gQSPSim是一个基于gui的MATLAB®应用程序,执行QSP模型开发和分析的关键步骤,包括:
1)采用全局和局部优化方法进行模型标定
2)虚拟学科的发展,以探索所代表的生物学中的可变性和不确定性
3) 不同干预措施的虚拟人群模拟。
gQSPSim使用SimBiology®构建的模型,利用物种、剂量、变体和规则等组件。所有功能都配备了交互式可视化界面,并能够生成演示图形。此外,可以共享或保存标准化的gQSPSim会话,以便将来扩展和重用。
源代码和案例研究包括在github的引用帐户。关于gQSPSim和案例研究的描述在题为“gQSPSim:一个基于SimBiology®的用于标准化QSP模型开发的GUI应用程序”的出版物中
和应用”。
说明:
1) 在计算机上安装Matlab 2018a。Matlab的早期版本不兼容,我们尚未在2018b或更高版本中测试该应用程序。
2)安装GUI布局工具箱(//www.tianjin-qmedu.com/matlabcentral/fileexchange/47982-gui-layout-toolbox)
3)查看下面的链接,以获得Mac和PC用户支持的编译器列表(万博1manbetx//www.tianjin-qmedu.com/content/dam/mathworks/mathworks-dot-com/万博1manbetxsupport/sysreq/files/SystemRequirements-Release2018a_SupportedCompilers.pdf)
•3a)对于Mac用户,安装xcode。
•3b)对于PC用户,安装一个支持的编译器(lcc-win64或MinGW 5万博1manbetx.3 C/ c++或Microsoft Visual c++)
4)编译器安装完成后,打开Matlab,运行以下命令
•mex -setup
•mex -setup c++
5) 要检查编译器是否已在计算机上成功配置,请运行以下命令:
•modelObj=sbmlimport('lotka');
•em = export(modelObj)
•加速(em);
•em.I加速
答案应该是1
在Windows上启用长文件名
1)打开注册表编辑器(regeit .exe)
2) 导航到HKEY\U LOCAL\U MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\FileSystem
3) 双击LongPathEnabled
4)设置为“1”,单击“确定”
5) 重新启动
在Windows上解压案例研究Zip文件
1)下载并安装7-ziphttps://www.7-zip.org/
2)使用7-zip解压案例研究zip文件
gQSPSim安装:
1)解压主目录下的gQSPSim.zip
2)打开Matlab
3)进入主目录“/gQSPsim/app”
4) 运行QSPapp
引用作为
Iraj Hosseini(2021年)。gQSPSim(https://github.com/feigelman/gQSPsim-release),GitHub。恢复.
MATLAB版本兼容性
平台兼容性
窗户 马科斯 Linux标签
确认
灵感来自:GUI布局工具箱,xlwrite:在Mac/Linux/Win上不使用Excel生成XLS(X)文件,raacampbell/shadedErrorBar,绘制多个分布的小提琴图(distributionPlot.m)