我怎么BAM文件转换为山姆和人造石铺地面文件在featurecount GTF使用?

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MathWorks支万博1manbetx持团队 2017年10月24日

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https://ch.mathworks.com/matlabcentral/answers/374946-how-do-i-convert-a-bam-file-to-sam-and-gff-file-to-gtf-for-use-in-featurecount

回答: Fulden Buyukozturk 2022年6月7日

答:接受 MathWorks支万博1manbetx持团队

我想使用featurecount函数的生物信息学工具。但是看来,它只接受山姆和GTF文件。我的数据目前BAM和人造石铺地面文件,这是山姆和GTF几乎相同。

有什么方法可以把这些文件给featurecount直接或将他们使用生物信息学工具箱?做这个转换直接通过生物信息学工具箱会方便,这样我不需要事先手动做这项工作。

在回答这个问题。

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MathWorks支万博1manbetx持团队 2017年10月24日

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featurecount功能目前仅支持山姆和GTF文件。万博1manbetx唯一的解决方法是将你的文件转换成这些格式。

使用BioMap对象目前最直截了当的方式,将从山姆BAM使用生物信息学工具。

                             b = BioMap (“test.bam”);
                            
                             写(b,“test.sam”,“格式”,“山姆”)

直接转换从GFF3 GTF不可能没有一些简化假设,并且目前还没有办法使用生物信息学工具。自GFF2 GTF是相同的,你可以给featurecount直接GFF2文件的文件名。

如果你有一个第三方转换工具,你可以叫这个工具在MATLAB使用!字符,如这个例子。

                             如果存在(“test.sam”)~ = 2
                            
                             ! thirdpartyconversiontool测试。bam test.sam
                            
                             结束
                            
                             如果存在(“test.gtf”)~ = 2
                            
                             ! thirdpartyconversiontool测试。人造石铺地面test.gtf
                            
                             结束