getpdb

从蛋白质数据库(protein data Bank, PDB)检索蛋白质结构数据

语法

PDBStruct= getpdb (PDBid） PDBStruct= getpdb (PDBid……去整理的,ToFileValue,……) PDBStruct= getpdb (PDBid……“SequenceOnly”,SequenceOnlyValue,……)

输入参数

`PDBid`	指定PDB数据库中蛋白质结构记录的唯一标识符的字符向量或字符串。请注意 PDB数据库中的每个结构都由一个四个字符的字母数字标识符表示。例如,`4 hhb`是血红蛋白的标识符。
`ToFileValue`	字符向量或字符串，指定用于保存pdb格式数据的文件名或路径和文件名。如果只指定一个文件名，则该文件将保存在MATLAB中^®当前文件夹。提示将蛋白质结构记录保存到本地pdb格式的文件后，可以使用`pdbread`函数将文件读入MATLAB软件离线或使用`molviewer`功能来显示和操作结构的三维图像。
`SequenceOnlyValue`	只控制蛋白质序列的返回。的选择是`真正的`或`假`(默认)。如果有一个序列，它将作为字符数组返回。如果有多个序列，则将它们作为单元格数组返回。

输出参数

PDBStruct MATLAB结构包含一个字段为每个PDB记录。

描述

蛋白质数据库(PDB)数据库是一个由实验确定的三维生物大分子结构数据的存档。getpdb从蛋白质数据库(protein data Bank, PDB)中检索蛋白质结构数据，该数据库包含三维生物大分子结构数据。

PDBStruct= getpdb (PDBid）在PDB数据库中搜索标识符指定的蛋白质结构记录PDBid并返回MATLAB结构PDBStruct，其中包含每个PDB记录的字段。下表总结了MATLAB结构中可能的PDB记录和对应的字段PDBStruct：

PDB数据库记录	在MATLAB结构中的字段
`头`	`头`
`OBSLTE`	`过时了`
`标题`	`标题`
`警告`	`警告`
`COMPND`	`复合`
`源`	`源`
`KEYWDS`	`关键字`
`EXPDTA`	`ExperimentData`
`作者`	`作者`
`REVDAT`	`RevisionDate`
`SPRSDE`	`取代`
`JRNL`	`杂志`
`备注1`	`Remark1`
`备注N` 请注意 N等于2到999。	`备注n` 请注意 n等于2到999。
`DBREF`	`DBReferences`
`SEQADV`	`SequenceConflicts`
`SEQRES`	`序列`
`FTNOTE`	`脚注`
`MODRES`	`ModifiedResidues`
`HET`	`异基因`
`HETNAM`	`HeterogenName`
`HETSYN`	`HeterogenSynonym`
`制定`	`公式`
`螺旋`	`螺旋`
`表`	`表`
`转`	`转`
`SSBOND`	`SSBond`
`链接`	`链接`
`HYDBND`	`HydrogenBond`
`SLTBRG`	`SaltBridge`
`CISPEP`	`CISPeptides`
`网站`	`网站`
`CRYST1`	`Cryst1`
`ORIGXn`	`OriginX`
`SCALEn`	`规模`
`MTRIXn`	`矩阵`
`TVECT`	`TranslationVector`
`模型`	`模型`
`原子`	`原子`
`SIGATM`	`AtomSD`
`ANISOU`	`AnisotropicTemp`
`SIGUIJ`	`AnisotropicTempSD`
`的怪兽`	`终端`
`HETATM`	`HeterogenAtom`
`连接`	`连接`

PDBStruct= getpdb (PDBid,……”PropertyName”,PropertyValue,……)调用getpdb可选属性使用属性名/属性值对。您可以以任意顺序指定一个或多个属性。每一个PropertyName必须用单引号括起来，不区分大小写。这些属性名/属性值对如下所示:

PDBStruct= getpdb (PDBid……去整理的,ToFileValue,……)将从数据库返回的数据保存为pdb格式的文件，ToFileValue．

提示

将蛋白质结构记录保存到本地pdb格式的文件后，可以使用pdbread函数将文件读入MATLAB软件离线或使用molviewer功能来显示和操作结构的三维图像。

PDBStruct= getpdb (PDBid……“SequenceOnly”,SequenceOnlyValue,……)只控制蛋白质序列的返回。的选择是真正的或假(默认)。如果有一个序列，它将作为字符数组返回。如果有多个序列，则将它们作为单元格数组返回。

序列字段

的序列Field也是一个包含以下子字段中的序列信息的结构:

NumOfResidues
ChainID
ResidueNames-包含序列残基的三个字母代码。
序列-包含序列残基的单字母代码。

请注意

如果序列有修饰残基，则ResidueNamesSubfield可能不符合标准的三字母氨基酸编码。在这种情况下，序列子字段将在相应的位置包含修改后的剩余代码。修改后的剩余代码在ModifiedResidues字段。

模型域

的模型Field也是包含坐标信息的结构或结构数组。如果MATLAB结构包含一个模型，则模型字段是包含该模型坐标信息的结构。如果MATLAB结构包含多个模型，则模型Field是包含每个模型坐标信息的结构数组。的模型字段包含以下子字段:

原子
AtomSD
AnisotropicTemp
AnisotropicTempSD
终端
HeterogenAtom

原子场

的原子Field也是一个包含以下子字段的结构数组:

AtomSerNo
AtomName
altLoc
resName
chainID
resSeq
iCode
X
Y
Z
入住率
tempFactor
segID
元素
负责
AtomNameStruct—包含3个子字段:chemSymbol，remoteInd,分支．

例子

检索PDB标识符为的电子传递(血红素)蛋白的结构信息5 cyt，将信息读入MATLAB结构pdbstruct，并保存为pdb格式的文件electron_transport.pdb在MATLAB当前文件夹。

pdbstruct = getpdb('5CYT'， 'ToFile'， 'electron_transport.pdb')

另请参阅

R2006a之前介绍

生物信息学工具箱文档

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