bigimageDatastore

(不推荐)用于管理大图像数据块的数据存储

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的bigimageDatastore对象，不建议使用。使用blockedImageDatastore对象。有关更多信息，请参见兼容性的考虑．

描述

一个bigimageDatastore对象管理属于一个或多个图像块的集合bigimage对象。一个bigimageDatastore类似于imageDatastore，它管理一个不相关的图像集合。

创建

语法

bigds = bigimageDatastore(images)

bigds = bigimageDatastore(图像，级别)

bigds = bigimageDatastore(图像，级别，名称，值)

bigds = bigimageDatastore(images，'BlockLocationSet'， BlockLocationSet)

bigds = bigimageDatastore(图像，'BlockLocationSet'， BlockLocationSet，名称，值)

描述

创建读取整个映像块的数据存储

bigds = bigimageDatastore(images)创建一个数据存储，以一个或多个图像块的最佳分辨率级别管理图像块的集合bigimage对象,图片．

bigds = bigimageDatastore(图像，级别)创建一个管理一个或多个图像块集合的数据存储bigimage对象,图片，在指定的分辨率水平，水平．

例子

bigds = bigimageDatastore(图像，级别，名称,值）还使用名称-值对来设置一个或多个属性除了BlockLocationSet．可以指定多个名称-值对。将每个属性名用引号括起来。

例子:bigimageDatastore (bigimg 3“BlockSize”,(128 128),“IncompleteBlocks”、“垫”)创建一个数据存储，从大映像中读取分辨率为3级的128 × 128大小的块bigimg和零垫部分边块。

创建在指定位置读取块的数据存储

例子

bigds = bigimageDatastore(images，'BlockLocationSet'， BlockLocationSet)创建用于读取数据块的数据存储bigimage对象,图片参数指定的分辨率级别、块大小和块位置BlockLocationSet．

bigds = bigimageDatastore(images，'BlockLocationSet'， BlockLocationSet，名称,值）还使用名称-值对来设置一个或多个BorderSize，IncompleteBlocks，PadMethod,ReadSize属性。可以指定多个名称-值对。将每个属性名用引号括起来。

例子:bigimageDatastore (bigimg BlockLocationSet,劳工统计局,ReadSize, 4)创建一个数据存储，一次从大映像中读取四个块bigimg根据位置、块大小和分辨率等级所指定美国劳工统计局．

属性

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`BlockLocationSet`- - - - - -块位置
`blockLocationSet`对象

块位置，指定为blockLocationSet对象。

`BlockOffsets`- - - - - -块偏移量
1 × 2正整数向量

块偏移量，指定为形式为1 × 2的正整数向量[numrows numcols]．

默认值为BlockSize．的调用期间重叠块读，请指定较小的值。若要在块之间添加间隙，请指定一个较大的值。

`BlockSize`- - - - - -块大小
1 × 2正整数向量

读取数据的块大小，指定为1 × 2形式的正整数向量[numrows numcols]．缺省值为TheBlockSize中的第一个大图像的属性图片在第一个分辨率级别水平．

`BorderSize`- - - - - -边界大小
`[0 0]`(默认)|1 × 2非负整数向量

边框大小，指定为该形式的1 × 2非负整数向量(mn)．函数添加米每个块的上面和下面的行n每个块左右的列，其中包含来自相邻块的数据。对于位于图像边缘的块，数据将根据IncompleteBlocks．默认情况下，数据存储不为块添加边框。

`图片`- - - - - -大的图片
b的-元素向量`bigimage`对象

提供块的大图像bigimageDatastore，指定为b的-元素向量bigimage对象。要从相同的大图读取不同的分辨率级别，请在向量中多次指定相同的图像。

`IncompleteBlocks`- - - - - -方法来处理边缘块
`“相同”`(默认)|`“排除”`|`“垫”`

方法来处理小于BlockSize，指定为这些值之一。

价值	意义
`“相同”`	返回与边缘块大小相同的数据。
`“排除”`	不包括边缘块在调用`读`．
`“垫”`	将不完整的块填充为相同的大小`BlockSize`所指定的填充方法PadMethod．

