pdbwrite
使用蛋白质数据库(PDB)格式写入文件
语法
pdbwrite (
文件
,PDBStruct
)PDBArray
= pdbwrite (文件
,PDBStruct
)
输入参数
输出参数
PDBArray |
字符数组,其中每行对应PDB记录中的一行。 |
描述
pdbwrite (
编写MATLAB结构的内容文件
,PDBStruct
)PDBStruct
到pdb格式的文件(ASCII文本文件),其路径和文件名由文件
.在输出文件中,文件
时,原子编号会被保留。原子坐标记录根据它们的原子序列号进行排序。
提示
将MATLAB结构保存到本地pdb格式的文件后,可以使用molviewer
功能来显示和操作结构的三维图像。
保存格式化的PDB记录,从MATLAB结构的内容转换PDBArray
= pdbwrite (文件
,PDBStruct
)PDBStruct
,PDBArray
,一种字符数组,其中每行对应PDB记录中的一行。
请注意
你可以编辑PDBStruct
来修改三维蛋白质结构数据。坐标信息存储在模型
领域的PDBStruct
.
例子
使用
getpdb
函数从蛋白质数据库(PDB)中检索具有标识符的绿色荧光蛋白的结构信息1金五环
,并将数据存储在MATLAB结构中gflstruct
.gflstruct = getpdb('1GFL');
找到
x
第一个原子的-坐标。gflstruct.Model.Atom(1)。X ans = -14.0930
编辑
x
第一个原子的-坐标。gflstruct.Model.Atom(1)。X = -18;
请注意
不添加或删除任何
原子
字段,因为pdbwrite
函数不允许改变结构中元素的数量。编写修改后的MATLAB结构
gflstruct
到一个新的pdb格式的文件modified_gfl.pdb
在工作
文件夹C
开车。pdbwrite(“c: \ \ modified_gfl工作。pdb的gflstruct);
使用
pdbread
函数将修改后的PDB文件读入MATLAB结构,然后确认x
第一个原子的-坐标改变了。modified_gflstruct = pdbread('c:\work\ modified_gfll .pdb') modified_gflstruct. model . atom(1)。X ans = -18
版本历史
在R2007a中引入