affyrma

执行有力Multi-array平均(RMA)过程Affymetrix微阵列probe-level数据

语法

表达式= affyrma (CELFiles,CDFFile) 表达式= affyrma (ProbeStructure) 表达式= affyrma (CELFiles,CDFFile……“CELPath”,CELPathValue,……) 表达式= affyrma (CELFiles,CDFFile……“CDFPath”,CDFPathValue,……) 表达式= affyrma (…“方法”,MethodValue,……) 表达式= affyrma (…“截断”,TruncateValue,……) 表达式= affyrma (…“中值”,MedianValue,……) 表达式= affyrma (…“输出”,OutputValue,……) 表达式= affyrma (…“Showplot”,ShowplotValue,……) 表达式= affyrma (…“详细”,VerboseValue,……)

输入参数

`CELFiles`	有下列: 特征向量或字符串指定一个玻璃纸文件名。 `‘’`文件,读取所有移动电话在当前文件夹。 `' '`,打开选择玻璃纸文件从你选择玻璃纸文件对话框。从这个对话框,你可以按住Ctrl*或转变当点击选择多个移动电话文件。单元阵列特征向量包含玻璃纸文件名或字符串向量。
`CDFFile`	下面的: 特征向量或字符串指定提供文件名。 `' '`,您选择的选择提供文件对话框提供文件。
`ProbeStructure`	MATLAB^®结构包含来自移动电话的信息文件,包括探针强度,调查指标,和探针组id,返回的`celintensityread`函数。
`CELPathValue`	特征向量或字符串指定路径和文件夹中指定的文件`CELFiles`存储。
`CDFPathValue`	特征向量或字符串指定路径中指定的文件和文件夹`CDFFile`存储。
`MethodValue`	指定背景调整模型参数的估计方法。的选择是`“RMA”`(使用评估方法所描述的Bolstad 2005)或`“初速”`(使用最大似然估计的参数)。默认是`“RMA”`。
`TruncateValue`	指定背景噪声模型。的选择是`真正的`(使用一个截断高斯分布)或`假`(用nontruncated高斯分布)。默认是`真正的`。
`MedianValue`	指定使用的排名值的中值代替均值归一化。的选择是`真正的`或`假`(默认)。
`OutputValue`	指定返回的基因表达值的规模。的选择是: `“日志”` `“log2”` `“log10”` `“线性”` `@functionname` 在过去的实例,数据转换为定义的函数`functionname`。默认是`“log2”`。
`ShowplotValue`	控件的绘制直方图显示点的分布调查强度值(蓝色)和复杂的概率分布函数(红色),估计参数μ、σ和α。输入或`“所有”`(画一个柱状图每一列或芯片)或指定列的一个子集(芯片)进入列号,数字列表,或范围的数字。例如: `(…”,Showplot', 3, ...)`在第三列块强度值。 `(…”,Showplot', [3,5,7], ...)`块强度值列3、5和7。 `(…”,Showplot', 3:9, ...)`3至9块强度值列。
`VerboseValue`	控件的显示读取的文件的状态和RMA处理。的选择是`真正的`(默认)或`假`。

输出参数

表达式

DataMatrix对象包含日志₂基于基因表达值,背景调整,规范化,并总结了使用健壮Multi-array平均(RMA)过程。

在每一行表达式对应于一个基因(探针),每一列对应一个Affymetrix^®玻璃纸文件。

描述

表达式= affyrma (CELFiles,CDFFile)读取指定Affymetrix玻璃纸文件和相关的CDF实验组的库文件(从Affymetrix创建GeneChip^®数组表达或基因分型检测)、流程调查使用RMA背景强度值调整,分位数正常化,和总结过程,然后返回表达式,一个DataMatrix对象包含日志₂在一个矩阵,基于基因表达值调查id设置为行名称和列名的玻璃纸文件名。请注意,每一行表达式对应于一个基因(探针),每一列对应一个Affymetrix玻璃纸文件。(每个玻璃纸文件生成一个单独的芯片。所有芯片应该是相同类型的。)

CELFiles是一个特征向量,字符串,字符串向量,或单元阵列特征向量包含玻璃纸文件名。CDFFile是一个特征向量或字符串指定提供文件名。如果你设置CELFiles来‘*’,那么它读取所有文件移动电话在当前文件夹。如果你设置CELFiles来' '文件,然后打开选择移动电话从你选择玻璃纸文件对话框。

