误,应该是'我无法将CVS转换为垫子。
2018年10月27日
亲爱的Nitai,
伟大的工作,这是一个奇妙的工具,它就像一个魅力!一件事虽然我没有设法弄清楚,有没有办法可以保存逻辑门,因为当我移动到下一个fcm文件时,它看起来必须重新定义它们?此外,是否有一种方法可以为新文件保留所选门,或者我必须再加载它们吗?
非常感谢凯
2018年10月26日
你好,我只是开始接触FC的世界,所以我想尝试一下Matlab中的工具箱。我已经安装了兼容我的Matlab版本(R2015b)的GUI布局工具箱,并安装了FCGUI,但当我运行FCGUI_main时,我得到这个:警告:HGUsingMATLABClasses将在未来的版本中被删除。有关编写在多个版本中工作的代码,点击这里。>在Ishgusingmatlabclasses.在uiextras。容器(第65行)在Uiextras.Box(第38行)在Uiextras.hbox(第44行)在uiextras。HBoxFlex(45)行FCGUI_build(第181行)在FCGUI_main(第59行)中使用Uiextras.Container(第66行)错误尝试使用双句柄MATLAB图形来针对新图形系统运行。请重新安装。
在uiextras错误。箱(38)行obj@uiextras.container(varargin {:});
在uiextras错误。HBox(44)行obj@uiextras.Box(变长度输入宗量{:});
Uiextras.hboxflex(第45行)错误obj@uiextras.HBox(变长度输入宗量{:});
FCGUI_BUILD(第181行)错误handles.biggrid = uiextras.hboxflex('parent',handles.figure,'padding',5,'间距',3);
有什么想法吗?
2018年7月24日
嗨马江,也许他们改变了地点?无论如何,当我谷歌它的时候这是我找到的当前的网站:http://research.stowers.org/mcm/efg/ScientificSoftware/Utility/FCSExtract/index.htm我很确定是同一个软件。如果你还需要什么,请告诉我,好运!Nitai
感谢您的应用程序分析FACS数据。在FCGUI帮助文件上,提供了一个链接,允许将.fcs文件转换为CSV文件,这将需要一个启用分析我的FCS数据。然而,这个链接不再工作,因为网页不再可用。请提供另一个链接允许这种转换?非常感谢梅根
2017年4月28日
嗨Geran,对不起,迟到的回应,自从我上传这个GUI以来很长一段时间,从那时起我就没有经常更新。谢谢你的评论,以及修复,我希望人们可以使用它,如果他们遇到问题,我认为我没有使用太多的加载门选项,所以这就是为什么我没有遇到问题,我很高兴你可以修复它。Nitai
2016年11月30日
大提交,只是我需要的。尝试将盖茨称为1624行的依赖者/子女时出错。我通过添加一行如下修复它:
isempty(strfind(gatetype,semiauto'))&& ...〜iSCHAR(fream)&& ...hObject ~ = handles.upPanel.autoGate.save)
还有1775行:
如果isempty (strfind (gateType semiauto)) & &……〜iSCHAR(fream)&& ...hObject ~ = handles.upPanel.autoGate.save
我不认为它搞砸了其他事情......但请告诉我我是否错了。
2016年5月29日
嗨,安德里亚,
我想也许我知道你的问题是什么,但不确定告诉我:您打开的窗口不设法向您展示CSV文件 - 您要选择所在的文件夹,在您选择文件夹(和输出文件夹)后,将自动转换文件。我为混乱感到抱歉,我认为我这样写,而不是喜欢选择目录,因为界面更容易(我改变它,不显示任何文件类型)。请告诉我它是否工作!
2016年5月28日
感谢你杰出的工作!我在使用cvs2mat时遇到了一个问题。m: GUI (cvs2mat)不显示任何csv文件(尽管它们在那里),所以我不能将它们转换成csv。
我在Linux X64 PC上使用Matlab R2016A。
2016年2月5日
我非常高兴听见这个。如果您遇到任何其他问题,请告诉我。好运!
2016年2月3日
很抱歉没有早点给你回复(我换了一会儿别的工作)。我只是试了一下,现在它工作得很好。非常感谢您的帮助。
最好的祝福。
Estelle.
2016年1月18日
亲爱的埃斯特尔,
好的,我想我现在明白我的意思了,并且我更正了我现在上传的新版本中的错误。
请告诉我它是否现在适用于您(也没有使用逻辑门,而是只要在之前完成“所有数据”)。
再次感谢你告诉我,Nitai
我担心它是同一个问题,因为自从我写了这段代码以来很多时间过去了,它会带我一段时间来解决它......原因是,我认为MATLAB在较新版本中更改了一些现在代码所需的东西需要更改一点,以便再次与这些更改兼容。但我需要记住我为什么写了那条线,然后重新弄清楚它们。我认为,目前-作为一个变通,临时解决方案的问题-你可以创建两个单独的门-一个径向选项,另一个与修剪的人口,然后相交他们使用逻辑门(用红色交叉符号标记)。我试过了,成功了。在此期间,我将尝试理解我的代码,并修复那些有问题的行。感谢您提出这些问题,请告诉我它是否为您工作。Nitai
2016年1月15日
非常感谢你的更新。我昨天玩了很多应用程序,我仍然有一些麻烦。门在整个人口的作品,但是当我试图创建一个门自动(使用“辐射”选项,中心和一定数量的细胞)在一个族群(例如修剪顶部和底部SSC-A和FSC-A值5%,但随着人口的增加,或只是一个矩形门我画),然后它会给我和之前一样的错误:
使用num2str(第45行)时出错输入到Num2STR必须是数字。
fcgui_main / savegate_callback中的错误(第1622行)(~ strcmp (num2str (hObject),“逻辑”)& &……计算UIControl回调时出错
是因为它从来没有人可以在先前选择的人口中创建另一个子群体,也永远是因为代码中仍然存在一些有问题的行?
