仿生学

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模型模拟分析生物系统

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SimBiology提供动能系统建模、模拟分析应用程序工具,重点是定量系统药理学、生理药效学和药效学应用simBilogic块编辑器或程序化MATLAB语言sbr格式化文件或建建SimBilogy模型实例

SimBilogy提供各种技巧分析基于ODE模型复杂度和大小不等可运行模拟评估目标可行性、预测药效安全性并识别最优下药时间表可使用局部和全球敏感度分析识别关键路径和参数并通过运行参数扫描评估生物变异性估计参数使用非线性回归和非线性混合效果技术并进行非剖析分析

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何为SimBilogy

模拟生物社区

QSP、PBPK和PK/PD使用SimBiology和MATLAB建模

现在就探索

建模模型

构造性定量系统药理学PBPK或pharmacokinetic/pharmacodynamic (PK/PD)仿佛模型用SimBilogy模型构建器画纸

指定模型动态

拖放块编辑器或程序工具构建QSP、PBPK或PK/PD模型从系统生物标记语言文件导入现有模型

建模模型
使用可观察性执行模拟后计算
建模-差别方程QSP、PBPK和PK/PD建模分析

创建模型变换

模型变量存储一组参数值或初始条件,这些条件不同于基建配置简单模拟虚拟病人、药选者、替代假想和假设不生成多拷贝模型

变换式
模拟甘蔗-Insulin响应模型有不同的初始条件
存储替代量值模型变换

存储替代量值模型变换

评价 dosing策略

定义并评价 dosing策略评估组合法的好处,并综合面向不同模型物种的服药时间表确定最佳服药策略

多斯
Doses模拟生物教程QSP、PBPK和PK/PD建模分析

模拟模型

模拟模型动态行为使用各种确定式和随机求解器仿生模型分析器或程序工具

选择解答器

选择数大确定式求解器之一,包括MATLABOD求解并SUNDIALS求解器中选择随机求解器包括随机模拟算法(SSA)、显式减肥法和隐式减肥法

选择模拟解答器
SASA和LOTO-LEPE
模拟模拟生物学Simbiology教程QSP、PBPK和PK/PD建模分析

自动化单元转换

选择最适合模型的单元举例说,用毫克表示剂量值,用纳米机表示药富集度,用立方公尺表示等离子体积单元转换工具将模型和数据中所有数量转换成一致性单元系统

性能单元转换
性能分量分析
指定单位并自动执行单元转换

指定单位并自动执行单元转换

加速模拟

大模型加速模拟或MonteCarlo模拟转换模型编译C码通过使用多核心、集群或云计算资源分布模拟进一步提高性能并行计算工具箱.

加速模型模拟分析
imFunction对象
PK/PD反生素指南应用策略建模

通过向集群和云扩展提高模拟性能

估计参数

模型参数估计匹配实验时间流数据通过非剖析分析计算PK参数

非剖析

计算药效参数 从时间流测量 药富集使用稀疏或串行采样对单次或多次下药实验和模拟数据执行NCA

非剖析
AUC计算线性半数级显示的集中时间数据

AUC计算线性半数级显示的集中时间数据

非线性回归

估计参数使用局部或全局估计方法计算置信区间参数和模型预测单组独立编译特定组估计值或同时编译单组估计值

非线性回归
万博1manbetx辅助参数估计法
高斯参数置信区间双构件PK模型

高斯参数置信区间双构件PK模型

非线性混合效果技术

使用NLME方法匹配人口数据,使用Sortacistic接近期望-最大化(SAEM)、一阶条件估计(FOCE)、一阶估计(FO)、线性混合效果近似或限LME近似

非线性混合效果建模
万博1manbetx辅助参数估计法
非线性混合效果法进度图

非线性混合效果法进度图

分析模型

执行敏感度分析、参数扫描和MonteCarlo模拟探索参数和条件对模型行为的影响

内建程序与交互探索工具

组合分析程序使用内置分析步骤并用SimBiosy模型分析应用滑动器交互探索参数或剂量调度变化对模型结果的影响

仿生模型分析器
imBilogic教程:SimBilogic视频可视化数据7: 00)
imBilogic教程:SimBilogic视频中共变模型采样参数3:31
采样模型量生物教程生成模拟假想QSP、PBPK和PK/PD建模分析

全局敏感度分析

通过局部或全局敏感度分析探索模型响应量变化效果使用全局敏感度分析理解模型驱动模型跨参数空间响应并启发参数估计策略

全局敏感度分析应用
感知生物学分析
参数扫描、参数估计和敏感度分析
全局感知分析

自定义分析

模拟生物程序化使用MATLAB脚本实现分析自动化并创建定制分析simBilogy模型,如虚拟人口模拟等自定义分析工具

gQSPSim:QSP模型分析MATLAB应用,包括模拟虚拟群
QSP工具箱:量化系统药理工作流组件
VQMTools量化系统药理建模
社区从SimBilogy在线社区提供工具

社区从SimBilogy在线社区提供工具

部署模型

使用App设计程序创建模型探索应用程序并用MATLAB编译程序打包分享仿生学模拟协作者,他们无法访问MATLAB和SimBilogy,无需揭发建模细节

建设部署Web应用

创建应用App设计器使用MATLAB编译程序打包并托管MATLAB网页应用服务器.协作者使用浏览器访问并运行 weba

部署模拟生物模型
共享模拟MATLABWeb应用

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QSP模拟生物教程、PBPK和PK/PD建模分析

研究

药开发建模与模拟生物和MATLAB

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