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显微镜图像浏览器2（MIB2）

version 2.8020 (68mb) by Ilya Belevich
MIB2是用于分割多维（2D-4D）显微镜数据集的更新包
5．0
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更新2021年10月14日

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使用MIB2，您可以从光镜和电子显微镜分析、分割和可视化各种多维数据集。MIB2被完全重写，以遵循MVC架构，并在许多新特性中带来了额外的稳定性。
在MIB网站上查看更多详细信息和教程： http://mib.helsinki.fi
我想感谢Matlab文件交换用户社区，特别是作者，他们的功能在开发过程中被利用的程序:
http://mib.helsinki.fi/acknowledgements.html
MIB版本1可以从这里获取 http://se.mathworks.com/matlabcentral/fileexchange/56481-microscopy-image-browser--mib- 推荐使用Matlab版本:R2011a - 2014a
所有功能的视频教程的列表是可用的 http://mib.helsinki.fi/features_all.html
特点:
  • 万博1manbetx支持2D-4D数据集(x,y,c,z,t)
  • 多达9个同时打开的数据集
  • 每个数据集的边界框
  • 通过插件扩展
  • 已执行操作的日志
  • 可定制的撤销制度
  • 可定制的快捷键
  • 色盲友好的配色方案
  • 利益区域
  • 虚拟堆叠模式，用于处理大于可用内存的数据集
  • 批处理模式
数据导入/导出
  • 直接导入/导出与Matlab、斐济,伊万里瓷器和系统剪贴板
  • 直接从Omero服务器导入和网址链接
  • 加载并保存为TIF, Amira Mesh, JPG，斐济BigDataViewer, HDF5, MRC, NRRD, PNG格式
  • 加载多达100种不同的图像和视频格式
  • 用于量化的Microsoft Excel(导出)
  • 重命名和洗牌工具的无偏分类和分割
量化和统计
  • 对象:区(2 d / 3 d)
  • 对象:ConvexArea (2 d)
  • 对象：曲线长度（2D、像素和图像单位）
  • 对象:偏心(2 d)
  • 对象：赤道偏心率（3D）
  • 对象:Equiv直径(2D)
  • 对象：欧拉数（2D）
  • 对象:程度(2 d)
  • 对象:填充区域(2D/3D)
  • 对象：孔区域（二维/三维）
  • 对象:端点之间的长度(2D/3D)
  • 对象:主轴长度(2D/3D)
  • 对象:子午偏心距(3D)
  • 对象：方向（二维）
  • 对象：周长（2D）
  • 对象：第二轴长度（2D/3D）
  • 对象:可靠性(2 d)
  • 对象：第三轴长度（3D）
  • 强度:相关性(2 d / 3 d)
  • 强度:最大(2 d / 3 d)
  • 强度:是指(2 d / 3 d)
  • 强度：最小（2D/3D）
  • 强度:标准偏差(2D/3D)
  • 强度:Sum (2 d / 3 d)
测量
  • 角
  • 卡尺
  • 圆的半径
