gcrmabackadj
执行上GC鲁棒多阵列平均（GCRMA）背景调整Affymetrix公司使用序列信息的微阵列探针级数据
语法
PMMatrix_Adj= gcrmabackadj (PMMatrix,MMMatrix,AffinPM,AffinMM)
(PMMatrix_Adj,nsbStruct) = gcrmabackadj (PMMatrix,MMMatrix,AffinPM,AffinMM)
... = gcrmabackadj（... 'OpticalCorr'，OpticalCorrValue,……)
... = gcrmabackadj（... 'CorrConst'，CorrConstValue,……)
... = gcrmabackadj（... '法'，MethodValue,……)
... =gcrmabackadj（…'TuningParam',TuningParamValue,……)
... =gcrmabackadj（…'AddVariance',AddVarianceValue,……)
... =gcrmabackadj（…'GSBCorr',GSBCorrValue,……)
... =gcrmabackadj（…“显示图”，ShowplotValue,……)
... =gcrmabackadj（…'Verbose',VerboseValue,……)
输入参数
PMMatrix |
强度值的矩阵，其中每一行对应于完美匹配（PM）的探针和每列对应于在Affymetrix®CEL文件。（每个CEL文件是从一个单独的芯片中产生。所有的芯片应该是相同类型的。） 提示您可以使用 |
MMMatrix |
强度值的矩阵，其中每一行对应于一个错配（MM）探针，并且每一列对应于在Affymetrix CEL文件。（每个CEL文件是从一个单独的芯片中产生。所有的芯片应该是相同类型的。） 提示您可以使用 |
AffinPM |
PM探针的亲和力，如通过返回的列向量affyprobeaffinities函数。每一行对应一个探头。 |
AffinMM |
MM探针的亲和力，如通过返回的列向量affyprobeaffinities函数。每一行对应一个探头。 |
OpticalCorrValue |
控制使用光学背景校正对PM和MM探头的强度值PMMatrix和MMMatrix。的选择是真正(默认)或假。 |
CorrConstValue |
值，指定相关性常数，ρ-，为每个PM / MM探针对日志背景强度。选择任何值≥0和≤1个。默认是0.7。 |
MethodValue |
指定估计信号的方法的字符向量或字符串。的选择是'MLE'，一种更快的、特别的最大似然估计方法，或者'EB'，一个更慢，更正式的，经验贝叶斯方法。默认是'MLE'。 |
TuningParamValue |
值，该值指定估计方法使用的调优参数。该调谐参数设置了具有正概率的信号值的下界。选择是积极的价值。默认是5(企业)或0.5(EB)。提示有关确定此参数的设置的信息，请参见吴等，2004。 |
AddVarianceValue |
控制信号方差是否被添加到权重函数用于平滑低信号边缘。的选择是真正要么假(默认)。 |
GSBCorrValue |
指定是否使用探测关联数据执行基因特定绑定(GSB)校正。的选择是真正(默认)或假。如果没有探测亲和力的信息，这个属性被忽略。 |
ShowplotValue |
控制的曲线图，示出日志显示2从指定的列(芯片)中提取的探针强度值MMMatrix，而不是探查亲和力AffinMM。的选择是真正,假,或我中指定列的整数MMMatrix。如果设置为真正中的第一列MMMatrix是绘制。默认是:
|
VerboseValue |
控制进度报告的显示，显示每个芯片的数量，因为它是完成的。的选择是真正(默认)或假。 |
输出参数
PMMatrix_Adj |
背景调整PM（绝配）强度值的矩阵。 |
nsbStruct |
含有非特异性结合背景参数的结构，由Affymetrix基因芯片上探针的强度和亲和力估计®数组中。
|
描述
PMMatrix_Adj= gcrmabackadj (PMMatrix,MMMatrix,AffinPM,AffinMM)PMMatrix_Adj，背景的一个矩阵调整PM（完全匹配）的强度值。
请注意
如果AffinPM和AffinMM数据不可用，您仍然可以使用gcrmabackadj函数，在语法中为这两个输入输入空列向量。
(返回PMMatrix_Adj,nsbStruct) = gcrmabackadj (PMMatrix,MMMatrix,AffinPM,AffinMM)nsbStruct，一种包含非特异性结合背景参数的结构，由Affymetrix基因芯片阵列上探针的强度和亲和力估计。nsbStruct包括以下领域:
σmu_pmmu_mm
... =gcrmabackadj（…'调用PropertyName',PropertyValue,……)gcrmabackadj部分可选的属性是使用属性名称/属性值对。您可以按任意顺序指定一个或多个属性。每PropertyName必须用单引号括起来，不区分大小写。这些属性名称/属性值对如下:
... = gcrmabackadj（... 'OpticalCorr'，控制使用光学背景校正对PM和MM探头的强度值OpticalCorrValue,……)PMMatrix和MMMatrix。的选择是真正(默认)或假。
