主要内容

用MIAME对象表示实验信息

MIAME对象概述

可以在MIAME对象中存储来自微阵列基因表达实验的实验方法和条件的信息。它大致遵循微阵列实验的最小信息(MIAME)规范。它可以包括以下信息:

  • 实验设计

  • 微阵列使用

  • 样品使用

  • 样品制备和标记

  • 杂交程序和参数

  • 标准化控制

  • 预处理信息

  • 数据处理规范

MIAME对象包括属性和方法，允许您访问、检索和更改与微阵列实验相关的实验信息。这些属性和方法对于查看和分析信息非常有用。有关属性和方法的列表，请参见MIAME类．

构造MIAME对象

有关构造MIAME对象的完整信息，请参见MIAME类．

从GEO结构构造MIAME对象

  1. 导入bioma.data包，以便MIAME构造函数可用。

    进口bioma.data。*

  2. 使用getgeodata函数返回一个MATLAB®包含与登录号GSE4616相关的基因表达综合(GEO)序列数据。

    geoStruct = getgeodata('GSE4616') geoStruct = Header: [1x1 struct] Data: [12488x12 bioma.data.DataMatrix]

  3. 使用MIAME构造函数从结构创建MIAME对象。

    MIAMEObj1 = MIAME(geoStruct);

  4. 显示MIAME对象的信息，MIAMEObj．

    MIAMEObj1 MIAMEObj1 =实验描述:作者名:Mika，，Silvennoinen Riikka，，KiveläMaarit，，Lehti Anna-Maria，，Touvras Jyrki，，Komulainen Veikko，，Vihko Heikki，，Kainulainen实验室:LIKES -研究中心联系信息:Mika，，Silvennoinen URL: PubMedIDs: 17003243摘要:90字摘要。使用Abstract属性。实验设计:一个234字的摘要可用。使用ExptDesign属性。其他注释:[1x80 char]

从属性构造MIAME对象

  1. 导入bioma.data包，以便MIAME构造函数可用。

    进口bioma.data。*

  2. 使用MIAME构造函数使用单个属性创建MIAME对象。

    MIAMEObj2 = MIAME('调查员'，'简调查员'，…“实验室”，“一个生物信息学实验室”，……“接触”,“jresearcher@lab.not.exist”,…“url”,“www.lab.not.exist”,…“标题”，“正常vs.患病的实验”，…“抽象的”，“使用表达式数据的例子”，…'other'，{'注释:从文本文件创建。'});

  3. 显示MIAME对象的信息，MIAMEObj2．

    MIAMEObj2 MIAMEObj2 =实验描述:作者名:Jane研究者实验室:One生物信息学实验室联系信息:jresearcher@lab.not.exist URL: www.lab.not.exist PubMedIDs:摘要:一个4个字的摘要是可用的。使用Abstract属性。没有实验设计概要。其他注释:“注释:从文本文件创建。”

使用MIAME对象的属性

要访问MIAME对象的属性，请使用以下语法:

对象名．propertyname

例如，要检索与MIAME对象相关的发布的PubMed标识符:

MIAMEObj1。PubMedID ans = 17003243

要设置MIAME对象的属性，请使用以下语法:

对象名．propertyname＝propertyvalue

例如，设置实验室MIAME对象的属性:

MIAMEObj1。实验室= 'XYZ实验室'

请注意

属性名区分大小写。有关MIAME对象的所有属性的列表和描述，请参见MIAME类．

使用MIAME对象的方法

要使用MIAME对象的方法，请使用以下语法之一:

对象名．methodname

或

methodname（对象名）

例如，要确定MIAME对象是否为空:

MIAMEObj1。Isempty ans = 0

请注意

有关MIAME对象的方法的完整列表，请参见MIAME类．