cghfreqplot

显示频率的DNA拷贝数改变跨越多个样本

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FreqStruct= cghfreqplot (CGHData） FreqStruct= cghfreqplot (CGHData……“阈值”,ThresholdValue,……) FreqStruct= cghfreqplot (CGHData,“组”,GroupValue,……) FreqStruct= cghfreqplot (CGHData……“Subgrp”,SubgrpValue,……) FreqStruct= cghfreqplot (CGHData……“次要情节”,SubplotValue,……) FreqStruct= cghfreqplot (CGHData……“截止”,CutoffValue,……) FreqStruct= cghfreqplot (CGHData……“染色体”,ChromosomeValue,……) FreqStruct= cghfreqplot (CGHData……“IncludeX”,IncludeXValue,……) FreqStruct= cghfreqplot (CGHData……“IncludeY”,IncludeYValue,……) FreqStruct= cghfreqplot (CGHData……“Chrominfo”,ChrominfoValue,……) FreqStruct= cghfreqplot (CGHData……“ShowCentr”,ShowCentrValue,……) FreqStruct= cghfreqplot (CGHData,“颜色”,ColorValue,……) FreqStruct= cghfreqplot (CGHData……“YLim”,YLimValue,……) FreqStruct= cghfreqplot (CGHData,“标题”,TitlesValue,……)

输入参数

`CGHData`	基于阵列的比较基因组杂交(aCGH)数据有以下两种形式: 具有以下字段的结构: `样本`-包含样本名称的字符向量或字符串向量的单元格数组(可选)。 `染色体`-包含克隆所在染色体号的向量。 `GenomicPosition`-包含克隆映射到的基因组位置(以bp, kb或mb为单位)的向量。 `Log2Ratio`-包含日志的矩阵₂每个克隆的测试信号强度与参考信号强度之比。每一行对应一个克隆，每列对应一个样本。矩阵，每一行对应一个克隆。第一列包含染色体编号，第二列包含基因组位置，其余每一列都包含日志₂样品的测试信号强度与参考信号强度之比。
`ThresholdValue`	指定增益/损耗阈值的正标量或向量。一个克隆如果它的日志被认为是一个增益₂比率高于`ThresholdValue`如果是日志，则为损失₂比率低于负值`ThresholdValue`．的`ThresholdValue`应用如下: 如果为正标量，则为所有样本的增益和损失阈值。如果是一个双元素向量，第一个元素是所有样本的增益阈值，第二个元素是所有样本的损失阈值。如果一个向量的长度与样本数量相同，则将该向量中的每个元素视为每个样本的唯一增益和损耗阈值。默认是`０．２５`．
`GroupValue`	指定要从中计算频率的样本组。的选择是: 样本列索引的向量(用于只有一组的数据)。在向量中指定的样本被认为是一组。样本列索引向量的单元格数组(用于划分为多个组的数据)。单元格数组中的每个元素都被认为是一个组。默认是所有样本的一个组`CGHData`．
`SubgrpValue`	按子组控制样品的分析。的选择是`真正的`(默认)或`假`．
`SubplotValue`	当分析多个子组时，控制在一个图窗口中显示所有图。的选择是`真正的`(默认)或`假`(在单独的窗口中显示绘图)。
`CutoffValue`	标量或双元素数字向量，指定一个截止点，该截止点仅控制频率增益或损耗大于或等于的克隆的绘图`CutoffValue`．如果是两个元素的向量，第一个元素是收益的截止点，第二个元素是损失的截止点。默认是`0`．
`ChromosomeValue`	单个染色体数或染色体数的向量，它指定要显示其频率图的染色体。默认是所有染色体都在`CGHData`．
`IncludeXValue`	控制X染色体在分析中的包含。的选择是`真正的`(默认)或`假`．
`IncludeYValue`	控制在分析中包含Y染色体。的选择是`真正的`或`假`(默认)。
`ChrominfoValue`	由下列任何一种指定的细胞遗传学带信息: 方法返回的`cytobandread`函数指定NCBI表意文字文件或UCSC Genome Browser细胞带文本文件的文件名的字符向量或字符串默认是智人细胞遗传学带信息来自UCSC基因组浏览器，NCBI Build 36.1 (`https://genome.UCSC.edu`）.
`ShowCentrValue`	控制着丝点位置在频率图中显示为垂直虚线。的选择是`真正的`(默认)或`假`．提示着丝粒位置由`ChrominfoValue`．
`ColorValue`	图中竖线的配色方案，表示收益和损失的频率，由下列任意一种表示: 返回颜色映射的函数的名称或句柄包含RGB值的m × 3矩阵。如果M等于1，那么用同一种颜色表示所有的得失。如果M等于2或更多，那么第一行用于收益，第二行用于损失，其余行被忽略。例如,`[0 1 0;1 0 0]`指定绿色为增益，红色为损耗。默认配色方案是一个从纯绿色(增益= 1)到黄色(0)到纯红色(损失= -1)的颜色范围。
`YLimValue`	指明垂直轴上的最小值和最大值的双元素向量。默认是`[1]`．
`TitlesValue`	字符向量、字符串、字符串向量或字符向量的单元格数组，用于指定添加到绘图顶部的组的标题。

