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AffyProbeAffinition

ComputeAffymetrix来自其序列和MM探针强度的探针亲和力

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句法

[[affinpm，，，，AffinMM] = affyprobeaffinities(SequenceMatrix，，，，mmintenthenty）
[[affinpm，，，，AffinMM，，，，基础] = affyprobeaffinities(SequenceMatrix，，，，mmintenthenty）
[[affinpm，，，，AffinMM，，，，基础，，，，统计] = affyprobeaffinities(SequenceMatrix，，，，mmintenthenty）
...= affyprobeaffinities(SequenceMatrix，，，，mmintenthenty，...“探针”，探针值，...））
...= affyprobeaffinities(SequenceMatrix，，，，mmintenthenty，...'Showplot'，Showplotvalue，...））

输入参数

SequenceMatrix

一个n-by-25序列信息的完美匹配（PM）探针的序列信息矩阵®转基因®数组，哪里nis the number of probes on the array. Each row corresponds to a probe, and each column corresponds to one of the 25 sequence positions. Nucleotides in the sequences are represented by one of the following integers:

  • 0- 没有任何

  • 1— A

  • 2— C

  • 3— G

  • 4- t

提示

您可以使用affyprobeseqreadfunction to generate this matrix. If you have this sequence information in letter representation, you can convert it to integer representation using thent2int功能。
mmintenthenty

Column vector containing mismatch (MM) probe intensities from a CEL file, generated from a single Affymetrix GeneChip array. Each row corresponds to a probe.

提示

您可以从mmintensenties矩阵由celintsentensRead功能。
探针值

包含探针索引信息的列向量。探针集中的探针编号为0n- 1, wherenis the number of probes in the probe set.

提示

您可以使用affyprobeseqread生成此列向量的功能。
Showplotvalue

控制25个序列位置中每个碱基的每个碱基（a，c，g和t）的亲和力值的显示，以示出Affymetrix Genechip Array上的所有探针。选择是trueor错误的（默认）。

输出参数

affinpm

根据其探针序列和MM探针强度计算的PM探针亲和力的列矢量。
AffinMM

Column vector of MM probe affinities, computed from their probe sequences and MM probe intensities.
基础

4-by-4 matrix containing the four parameters for a polynomial of degree 3, for each base, A, C, G, and T. Each row corresponds to a base, and each column corresponds to a parameter. These values are estimated from the probe sequences and intensities, and represent all probes on an Affymetrix GeneChip array.
统计

行矢量包含以下顺序包含四个统计信息：

  • R-square statistic

  • f统计

  • p-value

  • Error variance

Description

[[affinpm，，，，AffinMM] = affyprobeaffinities(SequenceMatrix，，，，mmintenthenty）从其探针序列和MM探针强度计算得出的PM探针亲和力和MM探针亲和力的列矢量的列矢量。每一行affinpmandAffinMMcorresponds to a probe. NaN is returned for probes with no sequence information. Each probe affinity is the sum of position-dependent base affinities. For a given base type, the positional effect is modeled as a polynomial of degree 3.

[[affinpm，，，，AffinMM，，，，基础] = affyprobeaffinities(SequenceMatrix，，，，mmintenthenty）还使用多个线性回归估算亲和力系数。它返回基础，一个4 x-4矩阵，该矩阵包含每个碱基，A，C，G和T的多项式的四个参数。每一行都对应于一个基数，每个列对应于一个参数。这些值是从探针序列和强度估算的，并表示Affymetrix Genechip阵列上的所有探针。

[[affinpm，，，，AffinMM，，，，基础，，，，统计] = affyprobeaffinities(SequenceMatrix，，，，mmintenthenty）也返回统计，按以下顺序包含四个统计数据的行矢量：

  • R-square statistic

  • f统计

  • p-value

  • Error variance

...= affyprobeaffinities(SequenceMatrix，，，，mmintenthenty，...'属性名称'，，适当的价值，...））呼叫AffyProbeAffinitionwith optional properties that use property name/property value pairs. You can specify one or more properties in any order. Each属性名称必须以单引号标记封闭，并且不敏感。这些属性名称/属性值对如下：

...= affyprobeaffinities(SequenceMatrix，，，，mmintenthenty，...“探针”，探针值，...））使用探针指数将探针强度的中位数归一化。

提示

Use of theProbeIndices仅当您的mmintenthentydata are not from a nonspecific binding experiment.

...= affyprobeaffinities(SequenceMatrix，，，，mmintenthenty，...'Showplot'，Showplotvalue，...））控制探针亲和力基谱的图的显示。选择是trueor错误的（默认）。

Examples

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Open Live Script

此示例显示了如何通过其序列和MM探针强度来计算Affymetrix PM和MM探针亲和力。

Load the MAT-file, included with the Bioinformatics Toolbox™ software, that contains Affymetrix data from a prostate cancer study. The variables in the MAT-file includeseqmatrix，，，，a matrix containing sequence information for PM probes,mmmatrix，包含MM探针强度值的矩阵，并且probeIndices索引,一个列向量包含调查通知ation.

加载prostatecancerrawdata

从其序列和MM探针强度计算Affymetrix PM和MM探针亲和力，并针对25个序列位置中的每一个绘制四个碱基（a，c，g和t）的亲和力值（a，c，g和t）Affymetrix Genechip阵列。

[apm，amm] = affyprobeaffinities（seqmatrix，mmmatrix（：，1），...'ProbeIndices'，探针，“ Showplot”， 真的）;

Figure contains an axes object. The axes object with title Position-dependent Affinity Base Profile contains 100 objects of type text.

此示例中使用的ProstateCancerrawdata.mat文件包含Best等人，2005年的数据。

References

[[1] Naef, F., and Magnasco, M.O. (2003). Solving the Riddle of the Bright Mismatches: Labeling and Effective Binding in Oligonucleotide Arrays. Physical Review E68，011906。

[[2] Wu, Z., Irizarry, R.A., Gentleman, R., Murillo, F.M. and Spencer, F. (2004). A Model Based Background Adjustment for Oligonucleotide Expression Arrays. Journal of the American Statistical Association99（468），，，，909–917.

[3] Best，C.J.M.，Gillespie，J.W.，Yi，Y.，Chandramouli，G.V.R。，Perlmutter，M.A.，Gathright，Y.，Erickson，H.S.，Georgevich，L.，Velasco，A.，Linehan，W.M.，Matusik，R.J.，Price，D.K.，Figg，W.D.，Emmert-Buck，M.R。和Chuaqui，R.F。（2005）。雄激素消融疗法后原发性前列腺癌的分子改变。临床癌症研究11，6823–6834。

版本历史记录

在R2007A中引入

也可以看看

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