有没有一个很好的教程,可以把一些MCMC代码合并到Simbiology的自定义任务中?
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Fulden Buyukozturk
2019年6月4日
嗨,安德鲁,
你可以在SimBiology中实现这个,或者一般的自定义分析,可以像你建议的那样在SimBiology桌面上创建一个自定义任务,也可以使用MATLAB脚本。我建议至少在一开始使用MATLAB脚本,因为它会更容易调试代码。
为此,您可以配置一个任务,然后在SimBiology中查看该任务背后的MATLAB/SimBiology代码。这可以作为自定义分析的起点。您可以通过单击任务编辑器上任何内置任务上的任务代码->查看任务代码来查看代码。请看下文。
例如,要运行一个简单的模拟,您可以直接通过MATLAB脚本运行的程序化工作流可能如下所示(您也可以运行这个示例,因为我使用的是一个已交付的项目):
%负荷模型来自SimBiology项目,称为antibacteralpkpd
项目= sbioloadproject(“AntibacterialPKPD”,“m1”);
Model = project.m1
获得模型仿真设置并设置停止时间为336
设置= getconfigset(模型);
设置。StopTime = 336;
从模型中获取给药时间表。
剂量= getdose(模型,“500毫克tid”)
%模拟剂量
Simdata = sbiosimulation(模型,设置,剂量);
绘制所有状态
sbioplot (simdata)
这有用吗?
Fulden