输出参数

FreqStruct

结构，在以下字段中包含频率数据:

集团-结构数组，每个结构代表一组样本。每个结构包含以下字段:
- 样本-包含组内样本名称的单元格数组。
- GainFrequency-包含一组样本的每个克隆的平均增益的列向量。
- LossFrequency-包含一组样本中每个克隆的平均损失的列向量。
染色体-包含克隆所在染色体号的列向量。
GenomicPosition-包含克隆基因组位置的列向量。

提示

的输入cghfreqplot函数。

描述

FreqStruct= cghfreqplot (CGHData）显示阵列上每个克隆的多个样本拷贝数增加或减少的频率，与它们在染色体上的基因组位置相对比。

FreqStruct= cghfreqplot (CGHData,……”PropertyName'，PropertyValue,……)调用cghfreqplot使用属性名/属性值对的可选属性。可以以任意顺序指定一个或多个属性。每一个PropertyName必须用单引号括起来，不区分大小写。这些属性名/属性值对如下:

FreqStruct= cghfreqplot (CGHData……“阈值”,ThresholdValue,……)增益/损耗阈值。一个克隆如果它的日志被认为是一个增益₂比率高于ThresholdValue如果是日志，则为损失₂比率低于负值ThresholdValue．

的ThresholdValue应用如下:

如果为正标量，则为所有样本的增益和损失阈值。
如果是一个双元素向量，第一个元素是所有样本的增益阈值，第二个元素是所有样本的损失阈值。
如果一个向量的长度与样本数量相同，则将该向量中的每个元素视为每个样本的唯一增益和损耗阈值。

默认是０．２５．

FreqStruct= cghfreqplot (CGHData,“组”,GroupValue,……)指定要从中计算频率的样本组。的选择是:

样本列索引的向量(用于只有一组的数据)。在向量中指定的样本被认为是一组。
样本列索引向量的单元格数组(用于划分为多个组的数据)。单元格数组中的每个元素都被认为是一个组。

默认是所有样本的一个组CGHData．

FreqStruct= cghfreqplot (CGHData……“Subgrp”,SubgrpValue,……)按子组控制样品的分析。的选择是真正的(默认)或假．

FreqStruct= cghfreqplot (CGHData……“次要情节”,SubplotValue,……)当分析多个子组时，控制在一个图窗口中显示所有图。的选择是真正的(默认)或假(在单独的窗口中显示绘图)。

FreqStruct= cghfreqplot (CGHData……“截止”,CutoffValue,……)指定一个截止值，该值仅控制频率增益或损耗大于或等于的克隆的绘图CutoffValue．CutoffValue标量或双元素数值向量。如果是两个元素的数字向量，第一个元素是增益的截止点，第二个元素是损失的截止点。默认是0．

FreqStruct= cghfreqplot (CGHData……“染色体”,ChromosomeValue,……)仅显示指定的染色体的频率图ChromosomeValue，它可以是单个染色体数，也可以是染色体数的向量。默认是所有染色体都在CGHData．

FreqStruct= cghfreqplot (CGHData……“IncludeX”,IncludeXValue,……)控制着X染色体在分析中的包含。的选择是真正的(默认)或假．

FreqStruct= cghfreqplot (CGHData……“IncludeY”,IncludeYValue,……)控制了Y染色体在分析中的包含。的选择是真正的或假(默认)。

FreqStruct= cghfreqplot (CGHData……“Chrominfo”,ChrominfoValue,……)指定染色体的细胞遗传学带信息。ChrominfoValue可能是以下任何一种

方法返回的cytobandread函数
指定NCBI表意文字文件或UCSC Genome Browser细胞带文本文件的文件名的字符向量或字符串

默认是智人细胞遗传学带信息来自UCSC基因组浏览器，NCBI Build 36.1 (https://genome.UCSC.edu）.

