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工具”菜单

额外的工具

内容

允许测量图像上的长度。

测量工具

MIB的度量工具是基于图像测量工具作者Jan Neggers，埃因霍温理工大学。使用该工具可以执行许多不同的长度测量，并生成与这些测量相对应的强度剖面。按此浏览详情．

线测量

测量两点之间的线性距离。按住鼠标左键绘制连接两个对象的线。结果将显示在弹出和MATLAB主窗口中。此外，测量的长度被复制到系统剪贴板，并可以使用Ctrl+V快捷键粘贴。而线性测量工具也可以称为自量具工具栏．中定义的像素大小数据集参数．

徒手测量

与直线测量工具相似的是，测量的距离可以任意绘制。

深度学习工具提供了对用户数据进行深度卷积网络训练的访问，并利用这些网络完成图像分割任务。

详情请参阅相关章节:点击这里．

在本节中，MIB有两个分类器。其中一种设计用于膜检测，但也适用于其他物体。第二个分类器基于SLIC超像素/超体素进行分类。

膜检测，一种使用随机森林分类器自动分割图像的方法。当前版本的分类器是基于膜检测的随机森林Verena Kaynig和利用randomforest-matlab作者:Abhishek Jaiantilal。详情请参阅帮助部分对应的函数。
Superpixels分类，适用于具有明显强度特性的物体。在该方法中，MIB首先计算二维的SLIC超像素或三维的超体素，并根据所提供的标记感兴趣对象和背景的标签集对它们进行分类。在这个例子中查看更多信息．

自动图像分割和目标分离方法。

Graphcut和分水岭示例

全部折叠

用于分离对象的工具，可以作为当前模型的材料，蒙版或选择层。

细胞的种子分水岭的例子

全部折叠

MIB的立体学工具统计打开模型的材料与网格线的相交次数。网格线之间的间距可以用像素或图像单位定义。体视学分析结果可导出到MATLAB或Microsoft Excel中。

以下是一个简短的演示视频:
https://youtu.be/5gOiyVNr2vY

详情及参数

要计算网格，请使用grid选项面板中的Generate按钮。通过按Do stereology按钮开始分析。

的(✓)包括注释复选框，立体感工具也会计算标注标签的出现次数(分割面板->标注工具)

重要提示!当网格的厚度为1像素(网格额外厚度为0)时，在低于100%的放大倍率下，网格可能无法正常显示。若要在低倍率下看到网格，请增加额外的网格厚度值。

伤口愈合试验的目的是测量细胞的迁移参数。它在Imagen Cell-IQ平台上进行了测试，该平台允许获得0像素重叠的图像网格

详情及参数

该工具由两部分组成:

缝合	使用拼接设置面板来指定网格中的单元格数量;每个单元格都由一个包含图像的自己的目录定义。目录名必须从左上角开始，水平向右下角前进指定文件名扩展名选择使用网格图像进行拼接的目录(Select directories…按钮) 指定结果的输出目录(output…按钮) 按下缝合按钮开始缝合
伤口愈合分析	填充伤口愈合设置面板:设置像素大小，时间步长和可选的下采样结果图像评估。当(✓)显示交互式图表复选框，该工具将在每个时间点后生成一个带有结果的交互式图为伤口愈合试验选择带有缝合图像的目录(选择目录…按钮) 按伤口愈合按钮开始
	结果: 显示伤口最小宽度、平均宽度和最大宽度的图 Microsoft Excel格式的表格和MATLAB格式的缠绕宽度值文件包含检测到的伤口快照的目录一种文本文件，包含在缝合过程中使用的原始图像的时间戳
参考	该功能是基于由Constantino Carlos reys - aldasoro (查看更多）引用作为 CC Reyes-Aldasoro, D Biram, GM Tozer, C Kanthou电子通讯44 (13)，791-793 代码也可以从github获得:https://www.github.com/reyesaldasoro/Cell-Migration

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