probesetplot
情节Affymetrix探头设置强度值
语法
probesetplot (CELStruct,CDFStruct,PS)
probesetplot (CELStruct,CDFStruct,PS……“GeneName”,GeneNameValue,……)
probesetplot (CELStruct,CDFStruct,PS……“场”,FieldValue,……)
probesetplot (CELStruct,CDFStruct,PS……“ShowStats”,ShowStatsValue,……)
参数
CELStruct |
创建的结构affyread函数从一个Affymetrix®玻璃纸文件。 |
CDFStruct |
创建的结构affyread函数从一个Affymetrix CDF实验组的库文件与移动电话相关的文件。 |
PS |
调查指数或探针集合ID /的名字。 |
GeneNameValue |
控制探针集名称或基因名称是否用于图的标题。的选择是真正的或假(默认)。请注意 的 |
FieldValue |
特征向量或字符串指定类型的数据绘制。的选择是:
|
ShowStatsValue |
控制平均值和标准偏差线是否包含在阴谋。的选择是真正的或假(默认)。 |
描述
probesetplot (情节点(完美匹配)和MM(不匹配)强度值指定的调查。CELStruct,CDFStruct,PS)CELStruct是一个结构创建的affyread函数从一个Affymetrix玻璃纸文件。CDFStruct是一个结构创建的affyread函数从一个Affymetrix CDF实验组的库文件与移动电话相关的文件。PS是探测器设置索引或探针组ID /的名字。
请注意
MATLAB®软件使用1基于索引探针组数字,Affymetrix CDF文件使用0基于索引探针组数字。例如,CDFStruct.ProbeSets (1)有一个ProbeSetNumber的0在ProbePairs字段。
probesetplot (调用CELStruct,CDFStruct,PS,……”PropertyName”,PropertyValue,……)probesetplot与使用属性名可选属性/属性值对。您可以指定一个或多个属性在任何顺序。每一个PropertyName必须包含在单引号,不分大小写。这些属性名称/属性值对如下:
probesetplot (控制探针集名称或基因名称是否用于图的标题。的选择是CELStruct,CDFStruct,PS……“GeneName”,GeneNameValue,……)真正的或假(默认)。
请注意
的“GeneName”属性需要杜松子酒与玻璃纸和提供文件相关联的库文件位于相同的文件夹中提供的库文件CDFStruct被创建。
probesetplot (指定的数据类型。的选择是:CELStruct,CDFStruct,PS……“场”,FieldValue,……)
“强度”(默认)“StdDev”“背景”“像素”“离群值”
probesetplot (控制平均值和标准偏差线是否包含在阴谋。的选择是CELStruct,CDFStruct,PS……“ShowStats”,ShowStatsValue,……)真正的或假(默认)。
例子
情节Affymetrix™探头设置强度值
这个示例使用示例数据大肠杆菌反义基因阵列。下载的数据Demo_Data_E-coli-antisense.zip。从德勤提取数据文件存档使用数据传输工具。
您还需要下载Ecoli_ASv2。CDF实验组的库文件大肠杆菌反义基因阵列。你可能已经有了这些文件,如果你有任何Affymetrix GeneChip软件安装在你的机器上。如果不是,被下载并解压缩库文件大肠杆菌反义基因阵列zip文件。
移动电话的内容文件读入一个MATLAB的结构。
celStruct = affyread (“ecoli反义- 121502.厘米/秒”);
提供文件的内容读入一个MATLAB的结构。
cdfStruct = affyread (“C: \ LibFiles \ Ecoli_ASv2.CDF”);
画出点和毫米的强度值argG_b3172_at探针组,包括平均值和标准偏差。
probesetplot (celStruct cdfStruct,“argG_b3172_at”,“showstats”,真正的)
