原子论的拓扑操作Matlab中，分子动力学或蒙特卡罗模拟系统的操作的脚本。

%注意，2.0x版本附带了一个广泛的html文档，用于所有>100函数，可以在Matlab自己的浏览器中交互使用。

原子库的目的是自动化和有效地构建/操作和分析复杂的多组分分子系统，并生成带有键和角度等的拓扑信息。它对构建无机/地球化学系统特别有用，因为键距离可以与用键价和方法计算的理想半经验键距离进行比较，或者只是简单地与香农的修正半径进行比较。或者可以用xrd_atom()函数绘制理论x射线剖面图。

％按类别的所有可用的功能列表，查看这些文件里面：
List_all_functions.m
List_build_functions.m
List_export_functions.m
List_general_functions.m
List_import_functions.m
List_forcefield_functions.m

%原子脚本可以读写基本的.pdb|.xyz|.gro|。mol2结构文件，并编写基本的。itp和。psf拓扑文件与键和角度跨越PBC。还可以使用Matlab结构变量和索引以各种方式操作/转换结构。原子脚本可以用来建立和绘制多组分体系，通过添加分子，离子和SPC/TIP3P/TIP4P水分子或其他溶剂(即溶剂化现有的分子/板)到模拟箱，并去除分子重叠。如果还安装了vmd软件，并且正确设置了PATH2VMD()函数，则可以调用vmd(atom,Box_dim)来绘制绘图。否则，可以使用非常快速的plot_atom(atom,Box_dim)或较慢的show_atom(atom,Box_dim)。大多数功能都考虑到PBC，这允许生成具有键、角、二面体的分子拓扑。还有一些使用倾斜向量xy, xz, y万博1manbetxz的三斜支持，以及使用函数xrd_atom()生成粉末x射线衍射图的支持。

迈克尔Holmboe
michael.holmboe@umu.se
化学系
瑞典Umeå大学

从哪里开始?也许是带有一些基本示例的html文档?
％
一些典型的命令…
％
％要读取结构文件到MATLAB（检查变量资源管理器）
原子= import_atom（文件名）的文件名％可能是一个.PDB |名为.xyz |.gro文件

%或…
原子= import_atom_pdb（filenamepdb）
原子= import_atom_gro（filenamegro）
原子= import_atom_xyz (filenamexyz)
%注意，你得到的信息比原子结构变量多得多，比如盒子维度变量Box_dim

%将原子结构写入新的拓扑或结构文件
write_atom_lmp（原子，Box_dim，文件名，1.2,1.2， 'clayff'）％的载体键，角度，万博1manbetx简单二面角
write_atom_psf(atom,Box_dim,filename,1.2,1.2，'clayff') %只注意债券和角度
write_atom_itp（原子，Box_dim，文件名，1.2,1.2， 'clayff'， 'SPCE'）％的Gromacs拓扑文件，仅记键和角度
write_atom_pdb (atom、Box_dim文件名)
write_atom_cif（原子，Box_dim，文件名）
write_atom_gro（原子，Box_dim，文件名）
write_atom_xyz (atom、Box_dim文件名)

％将水加入到箱
％ - 该函数的溶剂化物通过限制与水所限定的一定的区域
％结构密度。R（和r-0.5为H）为溶剂原子的最近距离
％至（可选的）溶质原子
SOL_atom = solvate_atom(limits,density,r,maxsol) % limits可以是[10]| [10 20 30]| [10 20 30 40 50 60]
SOL_atom = solvate_atom(limits,density,r,maxsol,solute_atom，'tip4p') % spc | tip3p | tip4p | tip5p

%可以根据molid、resname、atomtype、index、coordinates等对原子结构进行过滤。这允许在原子、分子和分子类型级别上操作原子结构。这也允许我们使用原子组的“动态索引”。{molid/resname/type/index/}在分析轨迹时。一些基本的例子:
指数= ismember([原子。[{'Al' 'Alt' 'Mgo'}]) %给出一个二进制(1/0)逻辑数组
index=strcmp([atom.type]，'Al') % try also strncmp or strncmpi?
指数=找到（strncmpi（[atom.type]， '人'，2）％会发现 '的Al' 的索引“Alt键？
这将创建一个带有过滤/选择的原子类型的new_atom结构体

positive_z_atom =原子（[atom.z]> 0）％发现所有原子具有positve z坐标
First100_atom =atom([atom.index]<101) %查找原子结构中的前100个原子
first100_v2_atom =原子（1：100）％还发现在原子结构中的第一100个原子

%合并两个不同的原子结构
% -这个函数返回第二个原子集，其中原子不重叠
new_atom = merge_atom（ATOM1，BOX1，atom2，BOX2，类型，Atom_label，r）的

%计算化学键或距离矩阵
原子= bond_angle_dihedral_atom(原子,Box_dim, 1.2, 2.2)
dist_matrix = dist_matrix_atom（原子，Box_dim）％另一个小区列表版本也是存在的。