  • 徒手距离和强度剖面
  • 线性距离和强度剖面
  • 折线距离和强度剖面
  • 体视学
  • 伤口愈合试验
分割工具
  • 球三维(3 d)
  • 三维线条（3D）
  • 带值的注释
  • 画笔工具(2 d)
  • 画笔工具2D超像素(SLIC转折点）
  • 黑白阈值工具(全局、局部、自适应;2 d / 3 d)
  • 用于训练和预测的深卷积神经网络
  • 扩张(2 d / 3 d、差)
  • 拖&下降
  • 侵蚀(2 d / 3 d、差)
  • 填补(2 d / 3 d)
  • 框架选择工具
  • 弗兰基管式过滤器（2D/3D）
  • 基于Graphcut的半自动分割(2D/3D),
  • 套索工具（2D/3D）
  • 魔杖工具（2D/3D）
  • 膜点击跟踪工具(2D/3D)
  • 形态学操作(分支点、对角填充、端点、骨架、丁坝、薄、最终侵蚀）
  • 对象选择器(2 d / 3 d)
  • 量化滤波(2 d / 3 d)
  • 随机森林分类器(2D/3D)
  • 形状和线条插值(3D)
  • 平滑(2 d / 3 d)
  • Spot工具（2D/3D）
  • 分水岭自动图像分割和目标分离(2D/3D)
分割工具
  • 球三维(3 d)
  • 三维线条（3D）
  • 带值的注释
  • 画笔工具(2 d)
  • 画笔工具2D超像素(SLIC转折点）
  • 黑白阈值工具(全局、局部、自适应;2 d / 3 d)
  • 用于训练和预测的深卷积神经网络
  • 扩张(2 d / 3 d、差)
  • 拖&下降
  • 侵蚀(2 d / 3 d、差)
  • 填补(2 d / 3 d)
  • 框架选择工具
  • 弗兰基管式过滤器（2D/3D）
  • 基于Graphcut的半自动分割(2D/3D),
  • 套索工具（2D/3D）
  • 魔杖工具（2D/3D）
  • 膜点击跟踪工具(2D/3D)
  • 形态学操作(分支点、对角填充、端点、骨架、丁坝、薄、最终侵蚀）
  • 对象选择器(2 d / 3 d)
  • 量化滤波(2 d / 3 d)
  • 随机森林分类器(2D/3D)
  • 形状和线条插值(3D)
  • 平滑(2 d / 3 d)
  • Spot工具（2D/3D）
  • 分水岭自动图像分割和目标分离(2D/3D)
图像处理
  • 在数据集周围添加框架
  • 对齐
  • 亮度，对比度，伽马调整
  • 将大型数据集切碎并重新切碎为较小的卷
  • Content-aware填补
  • 对比度受限的自适应直方图均衡化
  • 颜色模式改变(深度、颜色类型)
  • 颜色通道操作(添加，复制，删除，反转，旋转，移动，交换)
  • 庄稼，调整大小,抛旋转转置
  • 将二维/三维对象裁剪为文件
  • 碎片移除
  • 图像算法
  • 图像过滤器
  • 强度归一化Z/T (完成切片，蒙版区域，背景移位）
  • 在选定区域内更换强度
  • 反
  • 切片操作:插入、复制、删除
  • 强度投影和焦点叠加
  • 形态学操作
可视化
  • 正交切片（XY、ZX、ZY平面）
  • 体绘制(硬件)
  • 体绘制（软件）
  • Matlab等值面模型
  • 使用Fiji 3D viewer的模型和体积
  • 使用Imaris的模型和卷
  • 将模型导出到IMOD
  • 将模型导出到阿米拉
  • 导出模型到3D切片机
  • 导出模型和卷到Matlab卷查看器
  • 以STL格式导出模型