`水平`- - - - - -分辨率水平
正整数|b-element正整数向量

从每个大图像中的块的分辨率级别图片，指定为正整数标量或b-element正整数向量。如果指定一个标量值，那么所有大映像都以相同的分辨率向数据存储提供块。

数据类型:双

`PadMethod`- - - - - -垫的方法
数字标量|字符串标量|`“复制”`|`“对称”`

不完整边缘块的填充方法，指定为这些值之一。默认情况下，数据存储使用0和分类块失踪．

价值	意义
数字标量	用常量元素填充数值数组。
字符串标量	类中的指定类填充类别数组类底层的属性`bigimage`．
`“复制”`	通过重复数组的边界元素来填充。
`“对称”`	带有自身镜像的衬垫阵列。

`ReadSize`- - - - - -要返回的块数
`1`(默认)|正整数

在每次调用中返回的块数读，指定为正整数。

对象的功能

`结合`	组合来自多个数据存储的数据
`countEachLabel`	(不推荐)每类像素标签的计数`bigimageDatastore`对象
`hasdata`	确定是否有数据可以读取
`numpartitions`	数据存储分区数
`分区`	(不推荐)分区`bigimageDatastore`
`预览`	预览数据存储中的数据子集
`读`	(不推荐)从`bigimageDatastore`
`readRelative`	(不推荐)读取相邻块`bigimageDatastore`使用相对位置
`重置`	将数据存储重置为初始状态
`洗牌`	Shuffle数据存储中的数据
`变换`	变换数据存储
`isPartitionable`	确定数据存储是否可分区
`isShuffleable`	确定数据存储是否可洗牌

例子

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创建大映像数据存储并指定块大小

打开实时脚本

创建一个bigimage使用CAMELYON16数据集中图像“tumor_091.tif”的修改版本。原始图像是包含肿瘤组织的淋巴结训练图像。原始图像有8个分辨率级别，最高分辨率为53760 × 61440。修改后的图像只有三个粗分辨率等级。修改后的图像的空间引用已经进行了调整，以强制保持一致的纵横比，并在每个级别上注册特征。

Bim = bigimage(“tumor_091R.tif”）;

控件的默认块大小bigimage在每个分辨率级别。块大小为2元素向量，形式为[numrows，numcols]。

T = table((1:3)'，bim。BlockSize,“VariableNames”, (“水平”“块大小”]);disp (t)

级别块大小_____ ____________ 1 1024 1024 2 1024 1024 3 1024 1024

显示bigimage通过使用bigimageshow函数。

bigimageshow (bim);

图中包含一个轴对象。axis对象包含一个bigimageshow类型的对象。

创建一个bigimageDatastore在分辨率级别1。指定非默认块大小。将数据存储设置为一次读取四个块。

bimds = bigimageDatastore(bim,2，“BlockSize”(512 512),“ReadSize”4)

bimds = bigimageDatastore with properties: ReadSize: 4 BorderSize: [0 0] PadMethod: 0 Images: [1x1 bigimage] Levels: 2 BlockSize: [512 512] blockoffset: [512 512] IncompleteBlocks: 'same' BlockLocationSet: [1x1 BlockLocationSet]

从数据存储中读取一批数据。注意，第三个块是部分边缘块，大小比内部块小。显示返回的图像补丁作为蒙太奇。蒙太奇显示的第三块具有较厚的边界，因为块的宽度小于完整块的宽度。

Blocks = read(bimds)

块=4×1单元格数组{512x512x3 uint8} {512x512x3 uint8} {512x316x3 uint8} {512x512x3 uint8}

蒙太奇(块,“大小”[1 bimds。ReadSize),“BorderSize”5,“写成BackgroundColor”，“k”）;

图中包含一个轴对象。axis对象包含一个image类型的对象。

从数据存储中读取下一批数据，并将返回的图像补丁显示为蒙太奇。蒙太奇显示部分块与较厚的边界，因为块的尺寸小于完整块的尺寸。

Blocks = read(bimds)

块=4×1单元格数组{512x512x3 uint8} {512x316x3 uint8} {226x512x3 uint8} {226x512x3 uint8}

蒙太奇(块,“大小”[1 bimds。ReadSize),“BorderSize”5,“写成BackgroundColor”，“k”）;

