主要内容

pdbwrite

使用蛋白质数据库(PDB)格式写入文件

语法

pdbwrite (文件PDBStruct
PDBArray= pdbwrite (文件PDBStruct

输入参数

文件 字符向量或字符串,指定用于保存pdb格式数据的文件名或路径和文件名。如果只指定文件名,则文件将保存到MATLAB中®当前文件夹。

提示

将MATLAB结构保存到本地pdb格式的文件后,可以使用molviewer功能来显示和操作结构的三维图像。

PDBStruct MATLAB结构包含三维蛋白质结构坐标数据,最初通过使用getpdbpdbread功能。

请注意

您可以编辑该结构以修改其3-D蛋白质结构数据。坐标信息存储在模型领域的PDBStruct

输出参数

PDBArray 字符数组,其中每行对应PDB记录中的一行。

描述

pdbwrite (文件PDBStruct编写MATLAB结构的内容PDBStruct到pdb格式的文件(ASCII文本文件),其路径和文件名由文件.在输出文件中,文件时,原子编号会被保留。原子坐标记录根据它们的原子序列号进行排序。

提示

将MATLAB结构保存到本地pdb格式的文件后,可以使用molviewer功能来显示和操作结构的三维图像。

PDBArray= pdbwrite (文件PDBStruct保存格式化的PDB记录,从MATLAB结构的内容转换PDBStruct,PDBArray,一种字符数组,其中每行对应PDB记录中的一行。

请注意

你可以编辑PDBStruct来修改三维蛋白质结构数据。坐标信息存储在模型领域的PDBStruct

例子

  1. 使用getpdb函数从蛋白质数据库(PDB)中检索具有标识符的绿色荧光蛋白的结构信息1金五环,并将数据存储在MATLAB结构中gflstruct

    gflstruct = getpdb('1GFL');
  2. 找到x第一个原子的-坐标。

    gflstruct.Model.Atom(1)。X ans = -14.0930
  3. 编辑x第一个原子的-坐标。

    gflstruct.Model.Atom(1)。X = -18;

    请注意

    不添加或删除任何原子字段,因为pdbwrite函数不允许改变结构中元素的数量。

  4. 编写修改后的MATLAB结构gflstruct到一个新的pdb格式的文件modified_gfl.pdb工作文件夹C开车。

    pdbwrite(“c: \ \ modified_gfl工作。pdb的gflstruct);
  5. 使用pdbread函数将修改后的PDB文件读入MATLAB结构,然后确认x第一个原子的-坐标改变了。

    modified_gflstruct = pdbread('c:\work\ modified_gfll .pdb') modified_gflstruct. model . atom(1)。X ans = -18

版本历史

在R2007a中引入

另请参阅

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