scGEAToolbox(单细胞基因表达分析工具箱)-文件交换- MATLAB中心

单细胞基因表达分析工具箱

版本23.1.2.0(172mb)由詹姆斯·蔡

单细胞基因表达分析工具箱

https://scgeatool.github.io/

5．0

(1）

693下载

更新2023年1月25日

从GitHub

在GitHub上查看许可证

scGEAToolbox作为单细胞转录组分析的综合功能包，具有许多特性。

所有基本功能

通过简单的点击，您可以通过用户友好的界面探索数据，并访问单细胞转录组分析中所有基本任务的更新功能。

可扩展的三维可视化

scGEAToolbox经过优化，可以使用MATLAB的高质量交互技术可视化数十万个单个细胞，帮助您将原始内部数据转换为见解。

多功能数据集成

scGEAToolbox支万博1manbetx持广泛的交叉研究分析和数据集成，以加深您的生物学理解。无需编程知识即可导入GEO数据库中的公共scRNA-seq数据。

免费和开源

生成独立应用程序的源代码可在GitHub存储库中获得。你也可以通过访问网站找到相关的引用出版物谷歌学者．

独立应用程序

SCGEATOOL ( https://scgeatool.github.io/ )是一个基于scGEAToolbox的端到端桌面应用程序。SCGEATOOL是一个预编译的独立应用程序，提供对封装在单个应用程序中的scGEAToolbox的所有功能的访问。

引用作为

蔡，James J.“ScGEAToolbox:单细胞RNA测序数据分析的Matlab工具箱”。《生物信息学》，扬·庞蒂主编，牛津大学出版社，2019年11月，doi:10.1093/生物信息学/btz830。

查看更多样式

MATLAB版本兼容性

由R2022b创建

与任何版本兼容

平台的兼容性

窗户 macOS Linux

类别

MATLAB>应用程序构建>使用应用设计器开发应用程序>

标签添加标签

社区寻宝

在MATLAB Central中找到宝藏，并发现社区如何帮助您!

开始狩猎!