... = gcrmabackadj（... 'CorrConst'，指定的相关性常数，ρ-，为每个PM / MM探针对日志背景强度。选择任何值CorrConstValue,……)≥0和≤1个。默认是0.7。
... = gcrmabackadj（... '法'，指定估计信号的方法。的选择是MethodValue,……)大中型企业，一种更快的、特别的最大似然估计方法，或者海尔哥哥，一个更慢，更正式的，经验贝叶斯方法。默认是大中型企业。
... =gcrmabackadj（…'TuningParam',指定估计方法使用的调优参数。该调谐参数设置了具有正概率的信号值的下界。选择是积极的价值。默认是TuningParamValue,……)5(企业)或0.5(EB)。
提示
有关确定此参数的设置的信息，请参见吴等，2004。
... =gcrmabackadj（…'AddVariance',控制信号方差是否加到权函数中平滑低信号边缘。的选择是AddVarianceValue,……)真正要么假(默认)。
... =gcrmabackadj（…'GSBCorr',指定是否执行基因特异性探针使用亲和力数据结合（GSB）校正。的选择是GSBCorrValue,……)真正(默认)或假。如果没有探测亲和力的信息，这个属性被忽略。
... =gcrmabackadj（…“显示图”，控制显示显示日志的图形2从指定的列(芯片)中提取的探针强度值ShowplotValue,……)MMMatrix，而不是探查亲和力AffinMM。的选择是真正,假,或我中指定列的整数MMMatrix。如果设置为真正中的第一列MMMatrix是绘制。默认是:
假- 当指定的返回值。真正-当返回值未指定时。
... =gcrmabackadj（…'Verbose',控制显示，因为它在完成每个芯片的数目的进度报告的显示。的选择是VerboseValue,……)真正(默认)或假。
例子
加载MAT文件，包含的生物信息工具箱™软件，其中包含从前列腺癌研究的Affymetrix数据。在MAT文件中的变量包括：
seqMatrix，对于PM探针的含基质的序列信息，pmMatrix和mmMatrix，包含PM和MM探针强度值的矩阵probeIndices含探针索引信息的列向量。负载prostatecancerrawdata计算Affymetrix PM和MM探针亲和从他们的序列和MM探针强度。
[apm, amm] = affyprobeaffinities(seqMatrix, mmMatrix(:，1)，…'ProbeIndices', probeIndices);
在Affymetrix芯片探针水平数据执行GCRMA背景调整，产生的背景调整PM强度值的矩阵。此外，显示示出对数的曲线图2从第3列（芯片3）探针强度值的
mmMatrix，而不是探查亲和力AMM。pms_adj=gcrmabackadj（pmMatrix，mmMatrix，apm，amm，“showplot”3);
再次执行GCRMA背景调整，使用更慢，更正式的，经验贝叶斯方法。
(pmMatrix, mmMatrix, apm, amm)'方法','EB'）;
的prostatecancerrawdata.mat本例中使用的文件包含来自Best等人，2005年的数据。
工具书类
[1]吴，Z.，Irizarry，R.A，绅士，R.，略，F.M.，和Spencer，F。（2004）。基于模型背景调整为寡核苷酸表达阵列。杂志美国统计协会99（468），909-917。
[2]吴，Z.，和Irizarry，R.A。（2005年）。通过杂交理论的短寡核苷酸阵列的启发随机模型。RECOMB 2004ĴCOMPUT生物学论文集。12（6）, 882 - 93。
吴淑珍，和Irizarry, R.A.(2005)。微阵列探针级数据分析的统计框架。约翰霍普金斯大学生物统计学工作论文73。
[4]吴，Z.，和Irizarry，R.A。（2003年）。基于模型背景调整为寡核苷酸表达阵列。RSS研讨会基因表达，怀，英格兰，http://biosun01.biostat.jhsph.edu/%7Eririzarr/Talks/gctalk.pdf。
[5]阿卜杜勒拉布，N.A.，和巴拉卡特，H.M.（1979年）。估计问题的二元对数正态分布。印度J.纯应用。数学10 (7)，815-825。
(6] Best, C.J.M., Gillespie, J.W., Yi, Y., Chandramouli, G.V.R., Perlmutter, M.A., Gathright, Y., Erickson, H.S., Georgevich, L., Tangrea, M.A., Duray, P.H., Gonzalez, S., Velasco, A., Linehan, W.M., Matusik, R.J., Price, D.K., Figg, W.D., Emmert-Buck, M.R., and Chuaqui, R.F. (2005). Molecular alterations in primary prostate cancer after androgen ablation therapy. Clinical Cancer Research11, 6823 - 6834。
介绍了R2007a
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