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显微镜图像浏览器/ Graphcut分水岭分割

这个窗口提供访问半自动使用分水岭图像分割方法。

推荐使用Graphcut分割由于其高交互性。

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内容

一般的例子

模式面板

模式面板提供了可能性为细分选择所需的工作模式。

◉2 d,电流片对块执行分割,目前所示图像视图面板 ◉2 d,挤牙膏式,执行2 d细分为每一个单独的数据集 ◉3 d,体积,执行三维分割的完整或选定的部分(参见下面的选择区域部分)的数据集 长宽比为3 d…显示数据集的长宽比。这些值计算的体元数据集的大小(可以从菜单- >数据集- >参数)。比例值时使用分水岭运行使用地图的距离(见下文)

分区委员会

分区面板允许选择的子领域数据集进行处理。如果数据集太大它可以使用这个面板被加工零件或扔进垃圾箱。

X:…定义了数据集的宽度来处理。请使用冒号分隔两个数字信号(:) Y:…定义了数据集的高度来处理 Z:…定义了数据集的z-slices处理 从选择按钮填充X:,Y:,Z:字段使用一个边界框的坐标描述选择层 当前视图按钮的限制X:和Y:参数目前显示的图像图像视图面板 重置重置分区字段数据集的维度 本x乘以……定义了一个数据分割前的装箱因素。它允许执行快但以更少的细节。

图像分割的设置

这两个分水岭和Graphcut分割工作流使用标签,马克地区属于提供对象和背景进行分割。比较的Graphcut工作流程,分水岭工作流是少一点互动;它需要更多的时间为每个执行和分离只有对象有不同的边界,例如膜封闭的细胞器。

另一方面,Graphcut工作流花更多的时间在图像预处理(superpixels计算和生成图)但每个交互后很快。使用此工作流可以单独的对象都有边界和强度对比。总的来说,Graphcut工作流建议对大多数的病例。

下面的描述图像分割的设置:

颜色通道▼定义了一个颜色通道,将用于分割 背景▼定义了一个模型的材料,标签的背景 对象▼定义了一个模型的材料,标签对象分割 类型的信号▼定义类型的数据:“black-on-white”,当对象是分离与黑暗的边界和“黑白”的界限 更新列表刷新列表的材料 可选的预处理(只对分水岭工作流) (✓)梯度过滤器使用梯度图像分水岭之前过滤创建边界周围的对象 (✓)特征值的黑森使用这个选项,预处理数据有时是有益的下列transfornation分水岭。使用σ字段来调整过滤器 (✓)出口到MATLAB出口数据预处理的主要MATLAB工作区 (✓)预览显示了结果的预处理图像视图面板 预处理启动数据预处理过程。当预处理数据存在的颜色按钮变成绿色 从MATLAB进口进口数据集将用于图像分割从MATLAB工作区 清晰的从内存中删除预处理的数据

图像分割的例子

	加载一个示例数据集:菜单- >文件- > - >导入图片的URL,输入地址: http://mib.helsinki.fi/tutorials/WatershedDemo/watershed_demo1.tif 按下+按钮划分小组向模型添加材料和名称是“背景”(使用鼠标右键来调用一个弹出菜单) 使用画笔工具标签一个属于细胞质
按下一个按钮来选择区域添加到第一个模型的材料(背景) 按下+按钮再添加另一种物质,并将其命名为“种子” 画标签内线粒体。
按下一个按钮来选择区域添加到第二个模型的材料(种子) 启动分水岭分割工具:菜单- >工具- >半自动分割- >分水岭。 确保适当的材料选择图像分割的背景和对象设置 按下段按钮部分线粒体 添加更多的种子材料改善segmentaion的背景和对象 按下段按钮再次 掩模层的分段线粒体被放置 选择平滑线粒体:菜单- >面具- >光滑的面具

与分水岭图像分割算法

引用

分水岭:图像分割和对象分离模式:

回指数- - >用户指南- - >菜单- - >工具”菜单

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发表与MATLAB®R2022b随后处理prettify_MATLAB_htmlV6.5