getdescendants

类:geneont

找出特定基因本体论(GO)术语的后代

语法

DescendantIDs= getdescendants (GeneontObj,ID)
(DescendantIDs,计数) = getdescendants (GeneontObj,ID)
…= getdescendants(…“深度”,DepthValue,……)
…= getdescendants(…“Relationtype”,RelationtypeValue,……)
... = getdescendants（...， '排除'，ExcludeValue,……)

描述

DescendantIDs= getdescendants (GeneontObj,ID)搜索GeneontObj，一个geneont对象，表示由指定的GO项派生的GO项ID，它是一个GO术语标识符或标识符的向量。它返回DescendantIDs，包括GO术语标识符的向量ID。ID是一个非负整数或包含非负整数的向量。

(DescendantIDs,计数) = getdescendants (GeneontObj,ID)还返回次，每次后裔被发现的数量。计数列向量的元素个数是否与项个数相同GeneontObj。

提示

的计数当你在基因富集研究中计数时，返回值是有用的。有关更多信息，请参见基因本体在微阵列数据中的丰富。

…= getdescendants(…”,PropertyName”,PropertyValue,……)调用getdescendants使用属性名/属性值对的可选属性。可以按任意顺序指定一个或多个属性。每一个PropertyName必须用单引号括起来，不区分大小写。这些属性名称/属性值对如下:

…= getdescendants(…“深度”,DepthValue,……)向下搜索指定数量的级别，DepthValue在基因本体论中。DepthValue是正整数。默认是天道酬勤。

…= getdescendants(…“Relationtype”,RelationtypeValue,……)搜索指定的关系类型，RelationtypeValue在基因本体论中。RelationtypeValue是一个字符向量。的选择是'is_a',“part_of”,或“两个”(默认)。

... = getdescendants（...， '排除'，ExcludeValue,……)控制不包括ID，即从输出中查询的原始项DescendantIDs，除非在搜索基因本体论时发现了该术语。的选择是真正要么假(默认)。

输入参数

GeneontObj 一个基因对象，如由geneont构造函数。
ID GO术语标识符或标识符向量。
DepthValue 正整数，指定在基因本体中向下搜索的层次数。
RelationtypeValue

在基因本体中指定要搜索的关系类型的字符向量。的选择是:

  • 'is_a'

  • “part_of”

  • “两个”(默认)
ExcludeValue 控制不包括ID，即从输出中查询的原始项DescendantIDs，除非在搜索基因本体论时找到了这个词。的选择是真正要么假(默认)。

输出参数

DescendantIDs GO项标识符的载体，包括ID。
计数 与相同数量的元素如条款列向量GeneontObj，表示找到每个子代的次数。

例子

  1. 从网站下载的基因本体数据库的当前版本将在MATLAB一个geneont对象®软件

    GO = geneont(LIVE, true)

    MATLAB软件创建一个geneont对象，并在数据库中显示术语的数量。

    基因本体对象，有27827个术语。

  2. 检索具有GO标识符的“aldo-酮还原酶活性”GO项的后代4033。

    后代= 4032 4033 8106 32018 32866 32867 46568 50112 50236

  3. 创建从属基因本体论。

    subontology = GO(后代)基因本体对象，有9个术语。

  4. 创建并显示从属基因本体术语的报告，其中包括GO标识符和名称。

    RPT = [num2goid（cell2mat（GET（subontology.terms， 'ID'）））... GET（subontology.terms， '名'）“;DISP（sprintf的（ '％S  - >％S \ N'，RPT {：}））GO：0004032  - >醛还原酶活性GO：0004033  - >醛 - 酮还原酶活性GO：0008106  - >醇脱氢酶（NADP +）的活性GO：0032018  - > 2-甲基丁醛还原酶活性GO：0032866  - >木糖还原酶活性GO：0032867  - >阿拉伯糖还原酶活性GO：0046568  - > 3-甲基丁醛还原酶活性GO：0050112  - >肌醇-2-脱氢酶活性GO：0050236  - >吡哆醇4-脱氢酶活性

  5. 利用属性视图查看从属基因本体的关系getmatrix方法创建要传递给的连接矩阵生物运动描记器函数。

    厘米= getmatrix (subontology);BG =生物运动描记器(厘米,rpt (1:));视图(BG)

另请参阅

||

生物信息学工具文档
万博1manbetx

尝试MATLAB、Sim万博1manbetxulink和其他产品s manbetx 845

得到审判现在