getembl

从EMBL数据库检索序列信息

语法

EMBLData= getembl (AccessionNumber） EMBLData= getembl(…,去整理,ToFileValue,……) EMBLSeq= getembl(…”,序列Only',SequenceOnlyValue,……) EMBLSeq= getembl(…“超时”,TimeOutValue,……)

输入参数

`AccessionNumber`	序列记录的唯一标识符。输入字母和数字的唯一组合。
`ToFileValue`	字符向量，指定要将数据保存到的文件名或路径和文件名。如果只指定文件名，则文件将存储在当前文件夹中。
`SequenceOnlyValue`	控制只检索序列而不检索元数据。的选择是`真正的`或`假`(默认)。
`TimeOutValue`	以秒为单位的连接超时，指定为正标量。缺省值是5。详情请参见在这里．

输出参数

`EMBLData`	MATLAB^®结构中对应EMBL数据的字段。
`EMBLSeq`	MATLAB字符向量表示序列。

描述

getembl从欧洲分子生物学实验室(EMBL)数据库检索核苷酸序列信息。该数据库由欧洲生物信息学研究所(EBI)维护。有关EMBL数据库的详细信息，请参见

https://ena-docs.readthedocs.io/en/latest/retrieval/general-guide.html

EMBLData= getembl (AccessionNumber）在EMBL数据库中搜寻登入号码(https://www.ebi.ac.uk/)及返回EMBLData，一个MATLAB结构，其中字段对应EMBL双字符行型代码。每个行类型代码都作为结构中的单独元素存储。

EMBLData包含以下字段。

场
`识别`
`加入`
`SequenceVersion`
`DateCreated`
`DateUpdated`
`描述`
`关键字`
`OrganismSpecies`
`OrganismClassification`
`细胞器`
`参考`
`DatabaseCrossReference`
`评论`
`组装`
`功能`
`BaseCount`
`序列`

EMBLData= getembl(…”,PropertyName”,PropertyValue,……)调用getembl使用属性名/属性值对的可选属性。可以以任意顺序指定一个或多个属性。每一个PropertyName必须用单引号括起来，不区分大小写。这些属性名/属性值对如下:

EMBLData= getembl(…,去整理,ToFileValue,……)将信息保存到embl格式的文件中。ToFileValue是一个字符向量，指定要将数据保存到的文件名或路径和文件名。如果只指定文件名，则文件将存储在当前文件夹中。

提示

将embl格式的文件读入MATLAB软件emblread函数。

EMBLSeq= getembl(…”,序列Only',SequenceOnlyValue,……)控制只检索序列而不检索元数据。的选择是真正的或假(默认)。

EMBLSeq= getembl(…“超时”,TimeOutValue,……)设置从EMBL数据库检索数据的连接超时时间(以秒为单位)。

例子

检索大鼠肝脏载脂蛋白A-I的数据。

emblout = getembl('X00558')

检索大鼠肝脏载脂蛋白A-I的数据并保存到文件中rat_protein．如果指定的文件名不包含路径，则文件将存储在当前文件夹中。

emblout = getembl('X00558'，'ToFile'，'c:\project\rat_protein.txt')

只检索大鼠肝脏载脂蛋白A-I的序列。

Seq = getembl('X00558'，'SequenceOnly'，true)

版本历史

R2006a之前介绍过

另请参阅

emblread|getgenbank|getgenpept|getpdb|seqviewer