+ gui

+ gui /私人

+包裹

+运行

+ /外部/ R_scTenifoldKnk运行

test.m

+ /外部/ R_scTenifoldNet运行

test.m

+ /外部/ celltype_mat_new运行

+ /外部/ py_harmonypy运行

+ /外部/ stringdb运行

+运行/私人

+ /第三方/ CSN_transform运行

+ /第三方/ ClusterPack运行

+运行/第三方/战斗

+ /第三方/ DESeq2运行

+ /第三方/ GENIE3运行

+运行/第三方/ GENIE3 / RT

+ /第三方/ HCP_hidden_covariates_with_prior运行

+跑步/第三方/魔法

+ /第三方/ MPPC运行

+ /第三方/ McImpute运行

+ /第三方/ Network_Enhancement运行

+运行/第三方/ Network_Enhancement /核心

+ /第三方/ PHATE运行

+ /第三方/ SIMLR运行

+运行/第三方/ SIMLR / src

+ /第三方/ SNNDPC运行

+ /第三方/ SinNLRR运行

+ /第三方/ SoptSC运行

+运行/第三方/ SoptSC / NNDSVD

+运行/第三方/ SoptSC / symnmf2

+运行/第三方/ SoptSC / vinlinplot

+运行/第三方/幽灵

+运行/第三方/幽灵/ LSC

+运行/第三方/幽灵/ dimred

+运行/第三方/幽灵/跑龙套

+ /第三方/ TSEE运行

+ /第三方/ alona_panglaodb运行

+运行/第三方/ alona_panglaodb / msigdb_c8

i0_preparemarkerdb.m

+ /第三方/ alona_subtypes运行

i2_markergeneweight.m

+ /第三方/ cbrewer运行

+运行/第三方/ faster_svd / lmsvd

+运行/第三方/ faster_svd / svdandpca

+ /第三方/ k-NN-code运行

+运行/第三方/ locfit /神经

+运行/第三方/ locfit /源

compile.m

+跑步/第三方/ locfit / m

+ /第三方/ scGeneFit运行

+运行/第三方/ scGeneFit /源

+ /第三方/ scGeneFit /运行/ classification_metrics来源

+ /第三方/ umapFileExchange运行

+ 10

@SingleCellExperiment

@SingleCellNetwork

私人

资源

readMacosko_cell_cycle_genes.m

资源/ HPA_Single_Cell_Type_Atlas

tensor_toolbox

tensor_toolbox / @ktensor

tensor_toolbox / @sptenmat

tensor_toolbox / @sptensor

tensor_toolbox / @sptensor /私人

tensor_toolbox / @sumtensor

tensor_toolbox / @symktensor

tensor_toolbox / @symtensor

tensor_toolbox / @symtensor /私人

多项

tensor_toolbox / @tenmat

tensor_toolbox / @tensor

tensor_toolbox / @ttensor

医生

GettingStarted.mlx

无法下载使用GitHub默认分支的版本

版本	发表	发布说明
23.1.2.0	2023年1月25日	参见GitHub上此版本的发布说明:https://github.com/jamesjcai/scGEAToolbox/releases/tag/v23.1.2	工具箱邮政编码
23.1.1.0	2023年1月5日	参见GitHub上此版本的发布说明:https://github.com/jamesjcai/scGEAToolbox/releases/tag/v23.1.1	邮政编码工具箱
22.9.1	2022年9月12日	参见GitHub上此版本的发布说明:https://github.com/jamesjcai/scGEAToolbox/releases/tag/v22.9.1	工具箱邮政编码
22.7.1	2022年7月8日	参见GitHub上此版本的发布说明:https://github.com/jamesjcai/scGEAToolbox/releases/tag/v22.7.1	邮政编码工具箱
22.6.1	2022年5月24日	参见GitHub上此版本的发布说明:https://github.com/jamesjcai/scGEAToolbox/releases/tag/v22.6.1	邮政编码工具箱
22.5.6	2022年5月6日	参见GitHub上此版本的发布说明:https://github.com/jamesjcai/scGEAToolbox/releases/tag/v22.5.6	工具箱邮政编码
22.4.11	2022年3月28日	参见GitHub上此版本的发布说明:https://github.com/jamesjcai/scGEAToolbox/releases/tag/v22.4.11	工具箱邮政编码
22.4.1	2022年3月24日	参见GitHub上此版本的发布说明:https://github.com/jamesjcai/scGEAToolbox/releases/tag/v22.4.1	邮政编码工具箱
22.3.6	2022年3月6日	参见GitHub上此版本的发布说明:https://github.com/jamesjcai/scGEAToolbox/releases/tag/v22.3.6	工具箱邮政编码
22.3.1	2022年2月25日	参见GitHub上此版本的发布说明:https://github.com/jamesjcai/scGEAToolbox/releases/tag/v22.3.1	邮政编码工具箱
22.2.21	2022年2月21日	参见GitHub上此版本的发布说明:https://github.com/jamesjcai/scGEAToolbox/releases/tag/v22.2.21	邮政编码工具箱
22.2.9	2022年2月10日	参见GitHub上此版本的发布说明:https://github.com/jamesjcai/scGEAToolbox/releases/tag/v22.2.9	工具箱邮政编码
22.1.31	1月31日	参见GitHub上此版本的发布说明:https://github.com/jamesjcai/scGEAToolbox/releases/tag/v22.1.31	工具箱邮政编码
22.1.30	2022年1月30日	参见GitHub上此版本的发布说明:https://github.com/jamesjcai/scGEAToolbox/releases/tag/v22.1.30	邮政编码工具箱
