geneentropyfilter
去除低熵表达值的基因
语法
面具
= geneentropyfilter (数据
)
[面具
,FData
= genentropyfilter (数据
)
[面具
,FData
,帧
= genentropyfilter (数据
,的名字
)
geneentropyfilter(…“百分比”,PercentileValue
)
参数
数据 |
DataMatrix对象或者数字矩阵每一行对应一个基因的实验结果。每一列都是一次实验中所有基因的结果。 |
的名字 |
字符向量或字符串向量的单元格数组,其中每个元素对应于每一行实验数据的基因名称。 |
PercentileValue |
属性指定基因数据在其下方被删除的百分位。输入一个值 |
描述
识别基因表达谱面具
= geneentropyfilter (数据
)数据
熵值小于10%的情况下。
面具
是否每一行都有一个元素的逻辑向量数据
.的元素面具
对应于方差大于阈值的行的值为1
,方差小于阈值的为0
.
[
返回面具
,FData
= genentropyfilter (数据
)FData
,一个经过过滤的数据矩阵。您还可以创建FData
使用
.FData
=数据(面具
:)
[
返回面具
,FData
,帧
= genentropyfilter (数据
,的名字
)帧
,一个经过筛选的名称数组,其中的名字
字符向量的单元格数组或字符串向量的名称对应的每一行的基因数据
.您还可以创建帧
使用
.帧
=名字(面具
)
请注意
如果数据
是一个具有指定行名的DataMatrix对象,您不需要提供第二个输入的名字
返回第三个输出帧
.
geneentropyfilter(…“百分比”,
删除从PercentileValue
)数据
,实验数据中,基因表达谱的熵值小于PercentileValue
,指定的百分位数。
例子
加载包含酵母数据的生物信息学工具箱™软件提供的mat文件。这个mat文件包含三个变量:
yeastvalues
,一个基因表达数据的矩阵,基因
, GenBank的单元阵列®用于标记行的登录号yeastvalues
,次
,用于标记列的时间值向量yeastvalues
负载yeastdata
去除低熵表达值的基因。
[fyeastvalues, fgenes] =基因熵过滤器(酵母值,基因);
参考文献
[1] Kohane I.S, Kho A.T, Butte A.J.(2003),整合基因组学的微阵列,剑桥,麻州:麻省理工学院出版社。
版本历史
R2006a之前介绍过