提前感谢你的帮助。
2015年12月20日
感谢您的评论!我不知道为什么我这样写它(这是很长一段时间以来,我接触这个代码)-但可能这是Matlab版本的问题…不确定。但是我在2015a尝试使用它的时候也有这个错误,我在2010b建造它,所以可能有一些Matlab函数改变了…
我上传了这个行的修复程序(刚刚删除了这条线的Num2str) - 我希望使用早期版本的Matlab的人不会产生问题......
告诉我你是否遇到了更多问题。
Nitai
2015年12月17日
每当我尝试保存门时,我系统地获得此错误消息:
fcgui_main / savegate_callback中的错误(第1771行)if ~ismember(1, choosengates) || strcmp(num2str(hObject),'logical')计算UIControl回调时出错
没有门控,就不可能进行分析……你知道什么是错的吗?提前感谢你的帮助。
最好的问候,
2013年11月24日
亲爱的乔阿欣Sandstedt,谢谢你的评论,我很高兴你使用这个软件,喜欢它。关于您遇到的错误消息,看起来它与我曾经构建此GUI的“GUI布局工具箱”(//www.tianjin-qmedu.com/matlabcentral/fileexchange/27758-gui-layout-toolbox.)。我不知道是什么原因这个特定的错误,但如果我必须猜测,它可能与您使用的MATLAB版本有关。您是否在更改窗口大小时遇到问题?或者它只是出现在开头时出现的这个错误吗?如果你愿意,你可以向编写工具箱的人描述你的经历。很抱歉,我不太熟悉他们的代码,我刚用过,所以我帮不了你更多的…在任何情况下,我希望你仍然可以使用这个软件,并请告诉我你遇到的任何其他问题,我希望我可以更有帮助:)祝你好运,Nitai
2013年11月21日
亲爱的Nitai斯坦伯格!
感谢您对FACS数据分析的优秀应用,我还计划用于量化从细胞预防器获得的免疫细胞化学数据。我对matlab脚本语言很新,但我注意到当我开始程序时注意到以下错误消息:"错误使用集值必须是有限的和非nan
在uiextras错误。容器/ repositionChild(第376行)设置(儿童,拨号,位置);
Uiextras.vbox / Redraw中的错误(第88行)obj.reposition child(孩子,redPosition);
在uiextras错误。容器/ onResized(第326行)obj.redraw ();
在uiextras.Container>@(varargin)obj. onresize (varargin{:})(第90行)obj.listeners {end + 1,1} = handle.Listener(ContainerObj,FindProp(containerObj, 'PixelBounds'), 'PropertyPostSet', @obj。onResized);"
该应用程序似乎正在正常工作,因此这可能并不重要。再次感谢一个非常好的应用程序。
亲切的问候
Joakim Sandstedt医学博士,博士生
临床化学与输血医学系,生物医学研究所,Sahlgrenska学院
2013年4月2日
你好,妮可,非常感谢您的反馈,对我来说非常重要。关于您提出的问题:-我也有Windows机器,我没有遇到这些问题。我用了“\”而不是“/”,据我所知……(至少在私人教堂里。我用了“\”,我试图在文件中寻找“/”,但只在分部中看到它)。但如果我错了请告诉我。-关于逻辑显示的执行,我需要帮助,我不知道如何高效地做。- 我没有在2D地块中遇到这个问题的问题......如果你可以告诉我你用过的哪个设置,甚至发给我一个截图,它会有所帮助。- 关于每个绘图的不同x和y轴的多个相同文件的图,现在没有这样的选项。我需要考虑一下,另一个人提出了关于多个情节的类似问题。我为自己的用途创建了它,但我明白我没有想到了很多事情。也许我可以在将来的版本中尝试改变它......再次感谢你的反馈!Nitai
2013年3月27日
这是matlab的一个优秀的流式细胞术工具包/gui。关于这个插件,我最喜欢的一点是,我不需要成为matlab大师才能使用它。我希望你继续开发它,因为它有很大的潜力。
错误:-有一些路径问题在使用这个插件的Windows安装matlab涉及\ vs /。一旦修复,软件就能像广告中说的那样工作。(我一段时间前在我的副本上修复了它,所以我恐怕我已经忘记哪些文件受到影响了。但至少,搜索一下“私人/罗夏”。在FCGUImain垫”。然后改成"私人墨谱怪杰"如果你的电脑是Windows的话。我似乎记得至少还有一个文件需要进行类似的琐碎更改。)
功能要求:- 正如您在“开放问题”中所说的那样,实施Logicile / Biexponential Display会非常有益。-当我尝试制作一个2D直方图的多个plot figure,并将它们设置为相同的x/y比例(即1:1)时,小对数比例的刻度并不符合。最后我手动删除了它们。-虽然我可以清楚地看到如何制作多个不同文件的多个绘图,使用相同的染料为他们的x和y轴,我不知道如何使用不同的染料为x和y轴制作相同文件的多个绘图。
感谢您在此插头上的努力工作。
启发:subaxis - 子图,Inpoly:一个快速的多边形测试,从点到多边形的距离,GUI布局工具箱,2D多边形内部检测,GUI布局工具箱
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