22.1.29	2022年1月29日	参见GitHub上此版本的发布说明:https://github.com/jamesjcai/scGEAToolbox/releases/tag/v22.1.29	邮政编码工具箱
22.1.23	2022年1月24日	参见GitHub上此版本的发布说明:https://github.com/jamesjcai/scGEAToolbox/releases/tag/v22.1.23	邮政编码工具箱
22.1.19	2022年1月19日	参见GitHub上此版本的发布说明:https://github.com/jamesjcai/scGEAToolbox/releases/tag/v22.1.19	邮政编码工具箱
22.1.13	2022年1月14日	参见GitHub上此版本的发布说明:https://github.com/jamesjcai/scGEAToolbox/releases/tag/v22.1.13	工具箱邮政编码
21.12.28	12月28日	参见GitHub上此版本的发布说明:https://github.com/jamesjcai/scGEAToolbox/releases/tag/v21.12.28	邮政编码工具箱
21.12.13	2021年12月13日	参见GitHub上此版本的发布说明:https://github.com/jamesjcai/scGEAToolbox/releases/tag/v21.12.13	工具箱邮政编码
21.12.10	2021年12月10日	参见GitHub上此版本的发布说明:https://github.com/jamesjcai/scGEAToolbox/releases/tag/v21.12.10	工具箱邮政编码
21.12.8	2021年12月8日	参见GitHub上此版本的发布说明:https://github.com/jamesjcai/scGEAToolbox/releases/tag/v21.12.8	邮政编码工具箱
21.12.04	2021年12月4日	参见GitHub上此版本的发布说明:https://github.com/jamesjcai/scGEAToolbox/releases/tag/v21.12.04	邮政编码工具箱
21.11.19	2021年11月20日	参见GitHub上此版本的发布说明:https://github.com/jamesjcai/scGEAToolbox/releases/tag/v21.11.19	工具箱邮政编码
21.11.18	2021年11月17日	参见GitHub上此版本的发布说明:https://github.com/jamesjcai/scGEAToolbox/releases/tag/v21.11.18	邮政编码工具箱
21.11.17	2021年11月17日	参见GitHub上此版本的发布说明:https://github.com/jamesjcai/scGEAToolbox/releases/tag/v21.11.17	下载
21.11.13	2021年11月13日	参见GitHub上此版本的发布说明:https://github.com/jamesjcai/scGEAToolbox/releases/tag/v21.11.13	工具箱邮政编码
21.11.6	2021年11月7日	参见GitHub上此版本的发布说明:https://github.com/jamesjcai/scGEAToolbox/releases/tag/v21.11.6	工具箱邮政编码
21.10.17	2021年10月18日	参见GitHub上此版本的发布说明:https://github.com/jamesjcai/scGEAToolbox/releases/tag/v21.10.17	工具箱邮政编码
21.9.30	2021年9月30日	参见GitHub上此版本的发布说明:https://github.com/jamesjcai/scGEAToolbox/releases/tag/v21.9.30	邮政编码工具箱
21.9.23	2021年9月23日	参见GitHub上此版本的发布说明:https://github.com/jamesjcai/scGEAToolbox/releases/tag/v21.9.23	邮政编码工具箱
21.9.7	2021年9月7日	参见GitHub上此版本的发布说明:https://github.com/jamesjcai/scGEAToolbox/releases/tag/v21.9.7	邮政编码工具箱
21.9.3	2021年9月2日	参见GitHub上此版本的发布说明:https://github.com/jamesjcai/scGEAToolbox/releases/tag/v21.9.3	邮政编码工具箱
21.9.2	2021年9月2日	参见GitHub上此版本的发布说明:https://github.com/jamesjcai/scGEAToolbox/releases/tag/v21.9.2	工具箱邮政编码
21.8.29	8月30日2021	参见GitHub上此版本的发布说明:https://github.com/jamesjcai/scGEAToolbox/releases/tag/v21.8.29	工具箱邮政编码
21.8.24	2021年8月24日	参见GitHub上此版本的发布说明:https://github.com/jamesjcai/scGEAToolbox/releases/tag/v21.8.24	工具箱邮政编码
21.8.9	2021年8月10日	参见GitHub上此版本的发布说明:https://github.com/jamesjcai/scGEAToolbox/releases/tag/v21.8.9	工具箱邮政编码
21.8.4	2021年8月4日	参见GitHub上此版本的发布说明:https://github.com/jamesjcai/scGEAToolbox/releases/tag/v21.8.4	邮政编码工具箱
21.8.1	2021年7月29日	参见GitHub上此版本的发布说明:https://github.com/jamesjcai/scGEAToolbox/releases/tag/v21.8.1	工具箱邮政编码
21.7.278	2021年7月27日	参见GitHub上此版本的发布说明:https://github.com/jamesjcai/scGEAToolbox/releases/tag/v21.7.278	工具箱邮政编码
21.7.27	2021年7月27日	参见GitHub上此版本的发布说明:https://github.com/jamesjcai/scGEAToolbox/releases/tag/v21.7.27	下载
21.7.26	2021年7月23日	新医生
21.7.14	2021年7月23日	新标题
21.7.13	2021年7月13日	指示在安装外接程序时要添加的文件夹
21.1.16	2021年7月13日	sc_scatter
21.1.15	6月12日2021	SC_SCATTER (X, genelist)
21.1.14	2021年6月11日	尝试新函数:SC_SCATTER.m 阅读文档URL:https://scgeatoolbox.readthedocs.io/
20.8.2	2021年1月14日	添加sc_celltypeexplorer_auto
20.7.5	2020年7月30日	增加细胞标记基因识别功能。
1.0.0	2020年7月3日