引用作为

Ilya Belevich(2021)。显微镜图像浏览器2（MIB2）GitHub (https://github.com/Ajaxels/MIB2)。检索．

显微图像浏览器:多维数据集分割和分析的平台。《公共科学图书馆·生物学》，第14卷，第2期。1、公共科学图书馆(PLoS)， 2016年1月，p. e1002340, doi:10.1371/journal.pbio.1002340。

查看更多的风格

Belevich、Ilya和Eija Jokitalo。DeepMIB：用户友好的开源软件，用于生物图像分割深度学习网络的培训。冷泉港实验室，2020年7月，内政部：10.1101/2020.07.13.200105。

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MATLAB版本兼容性
使用R2021a创建
兼容R2014b及后续版本
平台的兼容性
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班级

类/ @Labels

类/@Lines3D

类/ @PoolWaitbar

类/ @ToggleEventData

类/ @mibAboutController

类/ @mibAlignmentController

Classes/@mibAnnotationsController

类/ @mibBatchController

Classes/@mibbundingboxcontroller

class/@mibChildView

类/ @mibChopDatasetController

类/ @mibController

Classes/@mibCropController

类/ @mibCropObjectsController

Classes/@mibdatasetionfocontroller

类/ @mibDebrisRemovalController

类/ @mibDeepController

类/@mibDeepController/备份

Classes/@mibDragNDropControl

类/ @mibExternalDirsController

class/@mibGraphcutController

类/@mibHistThresController

类/ @mibImage

类/ @mibImageAdjController

class/@mibimagearithmetriccontroller

类/ @mibImageFiltersController

Classes/@mibImageMorphOpsController

类/ @mibImageSelectFrameController

类/ @mibImageUndo

类/ @mibImportOmeroController

Classes/@mibKeyShortcutsController

Classes/@mibLines3DController

类/ @mibLogListController

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类/ @mibModel

Classes/@mibMorphOpsController

类/ @mibObjSepController

类/ @mibPreferencesAppController

类/ @mibPreferencesController

类/ @mibRandomDatasetController

Classes/@mibRandomRestoreDatasetController

Classes/@mibRechopDatasetController

类/ @mibResampleController

类/@mibroi区域

Classes/@mibSnapshotController

Classes/@MIB统计控制器

Classes/@mibStereologyController

Classes/@mibsupervoxelsclassifiercontroller

类/ @mibTipsController

Classes/@MIBUPDATECECKCONTROLLER

Classes/@mibView

Classes/@mibVolRenController

类/ @mibWatershedController

类/ @mibWoundHealingAssayController

类/ @volrenAnimationController

开发/ mibPluginGUI_ver1

开发/ mibPluginGUI_ver2_Batch_compatible

开发/ mibPluginGUI_ver3_appDesigner

没有GUI的开发/管理

GuiTools

GuiTools / volren

ImportExportTools

ImportExportTools /阿米拉

ImportExportTools / BioFormats

ImportExportTools/BioFormats/private

ImportExportTools/斐济

ImportExportTools / HDF5

ImportExportTools / IMOD中

ImportExportTools / IMOD中/ @ImodChunk

ImportExportTools / IMOD中/ @ImodChunk /私有的

ImportExportTools / IMOD中/ @ImodContour

ImportExportTools / IMOD中/ @ImodContour /私有的

ImportExportTools/IMOD/@ImodMesh

ImportExportTools / IMOD中/ @ImodMesh /私有的

ImportExportTools / IMOD中/ @ImodModel

ImportExportTools / IMOD中/ @ImodModel /私有的

ImportExportTools/IMOD/@ImodObject

ImportExportTools/IMOD/@ImodObject/private

ImportExportTools/IMOD/@MRCImage

ImportExportTools/IMOD/@MRCImage/private

ImportExportTools / IMOD中可视化

ImportExportTools/Imaris

ImportExportTools/Imaris/@IceImarisConnector

ImportExportTools / MatTomo / @ImodChunk

ImportExportTools / MatTomo / @ImodChunk /私有的

ImportExportTools / MatTomo / @ImodContour

ImportExportTools/MatTomo/@ImodContour/private

ImportExportTools / MatTomo / @ImodMesh

ImportExportTools / MatTomo / @ImodMesh /私有的

ImportExportTools/MatTomo/@ImodModel

ImportExportTools/MatTomo/@ImodModel/private

ImportExportTools/MatTomo/@ImodObject

ImportExportTools / MatTomo / @ImodObject /私有的

ImportExportTools / MatTomo / @MRCImage

ImportExportTools/MatTomo/@MRCImage/private

ImportExportTools/MatTomo/Utils

ImportExportTools / MatTomo /可视化

ImportExportTools/Omero

导入导入工具/导出图

ImportExportTools / nrrd

插件/文件处理/图像转换器

插件/ IntensityAnalysis / TripleAreaIntensity

插件/编写myplugin / mibAppDesignPlugin

插件/编写myplugin / mibPlugin

插件/编写myplugin / mibPluginWithoutGUI

插件/编写myplugin / myPluginName

插件/分析/ MCcalc细胞器

插件/分析/ SurfaceArea3D细胞器

插件/分析/ ThreshAnalysisForObjects细胞器

插件/胞间连丝/ CellWallThickness

插件/胞间连丝/ SpacialControlPoints

插件/教程/ GuiTutorial

工具

工具/ CellMigration

工具/快速行进

工具/ FastMarching /功能

工具/快速行进/最短路径

工具/弗兰基

工具/ HistThresh

工具/ RandomForest / MembraneDetection

工具/ RandomForest / RF_Class_C

工具/ RandomForest / RF_Reg_C

工具/区域划船

工具/ Supervoxels

工具/matGeom/geom2d

工具/matGeom/geom3d

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techdoc

插件/ IntensityAnalysis / TripleAreaIntensity

插件/分析/ SurfaceArea3D细胞器

techdoc

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