请注意

有关阅读的文件和RMA处理,明白了celintensityread,rmabackadj,quantilenorm,rmasummary。

表达式= affyrma (ProbeStructure)使用RMA背景调整、分位数正常化和总结过程处理探针强度值ProbeStructure从玻璃纸,MATLAB结构包含的信息文件,包括探针强度、调查指标,和探针组id,返回的celintensityread函数,并返回表达式。

表达式= affyrma (…”,PropertyName”,PropertyValue,……)调用affyrma与使用属性名可选属性/属性值对。您可以指定一个或多个属性在任何顺序。每一个PropertyName必须包含在单引号,不分大小写。这些属性名称/属性值对如下:

表达式= affyrma (CELFiles,CDFFile……“CELPath”,CELPathValue,……)指定一个指定的文件的路径和文件夹CELFiles存储。

表达式= affyrma (CELFiles,CDFFile……“CDFPath”,CDFPathValue,……)指定一个指定的文件的路径和文件夹CDFFile存储。

表达式= affyrma (…“方法”,MethodValue,……)指定背景调整模型参数的估计方法。当MethodValue是“RMA”,affyrma实现了描述的估算方法Bolstad 2005。当MethodValue是“初速”,affyrma使用最大似然估计的参数。默认是“RMA”。

表达式= affyrma (…“截断”,TruncateValue,……)指定使用的背景噪声模型。当TruncateValue是假,affyrma使用nontruncated高斯背景噪声模型。默认是真正的。

表达式= affyrma (…“中值”,MedianValue,……)指定使用的排名值的中值代替均值归一化。的选择是真正的或假(默认)。

表达式= affyrma (…“输出”,OutputValue,……)指定返回的基因表达值的规模。OutputValue可以是:

“日志”
“log2”
“log10”
“线性”
@functionname

在过去的实例,数据转换为定义的函数functionname。默认是“log2”。

表达式= affyrma (…“Showplot”,ShowplotValue,……)让你画一个柱状图显示分布的点探测强度值(蓝色)和复杂的概率分布函数(红色),估计参数μ、σ和α。当ShowplotValue是“所有”,rmabackadj块的直方图每一列或芯片。当ShowplotValue是一个数字,数字列表,或范围的数字,rmabackadj块的直方图显示列号(芯片)。

例如:

(…”,Showplot', 3,...)在第三列块强度值。
(…”,Showplot', [3,5,7],...)块强度值列3、5和7。
(…”,Showplot', 3:9,...)3至9块强度值列。

表达式= affyrma (…“详细”,VerboseValue,……)控件的显示读取的文件的状态和RMA处理。的选择是真正的(默认)或假。

例子

下面的示例假设您有HG_U95Av2.CDF库文件存储在D: \ Affymetrix \ LibFiles \ HGGenome,当前文件夹点位置包含玻璃纸与此CDF实验组的库文件相关的文件。在这个例子中,affyrma函数读取当前文件夹中的所有移动电话文件并提供文件在指定的文件夹中。它也执行RMA背景调整,分位数正常化,和总结过程点探测强度值,并返回一个DataMatrix对象,包含元数据和处理数据。

表达= affyrma (‘*’、‘HG_U95Av2.CDF’,……“CDFPath”、“D: \ Affymetrix \ LibFiles \ HGGenome”);

引用

[1]伊,R.A.霍布斯,B。,Collin, F., Beazer-Barclay, Y.D., Antonellis, K.J., Scherf, U., Speed, T.P. (2003). Exploration, Normalization, and Summaries of High Density Oligonucleotide Array Probe Level Data. Biostatistics.4,249 - 264。

[2]Mosteller F。,Tukey, J. (1977). Data Analysis and Regression (Reading, Massachusetts: Addison-Wesley Publishing Company), pp. 165–202.

[3]最好,C.J.M.,Gillespie, J.W., Yi, Y., Chandramouli, G.V.R., Perlmutter, M.A., Gathright, Y., Erickson, H.S., Georgevich, L., Tangrea, M.A., Duray, P.H., Gonzalez, S., Velasco, A., Linehan, W.M., Matusik, R.J., Price, D.K., Figg, W.D., Emmert-Buck, M.R., and Chuaqui, R.F. (2005). Molecular alterations in primary prostate cancer after androgen ablation therapy. Clinical Cancer Research11,6823 - 6834。

[4]Bolstad, b (2005)。“affy:内置的处理方法”https://www.bioconductor.org/packages/2.1/bioc/vignettes/affy/本月/ doc / builtinMethods.pdf

版本历史

介绍了R2008b

另请参阅