图中包含一个轴对象。axis对象包含一个image类型的对象。

从数据存储中读取最后一批数据。读取操作返回一个包含唯一剩余补丁的部分批处理。显示补丁。

Blocks = read(bimds)

块=1x1单元阵列{226 x316x3 uint8}

蒙太奇(块,“大小”[1 bimds。ReadSize),“BorderSize”5,“写成BackgroundColor”，“k”）;

图中包含一个轴对象。axis对象包含一个image类型的对象。

创建大映像数据存储并指定掩码

打开实时脚本

Bim = bigimage(“tumor_091R.tif”）;

显示bigimage通过使用bigimageshow函数。

H = bigimageshow(bim);

在最粗糙的分辨率级别创建掩码，保留原始的空间引用信息。

clevel = bim.CoarsestResolutionLevel;imcoarse = getFullLevel(bim,clevel);stainMask = ~ imbinalize (rgb2gray(imcoarse));bmask = bigimage(stainMask，“SpatialReferencing”bim.SpatialReferencing (clevel));

中要读取的块的位置bigimage通过使用selectBlockLocations函数。设置块大小为256 * 256像素。属性选择掩码所定义的ROI内至少有75%的块“InclusionThreshold”名称-值对参数。默认情况下,selectBlockLocations从大图的分辨率级别中选择块。

T = 0.75;blockSize = [256];blockSet = selectBlockLocations(bim，“BlockSize”blockSize,.．.“面具”bmask,“InclusionThreshold”t);

创建一个bigimageDatastore对象指定的位置一次读取四个块blockLocationSet．

bim = bigimageDatastore(bim，“BlockLocationSet”blockSet,“ReadSize”4);

若要预览数据存储正在读取哪些补丁，请在原始掩码上显示掩码bigimage使用相同的块大小和包含阈值。覆盖层用绿色突出显示了至少75%在蒙版定义的ROI内的补丁。

showmask (h, bmask“BlockSize”blockSize,“InclusionThreshold”, t)

从数据存储中读取第一批数据，并将返回的图像补丁显示为蒙太奇。这些补丁的内容与覆盖的绿色块相匹配。

Blocks = read(bimds);蒙太奇(块,“大小”[1 bimds。ReadSize),“BorderSize”5,“写成BackgroundColor”，“k”）;

从指定的块位置读取大图像块

打开脚本

Bim = bigimage(“tumor_091R.tif”）;

显示整个bigimage在最好的分辨率水平。

Bshow = bigimageshow(bim);

从最精细的级别指定四个[x y]块位置。前两个方块在垂直方向上重叠。后两个块水平相邻。

xyLocations = [.．.2800 1300;.．.2800 1400;.．.1500 2400;.．.1800 2400);blockSize = [300,300];

所有的方块都来自同一个图像。指定映像号为1对于所有的块。

imageNumber = [1 1 1 1]';

创建一个blockLocationSet对象，该对象存储块位置。

locationSet = blockLocationSet(imageNumber,xyLocations,blockSize);

创建一个bigimageDatastore从大图中读取块的对象荡妇的指定地点blockLocationSet对象。

bim = bigimageDatastore(bim，“BlockLocationSet”, locationSet);

一次从数据存储中读取两个块，并以蒙太奇的方式显示它们。

bimds。ReadSize = 2;而Hasdata (bimds) figure blocks = read(bimds);蒙太奇(块,“BorderSize”5,“写成BackgroundColor”，“b”）;结束

参考文献

[1]Bejnordi, Babak Ehteshami, Mitko Veta, Paul Johannes van Diest, Bram van Ginneken, Nico Karssemeijer, Geert Litjens, Jeroen A. W. M. van der Laak等，“深度学习算法用于检测乳腺癌女性淋巴结转移的诊断评估。”JAMA 318，不是。22(2017年12月12日):2199-2210。https://doi.org/10.1001/jama.2017.14585。

版本历史

R2019b引入

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R2021a:`bigimageDatastore`不建议使用

从R2021a开始，bigimageDatastore对象，该对象从bigimage对象，不再推荐使用。相反，使用blockedImageDatastore对象，该对象从blockedImage对象。的blockedImage对象提供了几个优点，包括对N-D处理的扩展、更简单的接口以及对读写非标准图像格式的自定义支持。万博1manbetx