要查看或报告此GitHub插件中的问题，请访问GitHub库．

MLA	蔡，James J.“ScGEAToolbox:单细胞RNA测序数据分析的Matlab工具箱”。《生物信息学》，扬·庞蒂主编，牛津大学出版社，2019年11月，doi:10.1093/生物信息学/btz830。
美国心理学协会	蔡俊杰(2019)。scGEAToolbox:用于单细胞RNA测序数据分析的Matlab工具箱。(Y. Ponty, Ed.)生物信息学。牛津大学出版社。检索自https://doi.org/10.1093%2Fbioinformatics%2Fbtz830
助理	@文章{Cai_2019, doi ={10.1093/生物信息学/btz830}， url = {https://doi.org/10.1093%2Fbioinformatics%2Fbtz830}，年份= 2019，月份= {nov}，出版商={牛津大学出版社({OUP})}，作者= {James J Cai}，编辑= {Yann Ponty}，标题= {scGEAToolbox}: Matlab工具箱用于单细胞{RNA}测序数据分析}，期刊={生物信息学}}

单细胞基因表达分析工具箱

引用作为

需要

MATLAB版本兼容性

平台的兼容性

类别

标签添加标签

社区寻宝

发现实时编辑器

+ gui

+ gui /私人

+包裹

+运行

+ /外部/ R_scTenifoldKnk运行

+ /外部/ R_scTenifoldNet运行

+ /外部/ celltype_mat_new运行

+ /外部/ py_harmonypy运行

+ /外部/ stringdb运行

+运行/私人

+ /第三方/ CSN_transform运行

+ /第三方/ ClusterPack运行

+运行/第三方/战斗

+ /第三方/ DESeq2运行

+ /第三方/ GENIE3运行

+运行/第三方/ GENIE3 / RT

+ /第三方/ HCP_hidden_covariates_with_prior运行

+跑步/第三方/魔法

+ /第三方/ MPPC运行

+ /第三方/ McImpute运行

+ /第三方/ Network_Enhancement运行

+运行/第三方/ Network_Enhancement /核心

+ /第三方/ PHATE运行

+ /第三方/ SIMLR运行

+运行/第三方/ SIMLR / src

+ /第三方/ SNNDPC运行

+ /第三方/ SinNLRR运行

+ /第三方/ SoptSC运行

+运行/第三方/ SoptSC / NNDSVD

+运行/第三方/ SoptSC / symnmf2

+运行/第三方/ SoptSC / vinlinplot

+运行/第三方/幽灵

+运行/第三方/幽灵/ LSC

+运行/第三方/幽灵/ dimred

+运行/第三方/幽灵/跑龙套

+ /第三方/ TSEE运行

+ /第三方/ alona_panglaodb运行

+运行/第三方/ alona_panglaodb / msigdb_c8

+ /第三方/ alona_subtypes运行

+ /第三方/ cbrewer运行

+运行/第三方/ faster_svd / lmsvd

+运行/第三方/ faster_svd / svdandpca

+ /第三方/ k-NN-code运行

+运行/第三方/ locfit /神经

+运行/第三方/ locfit /源

+跑步/第三方/ locfit / m

+ /第三方/ scGeneFit运行

+运行/第三方/ scGeneFit /源

+ /第三方/ scGeneFit /运行/ classification_metrics来源

+ /第三方/ umapFileExchange运行

+ 10

@SingleCellExperiment

@SingleCellNetwork

私人

资源

资源/ HPA_Single_Cell_Type_Atlas

tensor_toolbox

tensor_toolbox / @ktensor

tensor_toolbox / @sptenmat

tensor_toolbox / @sptensor

tensor_toolbox / @sptensor /私人

tensor_toolbox / @sumtensor

tensor_toolbox / @symktensor

tensor_toolbox / @symtensor

tensor_toolbox / @symtensor /私人

tensor_toolbox / @tenmat

tensor_toolbox / @tensor

tensor_toolbox / @ttensor

医生