SimBiology参数符合

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ncut
ncut 2011年6月9日
我运行一个Pkmodel SimBiology我想适合我一些参数使用实验数据。当我试着内置fitparameter选项使用sbionlinfit(个人)。我必须提供初步估计我需要适应和仿真将返回的参数估计参数。我的问题是我怎么能给一个参数范围(用于安装所需的参数),以便它可以返回最适合。在内置的选项将只有一个值作为输入并给附近的结果无论健康。每次都需要手动输入,需要检查什么是健康,我猜这将需要数年时间来适应。你建议的可能性,这样我就可以给这个范围参数和仿真将挑选最好的值符合数据(如“fmincon”)

答案(1)

亚瑟Goldsipe
亚瑟Goldsipe 2011年9月23日
sbionlinfit使用本地优化程序不支持参数范围。万博1manbetx甚至fmincon,支持参数范围,可以陷入局部最小万博1manbetx值。如果输出参数是非常接近的初始猜测你可能遇到一个很常见的问题,当估计参数常微分方程(SimBiology模型基本水平):误差公差在解决常微分方程会导致噪声目标函数,很难适应。两种方法可以克服噪声问题加强ODE求解器公差(SimBiology AbsoluteTolerance和RelativeTolerance选项)和增加步长时,优化器使用估算梯度(sbionlinfit DerivStep选项和nlinfit)。
在MATLAB的最新版本(特别是R2011a后来),使用的默认DerivStep sbionlinfit被改变来解决这个问题。如果你使用早期版本,您可以试一试你的拟合问题再次在一个新版本。
然而,你可能仍然发现你的拟合结果是敏感的初始参数估计。这是一个巨大的挑战,实际上有一个全局优化工具箱来帮助解决这些问题。不幸的是,很难(如果不是不可能的话)想出一种方法,适用于所有的模型和数据。
亚瑟

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