基因变异分析

发现、分析和可视化遗传变异，如拷贝数变异(CNVs)和单核苷酸多态性(SNPs)

功能

`cghcbs`	对基于序列的比较基因组杂交(aCGH)数据进行圆形二值分割(CBS)
`cghfreqplot`	显示多样本DNA拷贝数变化的频率
`chromosomeplot`	用g带模式绘制染色体表意图

`gcrma`	对GCRMA进行背景调整、分位数归一化和中-波兰总结Affymetrix微阵列probe-level数据
`gcrmabackadj`	执行GC鲁棒多阵列平均(GCRMA)背景调整Affymetrix使用序列信息的微阵列探针级数据
`垫`	进行两样本t检验，评估两种实验条件或表型的基因表达差异
`mafdr`	估计多重假设检验的正误发现率
`mavolcanoplot`	创建微阵列数据的显著性与基因表达率(fold change)散点图
`mairplot`	创建微阵列数据的强度与比率散点图
`maboxplot`	为微阵列数据创建箱形图
`maloglog`	创建微阵列数据的loglog图
`mapcaplot`	创建微阵列数据的主成分分析(PCA)图
`nbintest`	非配对假设检验计数数据与小样本大小

`DataMatrix`	创建DataMatrix对象
`DataMatrix对象`	封装来自微阵列实验的数据和元数据的数据结构，以便它能被基因或探针标识符和样本标识符索引
`NegativeBinomialTest`	非配对假设检验结果

在全基因组基于序列的比较基因组杂交(CGH)数据中检测DNA拷贝数的变化。

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通过预处理和分析来自Affymetrix®GeneChip®Human Mapping 100k阵列的数据，研究DNA拷贝数变异。

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