图像缩略图

Multiband_fMRI_Volume_Censoring

版本1.0.1(53.3 KB) 约翰威廉姆斯
高分辨率(低TR)同步多片(多频带)RSFC fMRI的最佳体截方法。

20下载

更新2020年9月01日

从GitHub

在github上查看许可证

该软件允许用户根据给定的数据集大小获得最佳LPF-FD和GEV-DV卷审查参数,并且使用这些参数或其他用户指定的参数,获取使用LPF-FD审查的卷的向量。GEV-DV方法使用给定的运动参数(MPS)和静止状态FMRI时间序列(体素或晶体时间序列)和脑掩码。这些方法可以单独使用或串联使用,并使用预加载到MATLAB或使用用户指定的文件名加载的图像。

1.[optimal_LPFFD_threshold, optimal_GEVDV_d] =…
getOptimalStudyThresholds (runLength numRuns usingGSR)
该函数可以在给定每次运行的指定容量、每个受试者运行的数量以及是否使用全局信号回归(GSR)对数据进行额外处理的情况下,获得最佳LPF-FD和GEV-DV阈值。

2. [审查volumes,lpffdcensoredvolumes,lpfdvcensoredvolumes] = ...
getCensoredVolumes (timeSeries brainMask、国会议员、TR LPF_FD_Threshold, DV_GEV_d)
此函数使用组合的LPF-FD和GEV-DV基于GEV-DV的卷审查返回C博信卷的布尔(逻辑)向量,给定时间序列(作为体素时间序列的4D矩阵,或晶体时间序列的2D矩阵),灰质掩模(3D矩阵,或1D,与灰线集物相对应的列),运动参数(MPS)的矩阵,TR(低通滤波所需),以及所需的LPF-FD阈值和DV-GEV D.它通过调用LPFDVCensoredVolumes来通过调用LpffdCensoredVolumes和使用GEV-DV调用LPFFDCensoredVolumes和C博信卷来计算截取的卷。

3. [CHSOREDVOLUMES,LPFFDCENSOREDVOLUMES,LPFDVCCLUMENS] = ...
GetCensoredVolumesFromnifti(FilenamedAtanifti,FilenameBrainmask3D,MPS,LPF_FD_THRESHOLD,DV_GEV_D)
这是GetCensoredVolumes的包装器,它使用Nifread开启NIFI或CIFTI时间序列。它是相同的,除了它而不是在时间序列和灰质掩码中,它需要在时间序列的文件名和灰松蒙版的文件名。重复时间(TR)是从NIFI标题获得的。它使用nifread和呼叫getCensoredVolumes打开它们;输出是相同的。

4.[lpffdCensoredVolumes] = lpffdCensoredVolumes(国会议员,TR, LPF_FD_Threshold)
该函数返回一个逻辑向量,表示根据输入运动参数、TR(用于低通滤波)和用户所需的LPF-FD阈值,使用LPF-FD去除哪些体积。

5.[lpfdvCensoredVolumes] = lpfdvCensoredVolumes (timeSeries brainMask, TR DV_GEV_d)
该函数返回一个逻辑向量,表示使用基于输入时间序列的GEV-DV去除哪些体积、与输入时间序列相同空间的灰质掩模、TR(用于低通滤波)和用户所需的GEV-DV d参数。

这是一个MATLAB软件包伴随的文章:
多频休息状态功能连接MRI数据的运动去噪:改进的卷积剖面方法。
约翰·c·威廉姆斯硕士和杰瑞德·x·范·斯耐伦伯格博士
多模态翻译成像实验室
石溪大学文艺复兴医学院精神病学和行为健康系
石溪,纽约,美国。

该软件需要Matlab R2017B或以后在任何操作系统上运行。这是使用MATLAB R2019B创建和测试的。此软件不需要任何非标准软件。

该软件的安装包括下载、复制或将所有函数移动到MATLAB安装可访问的目录中。如果以zip文件下载,所有函数在使用前都应该解压到一个文件夹。在一台普通的桌面电脑上,解压缩这个软件的时间预计不超过一分钟。

该软件在GNU通用公共许可证3版下发布。

引用

约翰·威廉姆斯(2021)。Multiband_fMRI_Volume_Censoring(https://github.com/mmti/multiband_fmri_volume_censing),github。检索到

MATLAB版本兼容性
创建R2019b
兼容R2017B及更高版本
平台兼容性
窗户 macOS Linux.

社区宝藏狩猎

找到Matlab Central中的宝藏,并发现社区如何帮助您!

开始狩猎!
要查看或报告这个GitHub插件中的问题,请访问github存储库
要查看或报告这个GitHub插件中的问题,请访问github存储库