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genelowvalfilter

删除绝对值较低的基因图谱

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语法

掩码= genelowvalfilter(数据)
[面具,FData] = genelowvalfilter(数据)
(面具,FData,帧)= genelowvalfilter(数据、geneNames)
［___) = genelowvalfilter (___、名称、值)

描述

例子

面具= genelowvalfilter (数据）返回逻辑向量面具确定基因表达谱数据绝对表达水平在数据集中最低的10%中。

基因表达谱实验的数据绝对值非常低。这类数据的质量通常是糟糕的，由于大的量化误差或仅仅是糟糕的斑点杂交。使用此函数过滤数据。

例子

［面具，FData) = genelowvalfilter (数据）同样的回报FData，一个包含过滤表达式配置文件的数据矩阵。

例子

［面具，FData，帧) = genelowvalfilter (数据，geneNames）同样的回报帧即筛选过的基因名称或id的细胞数组。你必须指定geneNames返回帧除非数据是一个DataMatrix具有指定行名的。

例子

［___) = genelowvalfilter (___，名称,值）使用指定为一个或多个可选名称-值对参数的其他选项。

例子

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打开生活的脚本

加载酵母样本数据。

负载yeastdata；

检索绝对表达水平超过第10百分位的基因和相应的表达数据。

(面具,filteredData filteredGenes] = genelowvalfilter (yeastvalues,基因);

比较筛选的基因数量(filteredGenes)与原始数据集中的基因数量(基因）.

尺寸(filteredGenes, 1)
ans = 6394
打开生活的脚本

加载酵母样本数据。

负载yeastdata；

将绝对表达水平低的基因标记在数据集的第10百分位以下。

掩码= genelowvalfilter (yeastvalues);

的变量基因包含酵母数据集中的每个基因名称。使用生成的逻辑向量面具检索表达量超过第10百分位的基因。

filteredGenes =基因(面具);

从变量中提取所选基因对应的表达谱数据yeastvalues，其中包含酵母数据集中每个基因的表达谱。

: filteredData = yeastvalues(面具);
打开生活的脚本

加载酵母样本数据。

负载yeastdata；

检索绝对表达水平超过数据集第30百分位的基因和相应的表达数据。

[面具,filteredData, filteredGenes] = genelowvalfilter (yeastvalues,基因,“百分比”, 30);

比较筛选的基因数量(filteredGenes)与原始数据集中的基因数量(基因）.

尺寸(filteredGenes, 1)
ans = 6384

输入参数

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输入数据，指定为DataMatrix对象或数值矩阵。矩阵的每一行对应一个基因的实验结果。每一列代表一次实验中所有基因的结果。

基因名称或id，指定为字符向量或字符串向量的单元格数组。数组的行数与数据．每一行都包含数据集中基因的名称或ID。

请注意

如果数据是一个DataMatrix使用指定行名的对象，则不需要提供第二个输入geneNames返回第三个输出帧．

名称-值参数

指定可选参数对为Name1 = Value1,…,以=家,在那里的名字参数名称和价值对应的值。名-值参数必须出现在其他参数之后，但对的顺序并不重要。

在R2021a之前，名称和值之间用逗号隔开，并括起来的名字在报价。

例子:“AbsValue”,10.5指定genelowvalfilter删除绝对值小于10.5的表达式配置文件。

百分比值，指定为范围(0到100)中的标量值。这个函数genelowvalfilter删除绝对值小于百分位值的基因表达谱“百分比”．

例子:“百分比”,50岁

绝对表达式配置文件值，指定为实数。这个函数genelowvalfilter删除绝对值小于使用指定的绝对值的基因表达谱“AbsValue”．

例子:“AbsValue”,10.5

选择最小或最大绝对值的逻辑指示器，指定为真正的或假．将该值设置为真正的选择最小绝对值。将其设置为假选择最大绝对值。

例子:“AnyVal”,真的

输出参数

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中的每一行返回0和1的逻辑向量数据．的元素面具与价值1对应绝对表达式级别超过阈值的行和有值的行0对应绝对表达式级别小于或等于阈值的行。

过滤后的数据矩阵，作为包含绝对表达水平超过阈值的基因表达谱的数据矩阵返回。您还可以创建FData使用FData =数据(面具,:)．

筛选过的基因名称数组，作为字符向量或字符串向量的单元格数组返回。它包含每一行对应的基因名称或id数据包含绝对表达水平超过阈值的基因表达谱。您还可以创建帧使用帧= geneNames(面具)．

参考文献

[1] Kohane, i.s.， Kho, a.t.， Butte, A.J.(2003)。整合基因组学的微阵列，第一版(剑桥，麻州:麻省理工学院出版社)。

版本历史

之前介绍过的R2006a

另请参阅

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