代码更新

的所有实例bigimageDatastore对象。

不使用	建议更换
此示例创建一个`bigimageDatastore`对象。 Bim = bigimage(“tumor_091R.tif”）;bim = bigimageDatastore(bim);	这里是等价的代码，替换`bigimageDatastore`对象使用new`blockedImageDatastore`对象。 bim = blockedImage(“tumor_091R.tif”）;bimds = blockedImageDatastore(bim);

的blockedImageDatastore对象支持的属性万博1manbetx和函数与bigimageDatastore对象。例如，blockedImageDatastore对象不支持万博1manbetxBlockOffset而且IncompleteBlocks属性，并添加了对万博1manbetxTotalNumBlocks财产。的blockedImageDatastore对象不支持万博1manbetxreadRelative函数。

R2020b:的`面具`而且`InclusionThreshold`的属性`bigimageDatastore`不建议使用

从R2020b开始，面具而且InclusionThreshold的属性bigimageDatastore不再推荐。属性的输入参数为掩码和包含阈值selectBlockLocations函数。然后，指定结果blockLocationSet对象作为的输入bigimageDatastore．

的一些典型用法bigimageDatastore以及如何更新您的代码以使用selectBlockLocations．

不推荐	推荐
b = bigimageDatastore(bigimg,1，“面具”, m)	bls = selectBlockLocations(bigimg，“面具”, m);b = bigimageDatastore(bigimg，“BlockLocationSet”美国劳工统计局)
b = bigimageDatastore(bigimg,3，“面具”米,“InclusionThreshold”, t)	bls = selectBlockLocations(bigimg，“水平”3,.．.“面具”米,“InclusionThreshold”t);b = bigimageDatastore(bigimg，“BlockLocationSet”美国劳工统计局)

不推荐

另请参阅

blockedImage|selectBlockLocations|blockLocationSet

主题

外部网站

https://camelyon17.grand-challenge.org/Data/

bigimageDatastore

描述

创建

语法

描述

创建读取整个映像块的数据存储

创建在指定位置读取块的数据存储

属性

BlockLocationSet- - - - - -块位置blockLocationSet对象

BlockOffsets- - - - - -块偏移量1 × 2正整数向量

BlockSize- - - - - -块大小1 × 2正整数向量

BorderSize- - - - - -边界大小[0 0](默认)|1 × 2非负整数向量

图片- - - - - -大的图片b的-元素向量bigimage对象

IncompleteBlocks- - - - - -方法来处理边缘块“相同”(默认)|“排除”|“垫”

水平- - - - - -分辨率水平正整数|b-element正整数向量

PadMethod- - - - - -垫的方法数字标量|字符串标量|“复制”|“对称”

ReadSize- - - - - -要返回的块数1(默认)|正整数

对象的功能

例子

创建大映像数据存储并指定块大小

创建大映像数据存储并指定掩码

从指定的块位置读取大图像块

参考文献

版本历史

R2021a:bigimageDatastore不建议使用

R2020b:的面具而且InclusionThreshold的属性bigimageDatastore不建议使用

另请参阅

主题

外部网站

`BlockLocationSet`- - - - - -块位置
`blockLocationSet`对象

`BlockOffsets`- - - - - -块偏移量
1 × 2正整数向量

`BlockSize`- - - - - -块大小
1 × 2正整数向量

`BorderSize`- - - - - -边界大小
`[0 0]`(默认)|1 × 2非负整数向量

`图片`- - - - - -大的图片
b的-元素向量`bigimage`对象

`IncompleteBlocks`- - - - - -方法来处理边缘块
`“相同”`(默认)|`“排除”`|`“垫”`

`水平`- - - - - -分辨率水平
正整数|b-element正整数向量

`PadMethod`- - - - - -垫的方法
数字标量|字符串标量|`“复制”`|`“对称”`

`ReadSize`- - - - - -要返回的块数
`1`(默认)|正整数

R2021a:`bigimageDatastore`不建议使用

R2020b:的`面具`而且`InclusionThreshold`的属性`bigimageDatastore`不建议使用