rmabackadj
执行背景调整Affymetrix微阵列使用健壮的Multi-array probe-level数据平均(RMA)过程
语法
BackAdjustedMatrix= rmabackadj (PMData)BackAdjustedMatrix= rmabackadj (…“方法”,MethodValue,……)BackAdjustedMatrix= rmabackadj (…“截断”,TruncateValue,……)BackAdjustedMatrix= rmabackadj (…“Showplot”,ShowplotValue,……)
输入参数
PMData |
强度值矩阵的每一行对应一个完美匹配(PM)调查,每一列对应一个Affymetrix®玻璃纸文件。(每个玻璃纸文件生成一个单独的芯片。所有芯片应该是相同类型的。) |
MethodValue |
指定背景调整模型参数的估计方法。输入或 |
TruncateValue |
指定背景噪声模型。输入或 |
ShowplotValue |
控件的绘制直方图显示点的分布调查强度值(蓝色)和复杂的概率分布函数(红色),估计参数μ、σ和α。输入或 |
输出参数
BackAdjustedMatrix |
矩阵background-adjusted探针强度值。 |
描述
BackAdjustedMatrix= rmabackadj (PMData)PMData。请注意,每一行PMData对应于一个完美的匹配(PM)探测器和每一列PMData对应于一个Affymetrix玻璃纸文件。(每个玻璃纸文件生成一个单独的芯片。所有芯片应该是相同类型的。)细节描述的背景调整Bolstad 2005。
BackAdjustedMatrix= rmabackadj (…”,PropertyName”,PropertyValue,……)rmabackadj与使用属性名可选属性/属性值对。您可以指定一个或多个属性在任何顺序。每一个PropertyName必须包含在单引号,不分大小写。这些属性名称/属性值对如下:
BackAdjustedMatrix= rmabackadj (…“方法”,MethodValue,……)MethodValue是“RMA”,rmabackadj实现了描述的估算方法Bolstad 2005。当MethodValue是“初速”,rmabackadj使用最大似然估计的参数。默认是“RMA”。
BackAdjustedMatrix= rmabackadj (…“截断”,TruncateValue,……)TruncateValue是假,rmabackadj使用nontruncated高斯背景噪声模型。默认是真正的。
BackAdjustedMatrix= rmabackadj (…“Showplot”,ShowplotValue,……)ShowplotValue是“所有”,rmabackadj块的直方图每一列或芯片。当ShowplotValue是一个数字,数字列表,或范围的数字,rmabackadj块的直方图显示列号(芯片)。
例如:
(…”,Showplot', 3,...)在列3块强度值PMData。(…”,Showplot', [3,5,7],...)块强度值列3、5和7PMData。(…”,Showplot', 3:9,...)情节的强度值列3 - 9PMData。
例子
加载一个MAT-file,包括生物信息学工具箱™软件,其中包含Affymetrix probe-level数据,包括
pmMatrix点的矩阵探头从多个移动电话文件强度值。负载prostatecancerrawdata对点执行背景调整探针强度值矩阵,
pmMatrix,创建一个新的矩阵,BackgroundAdjustedMatrix。BackgroundAdjustedMatrix = rmabackadj (pmMatrix);
对点执行背景调整探针强度值只有第三列的矩阵,
pmMatrix,创建一个新的矩阵,BackgroundAdjustedChip3。BackgroundAdjustedChip3 = rmabackadj (pmMatrix (:, 3));
的prostatecancerrawdata.mat文件前面的示例中使用包含的数据最好et al ., 2005。
引用
[1]伊,R.A.霍布斯,B。,Collin, F., Beazer-Barclay, Y.D., Antonellis, K.J., Scherf, U., Speed, T.P. (2003). Exploration, Normalization, and Summaries of High Density Oligonucleotide Array Probe Level Data. Biostatistics4,249 - 264。
[2]Bolstad, b (2005)。“affy:内置的处理方法”https://www.bioconductor.org/packages/2.1/bioc/vignettes/affy/本月/ doc / builtinMethods.pdf
[3]最好,C.J.M.,Gillespie, J.W., Yi, Y., Chandramouli, G.V.R., Perlmutter, M.A., Gathright, Y., Erickson, H.S., Georgevich, L., Tangrea, M.A., Duray, P.H., Gonzalez, S., Velasco, A., Linehan, W.M., Matusik, R.J., Price, D.K., Figg, W.D., Emmert-Buck, M.R., and Chuaqui, R.F. (2005). Molecular alterations in primary prostate cancer after androgen ablation therapy. Clinical Cancer Research11,6823 - 6834。