提示

您可以从NCBI或UCSC基因组浏览器ftp站点下载包含细胞遗传学g带数据的文件。例如，你可以下载细胞遗传学的带数据智人来自:

ftp://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg18/database/cytoBandIdeo.txt.gz

FreqStruct= cghfreqplot (CGHData……“ShowCentr”,ShowCentrValue,……)控制着丝点位置在频率图中显示为垂直虚线。的选择是真正的(默认)或假．

提示

着丝粒位置由ChrominfoValue．

FreqStruct= cghfreqplot (CGHData,“颜色”,ColorValue,……)为图中的垂直线指定配色方案，指示增益和损失的频率。的选择是:

返回颜色映射的函数的名称或句柄。
包含RGB值的m × 3矩阵。如果M等于1，那么用同一种颜色表示所有的得失。如果M等于2或更多，那么第一行用于收益，第二行用于损失，其余行被忽略。例如,[0 1 0;1 0 0]指定绿色为增益，红色为损耗。

默认配色方案是一个从纯绿色(增益= 1)到黄色(0)到纯红色(损失= -1)的颜色范围。

FreqStruct= cghfreqplot (CGHData……“YLim”,YLimValue,……)指定频率图的y垂直极限。YLimValue是一个双元素向量，指定垂直轴上的最小值和最大值。默认是[1]．

FreqStruct= cghfreqplot (CGHData,“标题”,TitlesValue,……)指定组的标题，这些标题被添加到图的顶部。TitlesValue可以是字符向量、字符串、字符串向量或字符向量的单元格数组。

例子

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显示来自多个样本的拷贝数更改的频率

打开实时脚本

绘制来自科里埃尔细胞系研究的数据

加载来自科里埃尔细胞系研究的阵列CGH (aCGH)数据(Snijders, A. et al.， 2001)。

负载coriell_baccgh

显示所有样本拷贝数变化的频率图。

Struct = cghfreqplot(coriell_data);

查看有关数据、染色体和着丝粒的数据提示。首先点击数据指针按钮，然后单击黑色染色体边界线，或图中虚线的着丝粒线。若要删除此数据提示，请右键单击它，然后选择删除当前数据提示．

，显示显示增益或损失程度的颜色条插入Colorbar按钮。

绘制胰腺癌研究的数据图

载入胰腺癌研究的aCGH数据(Aguirre, a .等，2004)。

负载pancrea_oligocgh

使用绿色和红色配色方案显示所有样本拷贝数变化的频率图。

cghfreqplot (pancrea_data“颜色”， [0 10 0;1 0 0])

绘制aCGH数据组

定义两组数据。

Grp1 = strncmp(“PA.C”pancrea_data.Sample 4);Grp1_ind = find(grp1);Grp2 = strncmp(“爸爸。T 'pancrea_data.Sample 4);Grp2_ind = find(grp2);

显示两组中所有样本拷贝数变化的频率图，并限制绘制频率增益或损失大于或等于0.25的克隆。

SP = cghfreqplot(胰量数据，“集团”， {grp1_ind, grp2_ind}，.．.“标题”,{“氯”，“PT”}，“截止”, 0.25);

显示第一组中所有样本拷贝数变化的频率图，并将该图仅限制在4号染色体上。

SP = cghfreqplot(胰量数据，“集团”grp1_ind,.．.“标题”，“4号Chr上的CL组”，“染色体”4);

使用chromosomeplot函数“addtoplot”选择将智人染色体4的表意文字添加到频率图中。因为胰腺癌研究的频率数据的图是以kb为单位的，所以使用“单位”选项将表意文字数据转换为KB单位。

Fh = gcf;currentAxes = f . currentAxes;chromosomeplot (“hs_cytoBand.txt”4“addtoplot”currentAxes,“单位”2);

参考文献

[1] Snijders, a.m.， Nowak, N.， Segraves, R.， Blackwood, S.， Brown, N.， Conroy, J.， Hamilton, G.， Hindle, a.k.， Huey, B.， Kimura, K.， Law, S.， Myambo, K.， Palmer, J.， Ylstra, B.， Yue, J.P, Gray, j.w.， Jain, A.N.， Pinkel, D.，和Albertson, D.G.(2001)。组装用于全基因组测量DNA拷贝数的微阵列。自然遗传学29, 263 - 264。

[2]阿吉雷，a.j.，布伦南，C.，贝利，G.，辛哈，R.，冯，B.，里奥，C.，张，Y.，张，J.，甘斯，j.d.，巴迪斯，N.，考维尔斯，C.， Cordon-Cardo, C.，雷德斯顿，m.s.，德平尼奥，R.A，和Chin, L.(2004)。胰腺癌基因组的高分辨率表征。PNAS101年,24, 9067 - 9072。

版本历史

在R2008a中介绍

另请参阅

cghcbs|chromosomeplot|cytobandread