主要内容

表达分析

识别、可视化和分类差异表达基因和表达谱

功能

垫 执行双样本t检验来评估来自两种实验条件或表型的基因的差异表达
mafdr 估计多假设检验的阳性错误发现率
mavolcanoplot 创建微阵列数据的显著性与基因表达比(折叠变化)散点图
mairplot 创建微阵列数据的强度与比率散点图
maboxplot 为微阵列数据创建盒状图
maloglog 创建微阵列数据的对数图
mapcaplot 创建微阵列数据的主成分分析(PCA)图
nbintest 小样本量计数数据的不配对假设检验
redbluecmap 创建红色和蓝色配色图
redgreencmap 创建红色和绿色配色图
probesetplot 情节Affymetrix探头设置强度值
metafeatures 基于互信息学习的特征工程吸引子元基因算法
rankfeatures 根据类可分离性标准对关键特征进行排名
randfeatures 生成特征的随机子集
knnimpute 用最近邻方法计算缺失数据
crossvalind 为训练和测试集生成索引
classperf 评估分类器性能

类

DataMatrix 创建DataMatrix对象
DataMatrix对象 封装微阵列实验数据和元数据的数据结构，可根据基因或探针标识符和样品标识符对其进行索引
生物量。ExpressionSet 含有微阵列基因表达实验数据
bioma.data.ExptData 包含微阵列实验的数据值
bioma.data.MetaData 包含微阵列实验的元数据
bioma.data.MIAME 包含来自微阵列基因表达实验的实验信息
NegativeBinomialTest 未配对假设检验结果
的热图 包含矩阵和热图显示属性的对象
clustergram 对象，包含层次聚类分析数据

主题